FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
../query/mKIAA0648.ptfa, 1122 aa
vs ./tmplib.26680 library
1767895 residues in 2168 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8982+/-0.00456; mu= 16.4541+/- 0.304
mean_var=94.0404+/-22.076, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 25 in 1/35
Lambda= 0.1323
FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(2168)
mKIAA0979 ( 1191 res) mbx00002 (1191) 4472 865 0
>>mKIAA0979 ( 1191 res) mbx00002 (1191 aa)
initn: 4472 init1: 4472 opt: 4472 Z-score: 4608.8 bits: 864.7 E(): 0
Smith-Waterman score: 4472; 75.943% identity (75.943% ungapped) in 848 aa overlap (275-1122:1-848)
250 260 270 280 290 300
mKIAA0 VQTIEACIANFFNQVLVLGRSSVSDLSEHVFDLIQELFAIDPQLLLSVMPQLEFKLKSND
:::: ::. :: .:::::.:::::::::::
mKIAA0 FDLILELYNIDSHLLLSVLPQLEFKLKSND
10 20 30
310 320 330 340 350 360
mKIAA0 GEERLAVVRLLAKLFGSKDSDLATQNRPLWQCFLGRFNDIHVPVRLESVKFASHCLMNHP
.:::: ::.::::.::.:::.::.::.:::::.::::::::::.::: ::::::::::::
mKIAA0 NEERLQVVKLLAKMFGAKDSELASQNKPLWQCYLGRFNDIHVPIRLECVKFASHCLMNHP
40 50 60 70 80 90
370 380 390 400 410 420
mKIAA0 DLAKDLTEYLKVRSHDPEEAIRHDVIVTIITAAKRDLALVNDQLLGFVRERTLDKRWRVR
:::::::::::::::::::::::::::.:.::::.:. ::::.::.::::::::::::::
mKIAA0 DLAKDLTEYLKVRSHDPEEAIRHDVIVSIVTAAKKDILLVNDHLLNFVRERTLDKRWRVR
100 110 120 130 140 150
430 440 450 460 470 480
mKIAA0 KEAMMGLAQLYKKYCLHGEAGKEAAEKVSWIKDKLLHIYYQNSIDDKLLVEKIFAQYLVP
:::::::::.:::: :.. :::.::...::.:::::::::::::::.::::.:::::.::
mKIAA0 KEAMMGLAQIYKKYSLQSAAGKDAAKQISWVKDKLLHIYYQNSIDDRLLVERIFAQYMVP
160 170 180 190 200 210
490 500 510 520 530 540
mKIAA0 HNLETEERMKCLYYLYASLDPNAVKALNEMWKCQNMLRSHVRELLDLHKQPTSEANCSAM
::::: :::::::::::.:: ::::::::::::::.:: .:..:::: ::: ..:. .:.
mKIAA0 HNLETTERMKCLYYLYATLDLNAVKALNEMWKCQNLLRHQVKDLLDLIKQPKTDASVKAI
220 230 240 250 260 270
550 560 570 580 590 600
mKIAA0 FGKLMTIAKNLPDPGKAQDFVKEFNQVLGDDEKLRSQLELLISPTCSCKQADVCVREIAR
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mKIAA0 FSKVMVITRNLPDPGKAQDFMKKFTQVLEDDEKIRKQLEALVSPTCSCKQAEGCVREITK
280 290 300 310 320 330
610 620 630 640 650 660
mKIAA0 KLANPKQPTNPFLEMVKFLLERIAPVHIDSEAISALVKLMNKSIEGTADDEEEGVSPDSA
::.::::::::::::.:::::::::::::.:.::::.: .::::.::::::.::: :.:
mKIAA0 KLGNPKQPTNPFLEMIKFLLERIAPVHIDTESISALIKQVNKSIDGTADDEDEGVPTDQA
340 350 360 370 380 390
670 680 690 700 710 720
mKIAA0 IRSGLELLKVLSFTHPTSFHSAETYESLLQCLRMEDDKVAEAAIQIFRNTGHKIETDLPQ
::.::::::::::::: :::::::.:::: ::.:.:.::::::.:::.::: ::: :.:.
