# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbp20053.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1866.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1866, 487 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7910724 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5429+/-0.000203; mu= 5.4036+/- 0.011 mean_var=135.2269+/-25.404, 0's: 26 Z-trim: 57 B-trim: 0 in 0/65 Lambda= 0.110292 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|149269535|ref|XP_001472296.1| PREDICTED: simila (1625) 3172 516.6 1.9e-143 gi|124487225|ref|NP_001074885.1| fibronectin type (1732) 3172 516.6 2e-143 gi|148675964|gb|EDL07911.1| mCG117430 [Mus musculu (1379) 3026 493.3 1.7e-136 gi|82547022|gb|ABB82299.1| activator of G-protein (1730) 2628 430.1 2.3e-117 gi|215273992|sp|Q2Q0I9.2|FNDC1_RAT RecName: Full=F (1779) 2610 427.2 1.7e-116 gi|149028286|gb|EDL83702.1| rCG40759 [Rattus norve (1341) 2281 374.7 8.1e-101 gi|119568019|gb|EAW47634.1| fibronectin type III d (1322) 753 131.6 1.2e-27 gi|148922288|gb|AAI46784.1| FNDC1 protein [Homo sa (1773) 753 131.7 1.5e-27 gi|220732370|emb|CAX14958.1| fibronectin type III (1789) 753 131.7 1.5e-27 gi|63020636|gb|AAY26234.1| expressed in synovial l (1836) 753 131.7 1.6e-27 gi|223462179|gb|AAI50608.1| FNDC1 protein [Homo sa (1842) 753 131.7 1.6e-27 gi|215274158|sp|Q4ZHG4.3|FNDC1_HUMAN RecName: Full (1888) 753 131.7 1.6e-27 gi|220675577|emb|CAX14843.1| fibronectin type III (1894) 753 131.7 1.6e-27 gi|114610008|ref|XP_518834.2| PREDICTED: fibronect (1842) 752 131.6 1.8e-27 gi|194227475|ref|XP_001500901.2| PREDICTED: fibron (1981) 647 114.9 2e-22 gi|73946201|ref|XP_541178.2| PREDICTED: similar to (1892) 588 105.5 1.3e-19 gi|194670206|ref|XP_592756.4| PREDICTED: similar t (1909) 575 103.4 5.4e-19 gi|126311244|ref|XP_001381430.1| PREDICTED: simila (1939) 397 75.1 1.8e-10 gi|149633711|ref|XP_001506030.1| PREDICTED: simila (1584) 340 66.0 8.5e-08 gi|28829783|gb|AAO52285.1| similar to Leishmania m ( 474) 299 59.0 3.3e-06 gi|198151215|gb|EDY74106.1| GA28568 [Drosophila ps (1997) 296 59.1 1.3e-05 gi|134065503|emb|CAM43270.1| proteophosphoglycan p (4324) 298 59.7 1.8e-05 gi|118088333|ref|XP_419627.2| PREDICTED: similar t (1575) 289 57.8 2.4e-05 gi|70905641|gb|AAZ14280.1| proteophosphoglycan ppg (7194) 289 58.5 7e-05 gi|134073236|emb|CAM71958.1| proteophosphoglycan p (5967) 286 57.9 8.6e-05 gi|220976661|gb|EED94988.1| predicted protein [Tha (1964) 274 55.5 0.00014 gi|70905640|gb|AAZ14279.1| proteophosphoglycan ppg (1435) 269 54.6 0.0002 gi|154816266|gb|ABS87372.1| flocculin [Saccharomyc (1360) 268 54.4 0.00021 gi|70905643|gb|AAZ14282.1| proteophosphoglycan ppg (2425) 270 55.0 0.00026 gi|70905642|gb|AAZ14281.1| proteophosphoglycan 5 [ (17392) 279 57.2 0.0004 gi|211589385|emb|CAP95526.1| Pc21g06290 [Penicilli ( 753) 258 52.6 0.00042 gi|209585698|gb|ACI64383.1| predicted protein [Tha (3283) 266 54.5 0.0005 gi|220977246|gb|EED95573.1| predicted protein [Tha (4505) 261 53.8 0.0011 gi|224047346|ref|XP_002195850.1| PREDICTED: hypoth (1281) 252 51.9 0.0012 gi|34809533|gb|AAQ82687.1| Epa5p [Candida glabrata (1218) 249 51.4 0.0016 gi|189527581|ref|XP_001336182.2| PREDICTED: simila ( 700) 244 50.4 0.0019 gi|144582366|gb|ABP00443.1| predicted protein [Ost ( 494) 235 48.8 0.0039 gi|189526683|ref|XP_001919147.1| PREDICTED: hypoth ( 370) 233 48.3 0.004 gi|224048088|ref|XP_002188813.1| PREDICTED: simila (1564) 242 50.4 0.0042 gi|135532|sp|P23253.1|TCNA_TRYCR RecName: Full=Sia (1162) 238 49.6 0.0052 gi|49525287|emb|CAG58900.1| unnamed protein produc ( 975) 235 49.1 0.0064 gi|193908040|gb|EDW06907.1| GI15442 [Drosophila mo (2834) 239 50.1 0.0089 >>gi|149269535|ref|XP_001472296.1| PREDICTED: similar to (1625 aa) initn: 3172 init1: 3172 opt: 3172 Z-score: 2731.5 bits: 516.6 E(): 1.9e-143 Smith-Waterman score: 3172; 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