FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA1414.ptfa, 1305 aa vs ./tmplib.26680 library 1767712 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9267+/-0.00418; mu= 16.4483+/- 0.279 mean_var=88.6203+/-20.411, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/36 Lambda= 0.1362 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA1316 ( 1441 res) mbg10179 (1441) 2142 432 2.8e-121 >>mKIAA1316 ( 1441 res) mbg10179 (1441 aa) initn: 3080 init1: 1000 opt: 2142 Z-score: 2269.8 bits: 432.4 E(): 2.8e-121 Smith-Waterman score: 3095; 55.828% identity (59.577% ungapped) in 858 aa overlap (472-1305:1-828) 450 460 470 480 490 500 mKIAA1 LGPSVVRYHLPKMLLLWRNVFPRSLKELEAEKARGDSFTWQVTLEGRAGALCAMRSFVAH ::.::::::::::::::::::::..::..: mKIAA1 EKSRGDSFTWQVTLEGRAGALCAVKSFISH 10 20 30 510 520 530 540 550 560 mKIAA1 CPELLTEDAIRKLMTPIECAMTMMSHIPSVIKAHGAHLKASAAMVRLRLYDILALLPPKT : .::::..:..:. :. ::. ..... :..:..:. ::. . . : :::..: ::::.: mKIAA1 CGDLLTEEVIQRLLPPLPCAVDLLTQLSSILKTYGSSLKTPSIVYRQRLYELLILLPPET 40 50 60 70 80 90 570 580 590 600 610 620 mKIAA1 YEGSFNALLRELVAEFTLTDNSANTTTSLLRSLCHYDDSVLLGSWLQETDHKSIEDQLQP :.:.. ..:.::.::.: :..: ..: :: .::: :: ..:. ::::::. ::.:: mKIAA1 YKGNLCVILKELAAELTAPDTQAAASTCLLPALCHPDDLLILSPLLQETDHRFIEEQLLL 100 110 120 130 140 150 630 640 650 660 670 680 mKIAA1 NSASGSGALEHDPSSIYLRIPAGEAVPGPLPLGVSVIDASVALFGVVFPHVSYKHRLQML ... . :.::.:: ::: . :..:: ::: ..:::... ::::: :. .:. .: mKIAA1 GNGVACGSLEYDPYSIYEKDVEGDSVPKPLPPALSVISSASKLFGVVCATVDEAQRVLIL 160 170 180 190 200 210 690 700 710 720 730 740 mKIAA1 DHFAECVKQAKGVRQQAVQLNIFTAVLSALKGLAENKSTLGPEEVRKSALTLVMGALDNP ... . .:..::.:::.:::.. .:. . :: .: .:..:::: ::. .::::.:::..: mKIAA1 EQLLNSIKHTKGARQQTVQLHVVSAISNLLKYVAGSKQSLGPE-VRRLVLTLVLGALESP 220 230 240 250 260 750 760 770 mKIAA1 NPILR-------VRQGK-----------------PLKSARDVVSRTGHSLALGCLHRYVG .:.:: .: .. ::::::::.::::::::: ::::.: mKIAA1 TPLLRCAASEAWARLAQVADDGAFTAGLAQLSFDKLKSARDVVTRTGHSLALGSLHRYLG 270 280 290 300 310 320 780 790 800 810 820 830 mKIAA1 GIGSGQHLKTSVSILLALAQDGTSPEVQTWSLHSLALIVDSSGPMYRGYVEPTLSLVLTL ::: :::.. ...: .:.::.:::.::::.::::.: .::.: .:. .:: ::::.. : mKIAA1 GIGP-QHLSSCIGVLYTLSQDSTSPDVQTWALHSLSLTIDSAGALYHVHVESTLSLIVML 330 340 350 360 370 380 840 850 860 870 880 890 mKIAA1 