mKIAA0 IRAGLELLKVLSFTHPISFHSAETFESLLACLKMDDEKVAEAALQIFKNTGSKIEEDFPH
400 410 420 430 440 450
730 740 750 760 770 780
mKIAA0 IRSTLIPILHQKAKRGTPHQAKQAVHCIHAIFSNKEVQLAQIFEPLSRSLNADVPEQLIT
:::.:.:.::.:.:.: :.::: :.::::::::.::.:.::::::: .::. . :.:::
mKIAA0 IRSALLPVLHHKSKKGPPRQAKYAIHCIHAIFSSKETQFAQIFEPLHKSLDPSNLEHLIT
460 470 480 490 500 510
790 800 810 820 830 840
mKIAA0 PLVSLGHISMLAPDQFASPMKSVVANFIVKDLLMNDRSTGEKNGKLWSPDEEVSPEVLAK
:::..:::..:::::::.:.::.::.::::::::::: :.:. ::: ::::::::...:
mKIAA0 PLVTIGHIALLAPDQFAAPLKSLVATFIVKDLLMNDRLPGKKTTKLWVPDEEVSPETMVK
520 530 540 550 560 570
850 860 870 880 890 900
mKIAA0 VYLLRLLVRWLLGMKNNQSKSANSTLRLLSAMLVSEGDLTEQKRISKSDMSRLRLAAGSA
. ....::::::::::.:::..::::::...: :.:::::: .::: ::::::::::::
mKIAA0 IQAIKMMVRWLLGMKNNHSKSGTSTLRLLTTILHSDGDLTEQGKISKPDMSRLRLAAGSA
580 590 600 610 620 630
910 920 930 940 950 960
mKIAA0 IMKLAQEPCYHEIITPEQFQLCALVINDECYQVRQIFAQKLHKALVKLLLPLEYMAIFAL
:.::::::::::::: ::.:::::.::::::::::.:::::::.: .: :::::::: ::
mKIAA0 IVKLAQEPCYHEIITLEQYQLCALAINDECYQVRQVFAQKLHKGLSRLRLPLEYMAICAL
640 650 660 670 680 690
970 980 990 1000 1010 1020
mKIAA0 CAKDPVKERRAHARQCLLKNISIRREYIKQNPMATEKLLSLLPEYVVPYMIHLLAHDPDF
:::::::::::::::::.:::..::::.::. ..:::::::::::::: :::::::::.
mKIAA0 CAKDPVKERRAHARQCLVKNITVRREYLKQHAAVSEKLLSLLPEYVVPYTIHLLAHDPDY
700 710 720 730 740 750
1030 1040 1050 1060 1070 1080
mKIAA0 TRSQDVDQLRDIKECLWFMLEVLMTKNENNSHAFMKKMAENIKLTRDAQSPDESKTNEKL
.. ::..::.:.::::::.::.::.:::::::::..::.:::: :.:::.::..: ::::
mKIAA0 VKVQDIEQLKDVKECLWFVLEILMAKNENNSHAFIRKMVENIKQTKDAQGPDDTKMNEKL
760 770 780 790 800 810
1090 1100 1110 1120
mKIAA0 YTVCDVALCVINSKSALCNADSPKDPVLPMKFFTQPEK
:::::::. .: :::. . .:::::::: .:::::.:
mKIAA0 YTVCDVAMNIIMSKSTTYSLESPKDPVLPARFFTQPDKNFSNTKNYLPPEMKSFFTPGKP
820 830 840 850 860 870
mKIAA0 KTANVLGAVNKPLSSAGKQSQTKSSRMETVSNASSSSNPSSPGRIKGRLDSSEMDHSENE
880 890 900 910 920 930
1122 residues in 1 query sequences
1767895 residues in 2168 library sequences
Scomplib [34t11]
start: Mon Mar 27 10:25:21 2006 done: Mon Mar 27 10:25:23 2006
Scan time: 1.080 Display time: 0.100
Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]