# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/meh02686.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1554.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1554, 876 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7921181 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1017+/-0.000186; mu= 13.7044+/- 0.010 mean_var=71.6169+/-14.160, 0's: 47 Z-trim: 47 B-trim: 1319 in 1/66 Lambda= 0.151554 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|123264882|emb|CAM18889.1| ring finger protein 2 (4910) 4642 1025.3 0 gi|148702755|gb|EDL34702.1| mCG142721, isoform CRA (5229) 4642 1025.4 0 gi|149054973|gb|EDM06790.1| similar to chromosome (3639) 3764 833.3 0 gi|114670878|ref|XP_511726.2| PREDICTED: chromosom (4149) 3510 777.8 0 gi|52545800|emb|CAH56308.1| hypothetical protein [ (1329) 3500 775.2 0 gi|18676408|dbj|BAB84856.1| FLJ00039 protein [Homo (1438) 3500 775.3 0 gi|34365262|emb|CAE45967.1| hypothetical protein [ (1642) 3500 775.3 0 gi|52545944|emb|CAH56189.1| hypothetical protein [ (2114) 3500 775.4 0 gi|126215690|sp|Q63HN8.2|RN213_HUMAN RecName: Full (3280) 3500 775.5 0 gi|10438270|dbj|BAB15212.1| unnamed protein produc (1036) 3491 773.2 0 gi|109118899|ref|XP_001110315.1| PREDICTED: simila (4229) 3496 774.7 0 gi|10438576|dbj|BAB15280.1| unnamed protein produc ( 919) 3483 771.4 0 gi|194676304|ref|XP_590465.4| PREDICTED: similar t (5169) 3460 766.9 0 gi|73964722|ref|XP_540474.2| PREDICTED: similar to (3388) 3265 724.1 2.4e-205 gi|126308920|ref|XP_001380151.1| PREDICTED: hypoth (5120) 3206 711.4 2.5e-201 gi|109492351|ref|XP_001081771.1| PREDICTED: simila (1554) 3093 686.3 2.8e-194 gi|23272990|gb|AAH38025.1| Rnf213 protein [Mus mus ( 439) 2825 627.3 4.5e-177 gi|224074377|ref|XP_002192487.1| PREDICTED: ring f (4658) 2731 607.5 4.3e-170 gi|10435940|dbj|BAB14708.1| unnamed protein produc ( 509) 2679 595.4 2.1e-167 gi|189517340|ref|XP_001921030.1| PREDICTED: ring f (4291) 2461 548.4 2.4e-152 gi|16945892|gb|AAL32171.1|AF329945_2 chromosome 17 (4283) 2362 526.8 7.8e-146 gi|74140030|dbj|BAE33759.1| unnamed protein produc ( 312) 2034 454.2 4e-125 gi|110831793|gb|AAI19285.1| Rnf213 protein [Mus mu ( 282) 1834 410.5 5.4e-112 gi|73964724|ref|XP_856581.1| PREDICTED: similar to ( 382) 1689 378.8 2.4e-102 gi|47219063|emb|CAG00202.1| unnamed protein produc (1357) 1633 367.0 3.1e-98 gi|118099836|ref|XP_420083.2| PREDICTED: similar t (4031) 1458 329.1 2.4e-86 gi|73964726|ref|XP_856622.1| PREDICTED: similar to ( 323) 1423 320.6 6.8e-85 gi|26346799|dbj|BAC37048.1| unnamed protein produc ( 214) 1387 312.6 1.2e-82 gi|189526184|ref|XP_001920078.1| PREDICTED: simila (4966) 1134 258.3 5.9e-65 gi|210130902|gb|EEA78572.1| hypothetical protein B (6501) 1058 241.8 7.3e-60 gi|210126576|gb|EEA74262.1| hypothetical protein B ( 704) 1040 237.1 2e-59 gi|210085799|gb|EEA34248.1| hypothetical protein B (2581) 1022 233.6 8.3e-58 gi|10438750|dbj|BAB15330.1| unnamed protein produc ( 216) 990 225.8 1.6e-56 gi|156226387|gb|EDO47197.1| predicted protein [Nem (5624) 935 214.9 8.1e-52 gi|198423642|ref|XP_002123199.1| PREDICTED: simila (4761) 798 184.9 7.4e-43 gi|198424874|ref|XP_002120154.1| PREDICTED: simila ( 872) 678 158.1 1.6e-35 gi|74213984|dbj|BAE29413.1| unnamed protein produc ( 75) 494 117.0 3.1e-24 gi|221107784|ref|XP_002168720.1| PREDICTED: simila ( 577) 372 91.0 1.6e-15 gi|47191406|emb|CAF94873.1| unnamed protein produc ( 109) 324 80.0 6.3e-13 gi|221109373|ref|XP_002169586.1| PREDICTED: simila ( 315) 310 77.3 1.2e-11 gi|47217657|emb|CAG03054.1| unnamed protein produc ( 158) 242 62.2 2.1e-07 gi|221114538|ref|XP_002159417.1| PREDICTED: simila (1344) 250 64.6 3.3e-07 gi|162695856|gb|EDQ82198.1| predicted protein [Phy (4869) 252 65.5 6.5e-07 gi|156216799|gb|EDO37728.1| predicted protein [Nem (4686) 243 63.5 2.5e-06 gi|163772487|gb|EDQ86138.1| predicted protein [Mon (4932) 205 55.2 0.00082 gi|210126575|gb|EEA74261.1| hypothetical protein B (5358) 199 53.9 0.0022 gi|218723057|gb|EED22474.1| NF-X1 finger and helic (1821) 187 51.0 0.0058 gi|218712472|gb|EED11898.1| nonsense-mediated mRNA (1842) 187 51.0 0.0058 gi|210067315|gb|EEA21407.1| hypothetical protein P ( 401) 176 48.1 0.0095 >>gi|123264882|emb|CAM18889.1| ring finger protein 213 [ (4910 aa) initn: 5647 init1: 4641 opt: 4642 Z-score: 5467.8 bits: 1025.3 E(): 0 Smith-Waterman score: 5620; 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