# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbp12062.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1929.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1929, 668 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7916781 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2127+/-0.000184; mu= 12.9361+/- 0.010 mean_var=77.6702+/-15.195, 0's: 39 Z-trim: 54 B-trim: 107 in 1/65 Lambda= 0.145528 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|109480881|ref|XP_216954.4| PREDICTED: similar t ( 661) 4163 883.8 0 gi|6093970|sp|Q61085.1|RHPN1_MOUSE RecName: Full=R ( 643) 3206 682.9 9.3e-194 gi|19343951|gb|AAH25767.1| Rhophilin, Rho GTPase b ( 670) 3137 668.4 2.2e-189 gi|194672727|ref|XP_875821.2| PREDICTED: similar t ( 652) 2979 635.2 2.1e-179 gi|149066183|gb|EDM16056.1| rhophilin, Rho GTPase ( 643) 2958 630.8 4.4e-178 gi|148697538|gb|EDL29485.1| rhophilin, Rho GTPase ( 472) 2785 594.4 3e-167 gi|30354357|gb|AAH52010.1| Rhpn1 protein [Mus musc ( 451) 2747 586.4 7.3e-165 gi|126323112|ref|XP_001373228.1| PREDICTED: simila ( 651) 2566 548.5 2.7e-153 gi|118087436|ref|XP_418410.2| PREDICTED: similar t ( 676) 2456 525.4 2.4e-146 gi|149571566|ref|XP_001518976.1| PREDICTED: simila ( 694) 2434 520.8 6.1e-145 gi|224046802|ref|XP_002187136.1| PREDICTED: rhophi ( 640) 2424 518.7 2.5e-144 gi|51703751|gb|AAH81320.1| Rhpn1 protein [Xenopus ( 706) 2286 489.7 1.4e-135 gi|189533546|ref|XP_001338978.2| PREDICTED: simila ( 659) 2114 453.6 9.9e-125 gi|119602657|gb|EAW82251.1| rhophilin, Rho GTPase ( 440) 1964 422.0 2.2e-115 gi|119602660|gb|EAW82254.1| rhophilin, Rho GTPase ( 428) 1931 415.0 2.6e-113 gi|119602662|gb|EAW82256.1| rhophilin, Rho GTPase ( 413) 1844 396.8 8e-108 gi|30173334|sp|Q8TCX5.1|RHPN1_HUMAN RecName: Full= ( 695) 1845 397.1 1e-107 gi|210130213|gb|EEA77885.1| hypothetical protein B ( 530) 1810 389.7 1.4e-105 gi|118096400|ref|XP_414133.2| PREDICTED: similar t ( 679) 1783 384.1 8.4e-104 gi|27882117|gb|AAH44556.1| Rhophilin, Rho GTPase b ( 683) 1782 383.9 9.8e-104 gi|62288909|sp|Q6TNR1.1|RHPN2_DANRE RecName: Full= ( 683) 1778 383.1 1.7e-103 gi|126296046|ref|XP_001367255.1| PREDICTED: simila ( 765) 1770 381.4 6.1e-103 gi|215498838|gb|EEC08332.1| rhophilin-2, putative ( 665) 1756 378.4 4.2e-102 gi|189054743|dbj|BAG37565.1| unnamed protein produ ( 686) 1754 378.0 5.8e-102 gi|193783689|dbj|BAG53600.1| unnamed protein produ ( 686) 1752 377.6 7.7e-102 gi|62288912|sp|Q8IUC4.1|RHPN2_HUMAN RecName: Full= ( 686) 1750 377.2 1e-101 gi|22209019|gb|AAH36447.1| Rhophilin, Rho GTPase b ( 686) 1750 377.2 1e-101 gi|62288911|sp|Q8HXG3.1|RHPN2_CANFA RecName: Full= ( 686) 1747 376.6 1.6e-101 gi|114622292|ref|XP_519997.2| PREDICTED: rhophilin ( 595) 1744 375.9 2.2e-101 gi|114676514|ref|XP_001152684.1| PREDICTED: rhophi ( 686) 1740 375.1 4.4e-101 gi|72009278|ref|XP_785878.1| PREDICTED: similar to ( 687) 1734 373.8 1.1e-100 gi|190360199|sp|A4FUC9.1|RHPN2_BOVIN RecName: Full ( 686) 1730 373.0 1.9e-100 gi|224064908|ref|XP_002187915.1| PREDICTED: rhophi ( 683) 1727 372.4 2.9e-100 gi|47220871|emb|CAG03078.1| unnamed protein produc ( 742) 1716 370.1 1.5e-99 gi|21732479|emb|CAD38597.1| hypothetical protein [ ( 657) 1714 369.6 1.9e-99 gi|62288910|sp|Q8BWR8.2|RHPN2_MOUSE RecName: Full= ( 686) 1710 368.8 3.5e-99 gi|148671074|gb|EDL03021.1| rhophilin, Rho GTPase ( 692) 1710 368.8 3.5e-99 gi|72679850|gb|AAI00315.1| Rhpn2 protein [Mus musc ( 686) 1706 368.0 6.2e-99 gi|149056195|gb|EDM07626.1| rhophilin, Rho GTPase ( 686) 1705 367.7 7.2e-99 gi|149721942|ref|XP_001490099.1| PREDICTED: simila ( 670) 1699 366.5 1.7e-98 gi|26340930|dbj|BAC34127.1| unnamed protein produc ( 686) 1694 365.4 3.6e-98 gi|171846788|gb|AAI61451.1| LOC100145690 protein [ ( 682) 1692 365.0 4.8e-98 gi|114676516|ref|XP_001152357.1| PREDICTED: rhophi ( 685) 1690 364.6 6.4e-98 gi|82200408|sp|Q6DJJ6.1|RHN2A_XENLA RecName: Full= ( 683) 1689 364.4 7.4e-98 gi|82197991|sp|Q63ZR5.1|RHN2B_XENLA RecName: Full= ( 683) 1679 362.3 3.2e-97 gi|14279409|gb|AAK58588.1|AF268032_1 rhophilin-lik ( 685) 1660 358.3 5e-96 gi|91085665|ref|XP_971529.1| PREDICTED: similar to ( 660) 1642 354.5 6.7e-95 gi|110749461|ref|XP_001120267.1| PREDICTED: simila ( 660) 1626 351.1 6.9e-94 gi|156537498|ref|XP_001607370.1| PREDICTED: simila ( 713) 1623 350.5 1.1e-93 gi|119602661|gb|EAW82255.1| rhophilin, Rho GTPase ( 400) 1577 340.7 5.9e-91 >>gi|109480881|ref|XP_216954.4| PREDICTED: similar to Rh (661 aa) initn: 4163 init1: 4163 opt: 4163 Z-score: 4720.6 bits: 883.8 E(): 0 Smith-Waterman score: 4163; 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