LLTVPPSHTEVHQCLGRCLGAIITTVGPELQGNAATISTIRSSCLVGCAITQDHSDSLVQ ::.:::.:..::: :::::.:.:::.::::::. ...:..:.:::.:::. ::: ::: mKIAA1 LLNVPPTHAQVHQSLGRCLNALITTLGPELQGSNTSVSALRTSCLLGCAVMQDHPGCLVQ 390 400 410 420 430 440 900 910 920 930 940 950 mKIAA1 AAAISCLQQLHMFAPRHVNLSSLVPSLCVHLCSSHLLLRRAAVACLRQLAQREAAEVCEY : :::::::::::::::::::::: :::.::: .::::::..::::::.::::::: :. mKIAA1 AQAISCLQQLHMFAPRHVNLSSLVSCLCVNLCSPYLLLRRAVLACLRQLVQREAAEVSEH 450 460 470 480 490 500 960 970 980 990 1000 1010 mKIAA1 AMSLAKNAGDKEISGGNVNPFTPGVSSRSDVHCRHQGVNITDTGLEGLLFGMLDRETDRK :. ::... : . .:. :. ..:::: :...::::::.. mKIAA1 AIMLARDGRD----------------AAADA-------NLREVGLEGALLALLDRETDES 510 520 530 540 1020 1030 1040 1050 1060 1070 mKIAA1 LCSDIHDTLGHMLSSLAVEKLSHWLMLCKDVLAASSDMSAATLLSSGKDEESEKKDEMDD ::.::..:: :::.:.:: ::. :: :::::::::.:..:.: ... ..::... : mKIAA1 LCQDIRETLHHMLTSMAVGKLTLWLKLCKDVLAASADFTAVTCVDTMQEEEGDR----GD 550 560 570 580 590 600 1080 1090 1100 1110 1120 1130 mKIAA1 DAMFTTLGEEDKSKPFVAPRWATRVFAADCLCRIINLCENSDQAHFDLALARSAKLRNPK :: : :. :: .:: ::::::::::::.::::: :::...::::.:::. : :. . mKIAA1 DASVLTRGD-DKPHPFSNPRWATRVFAADCVCRIINQCENANRAHFDIALAQEMKKRDSR 610 620 630 640 650 660 1140 1150 1160 1170 1180 1190 mKIAA1 NDLLVLHLSGLIRMAFMAATDHSNQLRMAGLQALEDIIKKFASVPEPEFPGHVILEQYQA ::.:::::. :::::::::::::.:::..::..: .:..::.. ::::::::::::::: mKIAA1 NDFLVLHLADLIRMAFMAATDHSDQLRLSGLDTLLVVIRRFADIAEPEFPGHVILEQYQA 670 680 690 700 710 720 1200 1210 1220 1230 1240 1250 mKIAA1 NVGAALRPAFSQDTPSDIIAKACQVCSTWIGSGVVSDLNDLRRVHNLLVSSLDTVQAGKG ::::::::::...:: :: ::::::::.::.:::::::.::::::.:::::: .:::: mKIAA1 NVGAALRPAFTSETPPDITAKACQVCSAWIASGVVSDLSDLRRVHQLLVSSLTKIQAGKE 730 740 750 760 770 780 1260 1270 1280 1290 1300 mKIAA1 SSSQLYRESATTMEKLAVLKAWAEVYVVAMNIKKEAESKPKRAMNNPD . :::: :::.::: ::::.::::::..:.. .:. .. : ..:. : mKIAA1 ALSQLYNESASTMEILAVLRAWAEVYIIAVQRHKNHKQALKTTVNSEDSMRNGSSSAAGL 790 800 810 820 830 840 mKIAA1 LDLVCTDLATLSKLWLAALQDFALLTLPAEFASQLPTEGGAFYTAETSKSAKLHYHDSWA 850 860 870 880 890 900 1305 residues in 1 query sequences 1767712 residues in 2168 library sequences Scomplib [34t11] start: Mon Mar 27 10:44:08 2006 done: Mon Mar 27 10:44:09 2006 Scan time: 1.190 Display time: 0.120 Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]