# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mef00473.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0480.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0480, 1937 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7911587 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2841+/-0.000201; mu= 11.3648+/- 0.011 mean_var=126.1691+/-24.113, 0's: 36 Z-trim: 72 B-trim: 114 in 1/66 Lambda= 0.114182 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|149234349|ref|XP_129509.7| PREDICTED: centrosom (3092) 12496 2071.6 0 gi|149241237|ref|XP_922079.2| PREDICTED: similar t (3092) 12482 2069.3 0 gi|148707452|gb|EDL39399.1| mCG145690 [Mus musculu (2503) 10132 1682.1 0 gi|109498796|ref|XP_001067472.1| PREDICTED: simila (3076) 8474 1409.1 0 gi|73960397|ref|XP_537151.2| PREDICTED: similar to (3115) 7766 1292.5 0 gi|194210366|ref|XP_001488283.2| PREDICTED: centro (3118) 7184 1196.6 0 gi|119908634|ref|XP_614825.3| PREDICTED: similar t (3115) 7182 1196.2 0 gi|119611476|gb|EAW91070.1| centrosomal protein 35 (3117) 7096 1182.1 0 gi|74746869|sp|Q5VT06.1|CE350_HUMAN RecName: Full= (3117) 7096 1182.1 0 gi|18027302|gb|AAL55733.1|AF287356_1 centrosome-as (3117) 7090 1181.1 0 gi|109019181|ref|XP_001115136.1| PREDICTED: simila (2804) 7071 1177.9 0 gi|109019179|ref|XP_001115148.1| PREDICTED: simila (3117) 7071 1178.0 0 gi|114568233|ref|XP_001158610.1| PREDICTED: centro (2804) 7051 1174.6 0 gi|114568229|ref|XP_514032.2| PREDICTED: hypotheti (3117) 7051 1174.7 0 gi|149058345|gb|EDM09502.1| rCG46291 [Rattus norve (2488) 6375 1063.2 0 gi|126306475|ref|XP_001374375.1| PREDICTED: simila (3131) 5120 856.6 0 gi|114568231|ref|XP_001158487.1| PREDICTED: centro (2835) 5019 839.9 0 gi|149636325|ref|XP_001515795.1| PREDICTED: simila (3126) 4827 808.3 0 gi|119611477|gb|EAW91071.1| centrosomal protein 35 (2215) 4700 787.2 0 gi|118094176|ref|XP_422260.2| PREDICTED: similar t (3178) 4504 755.1 2.4e-214 gi|114568235|ref|XP_001158543.1| PREDICTED: centro (2813) 4439 744.4 3.7e-211 gi|18027304|gb|AAL55734.1|AF287357_1 centrosome-as (1491) 4273 716.7 3.9e-203 gi|189522303|ref|XP_001343753.2| PREDICTED: wu:fa1 (3043) 3735 628.4 3.1e-176 gi|73960399|ref|XP_858556.1| PREDICTED: similar to (1265) 3647 613.6 3.9e-172 gi|169158283|emb|CAQ15556.1| novel protein similar (1800) 3312 558.5 2e-155 gi|55959371|emb|CAI14834.1| centrosomal protein 35 (1291) 2983 504.2 3.3e-139 gi|55959373|emb|CAI14836.1| centrosomal protein 35 ( 581) 2862 483.9 1.9e-133 gi|109498047|ref|XP_341137.3| PREDICTED: similar t (3045) 2358 401.6 6e-108 gi|116284339|gb|AAH17847.1| CEP350 protein [Homo s ( 447) 1972 337.2 2.1e-89 gi|47225654|emb|CAG07997.1| unnamed protein produc (2003) 1170 205.7 3.6e-49 gi|55666240|emb|CAH72346.1| centrosomal protein 35 ( 330) 1068 188.2 1.1e-44 gi|47225655|emb|CAG07998.1| unnamed protein produc ( 241) 751 135.8 4.8e-29 gi|221117185|ref|XP_002161877.1| PREDICTED: simila (2174) 689 126.5 2.8e-25 gi|190587432|gb|EDV27474.1| 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( 162) 362 71.6 7e-10 gi|119590010|gb|EAW69604.1| cytoplasmic linker 2, (1046) 371 73.8 9.6e-10 gi|114614003|ref|XP_001150007.1| PREDICTED: cytopl (1046) 369 73.5 1.2e-09 gi|224076088|ref|XP_002191984.1| PREDICTED: simila (1040) 368 73.3 1.3e-09 >>gi|149234349|ref|XP_129509.7| PREDICTED: centrosome-as (3092 aa) initn: 10122 init1: 10122 opt: 12496 Z-score: 11119.8 bits: 2071.6 E(): 0 Smith-Waterman score: 12496; 99.897% identity (99.897% similar) in 1938 aa overlap (1-1937:1155-3092) 10 20 30 mKIAA0 AGSTRSSSASKGKKGKKDKMDWLDSLTGSA :::::::::::::::::::::::::::::: gi|149 GVQEEHLSRQFACDLASVDATSQHSSGARSAGSTRSSSASKGKKGKKDKMDWLDSLTGSA 1130 1140 1150 1160 1170 1180 40 50 60 70 80 90 mKIAA0 QNPLIDEEKVQSDSERGSHPSRKLGTGSKLAVGDSEQTLDAESTLEDLSGHSVSGSSDKG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|149 QNPLIDEEKVQSDSERGSHPSRKLGTGSKLAVGDSEQTLDAESTLEDLSGHSVSGSSDKG 1190 1200 1210 1220 1230 1240 100 110 120 130 140 150 mKIAA0 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