# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/meh01137.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1596.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1596, 1382 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7919974 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5849+/-0.000188; mu= 13.4191+/- 0.011 mean_var=90.1994+/-17.379, 0's: 30 Z-trim: 33 B-trim: 0 in 0/66 Lambda= 0.135043 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|78099255|sp|Q8BGE5.3|FANCM_MOUSE RecName: Full= (2021) 9146 1793.2 0 gi|187957728|gb|AAI50786.1| Fanconi anemia, comple (2021) 9135 1791.1 0 gi|148704700|gb|EDL36647.1| mCG118968 [Mus musculu (1370) 5089 1002.7 0 gi|74197309|dbj|BAC34178.2| unnamed protein produc (1393) 5033 991.8 0 gi|148704699|gb|EDL36646.1| mCG145564 [Mus musculu ( 510) 3339 661.4 4.5e-187 gi|114652855|ref|XP_509928.2| PREDICTED: Fanconi a (2048) 2762 549.5 8.8e-153 gi|119586187|gb|EAW65783.1| Fanconi anemia, comple (1979) 2748 546.7 5.7e-152 gi|187954507|gb|AAI40777.1| FANCM protein [Homo sa (2022) 2748 546.7 5.8e-152 gi|78099254|sp|Q8IYD8.2|FANCM_HUMAN RecName: Full= (2048) 2748 546.7 5.8e-152 gi|109083475|ref|XP_001096470.1| PREDICTED: simila (1660) 2709 539.1 9.7e-150 gi|109083473|ref|XP_001096802.1| PREDICTED: simila (2050) 2709 539.1 1.1e-149 gi|60552150|gb|AAH91339.1| RGD1307897 protein [Rat ( 518) 2655 528.1 5.9e-147 gi|149051315|gb|EDM03488.1| rCG61693 [Rattus norve ( 487) 2641 525.4 3.7e-146 gi|74193975|dbj|BAE36910.1| unnamed protein produc ( 401) 2624 522.0 3.2e-145 gi|73963567|ref|XP_537429.2| PREDICTED: similar to (2047) 2616 521.0 3.2e-144 gi|194207332|ref|XP_001915885.1| PREDICTED: Fancon (2127) 2571 512.3 1.4e-141 gi|26324902|dbj|BAC26205.1| unnamed protein produc ( 406) 2536 504.9 4.7e-140 gi|194034409|ref|XP_001925298.1| PREDICTED: Fancon (1786) 1417 287.4 6.1e-74 gi|194034413|ref|XP_001925355.1| PREDICTED: simila ( 268) 1293 262.5 2.7e-67 gi|119586186|gb|EAW65782.1| Fanconi anemia, comple (2083) 1301 264.8 4.3e-67 gi|126843130|gb|ABO27624.1| Fanconi anemia M [Dani (1761) 656 139.1 2.6e-29 gi|47230040|emb|CAG10454.1| unnamed protein produc (1724) 651 138.1 5e-29 gi|149051314|gb|EDM03487.1| rCG61774 [Rattus norve ( 647) 634 134.5 2.4e-28 gi|115613179|ref|XP_781239.2| PREDICTED: similar t (2463) 539 116.4 2.4e-22 gi|210127015|gb|EEA74699.1| hypothetical protein B (2342) 499 108.6 5.1e-20 gi|210127019|gb|EEA74703.1| hypothetical protein B (2295) 461 101.2 8.6e-18 gi|224052027|ref|XP_002200489.1| PREDICTED: simila (1598) 428 94.7 5.6e-16 gi|194676946|ref|XP_001788313.1| PREDICTED: simila ( 296) 332 75.4 6.7e-11 gi|6015747|emb|CAB57574.1| ATP-dependent RNA helic ( 233) 259 61.0 1.1e-06 gi|2649107|gb|AAB89786.1| ATP-dependent RNA helica ( 741) 263 62.2 1.5e-06 gi|145701118|gb|ABP94260.1| ERCC4 domain protein [ ( 230) 255 60.3 1.8e-06 gi|15621433|dbj|BAB65428.1| 232aa long conserved h ( 232) 248 58.9 4.7e-06 gi|214032443|gb|EEB73273.1| Type III 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