# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbp21165.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1934.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1934, 447 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7920856 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1952+/-0.000183; mu= 11.0443+/- 0.010 mean_var=71.3329+/-13.741, 0's: 43 Z-trim: 45 B-trim: 17 in 1/64 Lambda= 0.151855 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|160419236|sp|Q5DTT8.2|PNMA5_MOUSE RecName: Full ( 618) 2934 652.0 1.2e-184 gi|149027100|gb|EDL82842.1| rCG19945 [Rattus norve ( 436) 2537 564.9 1.4e-158 gi|221045596|dbj|BAH14475.1| unnamed protein produ ( 448) 1481 333.5 6.3e-89 gi|160419235|sp|Q96PV4.2|PNMA5_HUMAN RecName: Full ( 448) 1476 332.4 1.3e-88 gi|109132677|ref|XP_001082427.1| PREDICTED: simila ( 448) 1475 332.2 1.6e-88 gi|71680414|gb|AAI01113.1| Paraneoplastic antigen ( 448) 1471 331.3 2.9e-88 gi|12053257|emb|CAB66812.1| hypothetical protein [ ( 455) 973 222.2 2e-55 gi|119593296|gb|EAW72890.1| paraneoplastic antigen ( 455) 972 222.0 2.3e-55 gi|114691178|ref|XP_001145495.1| PREDICTED: parane ( 455) 972 222.0 2.3e-55 gi|119593294|gb|EAW72888.1| paraneoplastic antigen ( 463) 972 222.0 2.4e-55 gi|74725635|sp|Q9UL41.1|PNMA3_HUMAN RecName: Full= ( 463) 972 222.0 2.4e-55 gi|114691176|ref|XP_001145572.1| PREDICTED: parane ( 463) 972 222.0 2.4e-55 gi|189065387|dbj|BAG35226.1| unnamed protein produ ( 463) 972 222.0 2.4e-55 gi|90079087|dbj|BAE89223.1| unnamed protein produc ( 463) 968 221.2 4.4e-55 gi|149760148|ref|XP_001496576.1| PREDICTED: simila ( 463) 968 221.2 4.4e-55 gi|149027101|gb|EDL82843.1| rCG19951 [Rattus norve ( 465) 936 214.1 5.6e-53 gi|37999784|sp|Q9GMU3.1|PNMA2_MACFA RecName: Full= ( 364) 928 212.3 1.6e-52 gi|160419157|sp|A6QLK5.1|PNMA1_BOVIN RecName: Full ( 353) 927 212.1 1.8e-52 gi|57105266|ref|XP_543234.1| PREDICTED: similar to ( 364) 926 211.9 2.1e-52 gi|81914522|sp|Q8JZW8.1|PNMA3_MOUSE RecName: Full= ( 466) 927 212.2 2.2e-52 gi|37999812|sp|Q9UL42.2|PNMA2_HUMAN RecName: Full= ( 364) 921 210.8 4.5e-52 gi|75040916|sp|Q5R486.1|PNMA2_PONAB RecName: Full= ( 364) 921 210.8 4.5e-52 gi|114619368|ref|XP_528094.2| PREDICTED: similar t ( 364) 919 210.3 6.2e-52 gi|194041523|ref|XP_001925541.1| PREDICTED: simila ( 384) 919 210.4 6.4e-52 gi|149746219|ref|XP_001494457.1| PREDICTED: simila ( 364) 918 210.1 7.2e-52 gi|37999352|sp|Q8VHZ4.1|PNMA1_RAT RecName: Full=Pa ( 353) 917 209.9 8.1e-52 gi|73964283|ref|XP_547896.2| PREDICTED: similar to ( 584) 919 210.5 8.9e-52 gi|54673708|gb|AAH36489.1| Paraneoplastic antigen ( 364) 913 209.0 1.5e-51 gi|122136095|sp|Q2KIT6.1|PNMA2_BOVIN RecName: Full ( 364) 912 208.8 1.8e-51 gi|149737354|ref|XP_001490004.1| PREDICTED: simila ( 353) 910 208.4 2.4e-51 gi|12856730|dbj|BAB30762.1| unnamed protein produc ( 353) 907 207.7 3.7e-51 gi|37999678|sp|Q8C1C8.1|PNMA1_MOUSE RecName: Full= ( 353) 904 207.1 5.9e-51 gi|48146341|emb|CAG33393.1| PNMA1 [Homo sapiens] ( 353) 901 206.4 9.2e-51 gi|37999715|sp|Q8ND90.2|PNMA1_HUMAN RecName: Full= ( 353) 900 206.2 1.1e-50 gi|109084267|ref|XP_001091302.1| PREDICTED: parane ( 353) 898 205.7 1.5e-50 gi|194038524|ref|XP_001928996.1| PREDICTED: simila ( 353) 898 205.7 1.5e-50 gi|14030861|gb|AAD13810.3| paraneoplastic neuronal ( 353) 894 204.9 2.7e-50 gi|74009136|ref|XP_549350.2| PREDICTED: similar to ( 481) 875 200.8 6.1e-49 gi|148704039|gb|EDL35986.1| paraneoplastic antigen ( 388) 857 196.8 7.9e-48 gi|160419156|sp|P0C5W0.1|PNM6B_HUMAN RecName: Full ( 399) 850 195.3 2.4e-47 gi|74731084|sp|Q96A40.1|PNM6A_HUMAN RecName: Full= ( 399) 847 194.6 3.7e-47 gi|37999755|sp|Q96BY2.1|MOAP1_HUMAN RecName: Full= ( 351) 846 194.3 3.9e-47 gi|114654506|ref|XP_510137.2| PREDICTED: modulator ( 351) 846 194.3 3.9e-47 gi|37999782|sp|Q9ERH6.1|MOAP1_MOUSE RecName: Full= ( 352) 844 193.9 5.3e-47 gi|148704040|gb|EDL35987.1| paraneoplastic antigen ( 364) 844 193.9 5.4e-47 gi|37999667|sp|Q8BHK0.1|PNMA2_MOUSE RecName: Full= ( 365) 844 193.9 5.4e-47 gi|149030339|gb|EDL85395.1| rCG52129 [Rattus norve ( 364) 843 193.7 6.3e-47 gi|11139669|gb|AAG31786.1|AF305550_1 MAP-1 [Homo s ( 351) 840 193.0 9.7e-47 gi|60552762|gb|AAH91310.1| Modulator of apoptosis ( 352) 840 193.0 9.7e-47 gi|33286890|gb|AAH55374.1| Modulator of apoptosis ( 352) 840 193.0 9.7e-47 >>gi|160419236|sp|Q5DTT8.2|PNMA5_MOUSE RecName: Full=Par (618 aa) initn: 2934 init1: 2934 opt: 2934 Z-score: 3471.3 bits: 652.0 E(): 1.2e-184 Smith-Waterman score: 2934; 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