# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbp08057.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1318.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1318, 1157 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7908124 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0661+/-0.000204; mu= 5.5723+/- 0.011 mean_var=140.7221+/-26.723, 0's: 31 Z-trim: 83 B-trim: 0 in 0/66 Lambda= 0.108117 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|123227004|emb|CAM26771.1| retrotransposon gag d (1210) 7413 1168.8 0 gi|148682790|gb|EDL14737.1| mCG7581 [Mus musculus] (1364) 7413 1168.9 0 gi|149272302|ref|XP_001474956.1| PREDICTED: simila (1367) 7413 1168.9 0 gi|125988415|sp|Q32KG4.1|RGAG1_MOUSE RecName: Full (1339) 7134 1125.3 0 gi|74715429|sp|Q8NET4.1|RGAG1_HUMAN RecName: Full= (1388) 3385 540.6 2.3e-150 gi|194379528|dbj|BAG63730.1| unnamed protein produ ( 949) 2476 398.7 8.4e-108 gi|149268673|ref|XP_001479514.1| PREDICTED: simila (1210) 738 127.7 4.1e-26 gi|115770339|ref|XP_001176616.1| PREDICTED: simila (1518) 633 111.4 4.1e-21 gi|134065503|emb|CAM43270.1| proteophosphoglycan p (4324) 636 112.2 6.7e-21 gi|134073236|emb|CAM71958.1| proteophosphoglycan p (5967) 596 106.1 6.4e-19 gi|70905641|gb|AAZ14280.1| proteophosphoglycan ppg (7194) 573 102.5 8.9e-18 gi|149269288|ref|XP_001002195.2| PREDICTED: simila (1134) 556 99.3 1.4e-17 gi|55380396|gb|AAN09586.2| CG32602 [Drosophila mel (3269) 543 97.6 1.3e-16 gi|51869311|emb|CAE54436.1| secreted mucin MUC17 [ (4262) 537 96.7 2.9e-16 gi|74708733|sp|Q685J3.1|MUC17_HUMAN RecName: Full= (4493) 537 96.8 3.1e-16 gi|91982772|ref|NP_001035194.1| mucin 17 [Homo sap (4493) 537 96.8 3.1e-16 gi|70905643|gb|AAZ14282.1| proteophosphoglycan ppg (2425) 511 92.5 3.2e-15 gi|212001255|gb|EEB06915.1| predicted protein [Sch (1678) 490 89.1 2.3e-14 gi|170942511|emb|CAP68163.1| unnamed protein produ (2643) 478 87.4 1.2e-13 gi|221169016|gb|EEE01484.1| DNA translocase FtsK [ (1782) 469 85.8 2.4e-13 gi|126309637|ref|XP_001375816.1| PREDICTED: simila ( 915) 460 84.2 3.7e-13 gi|115643124|ref|XP_001191767.1| PREDICTED: hypoth (1249) 453 83.2 1e-12 gi|159884001|emb|CAD27472.2| sequence orphan [Schi (1036) 435 80.4 6.1e-12 gi|38567068|emb|CAE76365.1| related to glucan 1, 4 (1625) 436 80.7 7.8e-12 gi|221106925|ref|XP_002156450.1| PREDICTED: hypoth (1158) 431 79.8 1e-11 gi|221110189|ref|XP_002168424.1| PREDICTED: hypoth (1954) 433 80.3 1.2e-11 gi|115695762|ref|XP_001201322.1| PREDICTED: hypoth ( 959) 424 78.6 1.9e-11 gi|160370004|sp|P98088.3|MUC5A_HUMAN RecName: Full (5030) 433 80.6 2.5e-11 gi|220972438|gb|EED90770.1| predicted protein [Tha (1524) 422 78.5 3.4e-11 gi|28865867|emb|CAD54411.1| secreted gel-forming m (1414) 421 78.3 3.5e-11 gi|190649828|gb|EDV47106.1| GG17842 [Drosophila er (3122) 426 79.3 3.8e-11 gi|134065504|emb|CAM43271.1| proteophosphoglycan p (5384) 427 79.7 5.1e-11 gi|728850|sp|P08640.2|MUC1_YEAST RecName: Full=Muc (1367) 413 77.0 8.2e-11 gi|148686172|gb|EDL18119.1| mucin 6, gastric [Mus (2813) 417 77.9 9.2e-11 gi|3834294|gb|AAC70890.1| Hypothetical protein K06 (2232) 409 76.6 1.8e-10 gi|48474505|sp|Q8TFG9.2|YL61_SCHPO RecName: Full=U ( 943) 401 75.0 2.3e-10 gi|99077761|emb|CAK18547.1| cell surface flocculin (1630) 402 75.4 3.1e-10 gi|224087491|ref|XP_002191883.1| PREDICTED: simila (3422) 406 76.2 3.5e-10 gi|177773079|gb|ACB73274.1| SON DNA-binding protei (2432) 400 75.2 5.2e-10 gi|126325975|ref|XP_001373633.1| PREDICTED: simila (3158) 400 75.3 6.3e-10 gi|189539348|ref|XP_001919991.1| PREDICTED: simila (2439) 397 74.7 7.2e-10 gi|187983863|gb|EDU49351.1| predicted protein [Pyr ( 930) 390 73.3 7.3e-10 gi|70866852|gb|EAN82230.1| hypothetical protein Tc (1077) 390 73.3 8.2e-10 gi|194218864|ref|XP_001916050.1| PREDICTED: simila (1104) 389 73.2 9.3e-10 gi|221180864|gb|EEE13267.1| DNA translocase FtsK [ (1717) 390 73.5 1.2e-09 gi|221174359|gb|EEE06791.1| putative ftsk/spoiiie (1717) 390 73.5 1.2e-09 gi|28921429|gb|EAA30735.1| hypothetical protein NC (1376) 387 73.0 1.4e-09 gi|156550616|ref|XP_001604408.1| PREDICTED: simila (3468) 391 73.9 1.8e-09 gi|7682468|gb|AAF67279.1| submaxillary mucin [Bos ( 818) 379 71.5 2.2e-09 gi|145013705|gb|EDJ98346.1| predicted protein [Mag ( 819) 379 71.5 2.2e-09 >>gi|123227004|emb|CAM26771.1| retrotransposon gag domai (1210 aa) initn: 7413 init1: 7413 opt: 7413 Z-score: 6252.1 bits: 1168.8 E(): 0 Smith-Waterman score: 7413; 100.000% identity (100.000% similar) in 1157 aa overlap (1-1157:54-1210) 10 20 30 mKIAA1 DPGEISPLLIPDMNPGVTSTPPMTAPGSEA :::::::::::::::::::::::::::::: gi|123 PLAMPIQSSGVISAPIMSTSSSEASLMLGSDPGEISPLLIPDMNPGVTSTPPMTAPGSEA 30 40 50 60 70 80 40 50 60 70 80 90 mKIAA1 MSPLQITDEDTEAMSKVLMTALASGEISSLLMSGTDSEAISSLIMSALASGETPAQPTNP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|123 MSPLQITDEDTEAMSKVLMTALASGEISSLLMSGTDSEAISSLIMSALASGETPAQPTNP 90 100 110 120 130 140 100 110 120 130 140 150 mKIAA1 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