FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA0341.ptfa, 539 aa vs ./tmplib.26680 library 1768478 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5455+/-0.00795; mu= 0.9848+/- 0.528 mean_var=314.9785+/-76.299, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 25 in 1/35 Lambda= 0.0723 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA0552 ( 560 res) mbp12120 ( 560) 439 59 1.1e-09 mKIAA1813 ( 675 res) mph02162 ( 675) 318 47 7.6e-06 >>mKIAA0552 ( 560 res) mbp12120 (560 aa) initn: 677 init1: 233 opt: 439 Z-score: 266.3 bits: 59.1 E(): 1.1e-09 Smith-Waterman score: 613; 33.469% identity (41.772% ungapped) in 493 aa overlap (111-521:49-525) 90 100 110 120 130 mKIAA0 YATLYYREHPRAGDFSKTSLPERGRFDKCRIRPSVFKPPVGSGKGFLSMQSL-------- .:::.::: : :.: :::.: mKIAA0 RDPLLAFAPRPSELGPPDPRLTMGSCSEPLVRPSAFKPVVP--KNFHSMQNLCPPQTNGT 20 30 40 50 60 70 140 150 160 170 mKIAA0 -------AAHKG-----QKLWRSNGSLHTLA--CHPPLSPGPRASQARAQLLHALS---- :. :: . . ..:: :. . :. : :.. .: : :: mKIAA0 PEGRQGPAGLKGGLDKSRTMTPAGGSGGGLSDSGRNSLTSLPTYSSSYSQHLAPLSASTS 80 90 100 110 120 130 180 190 200 210 220 mKIAA0 -LDEGGPEPSLSDSSSGGS----FGRSP---GTGPSPFSSSLGHINHLGGSLDRAPRSPK ... : : ::.::: .: : ... : :::.:. .:::.. mKIAA0 HINRIGTAGYSSGSSGGGSGYQDLGTSDSGRASSKSGSSSSMGRSGHLGSG-------EG 140 150 160 170 180 230 240 250 260 270 280 mKIAA0 ESGPLAVLSCLPEPPPPYEFSCPTTEEVAVLPEAREELKRDLGDQDVSNSFTQVLEERQR .: : .: :: : . :.. . :.:.: ..... .:::::::. mKIAA0 GNGGLPFAAC--SPPSPSALIQELEERLWEKEQEVAALRRSLEQSEAA--VAQVLEERQK 190 200 210 220 230 240 290 300 310 320 330 mKIAA0 LW---LSELKRLYVERLHEVAQKAERSERNLQLQLFMAQQEQRRLRKE----LRAQQGLA : :.::.. .:..::..:.:....::::.. ::....:..: .: .. : mKIAA0 AWERELAELRQGCSGKLQQVARRAQRAQQGLQLQVLRLQQDKKQLQEEAAQLIRQREEL- 250 260 270 280 290 300 340 350 360 370 380 390 mKIAA0 PEPRTSGSSME-ADPNARPEEEARWEVCQKTAEISLLKQQLREAQAELAQKLAEIFSLKT : ... . : :: : ::..::::::..:::::::::...::...:::.:: .:.. mKIAA0 -EDKVAVCQKEQADFLPR-MEETKWEVCQKAGEISLLKQQLKDSQADVSQKLSEIVGLRS 310 320 330 340 350 360 400 410 420 430 mKIAA0 QLRGSRAQAQAQDAELARLREAVHSLQ--------EQAPR--------------EEAPGS ::: .::. . .. .: ::.. : : : : .:: .: mKIAA0 QLREGRASLREKEEQLLSLRDSFGSKQASLELSEGELPPACLKPALTPVDLVEPQEALAS 370 380 390 400 410 420 440 450 460 470 mKIAA0 CETDDCKSRGLLGEA-----------------GGSEA-REGAEQLRAELLQERLRGQEQA ::.:. : : : : ::..: :. . .:.::: :: ..:. mKIAA0 CESDEAKMRRQAGVAAAASLVSVDGEVEAGGEGGTRALRREVGRLQAELAAERRARERQG 430 440 450 460 470 480 480 490 500 510 520 530 mKIAA0 LRFEQERQTWQEEKERVLRYQREIQGSYMDMYRRNQALEHELRLLREPPTSWSPRLESSK : .::..: ::::.:..::...: ::..::.::: ::..:: mKIAA0 ASFAEERRVWLEEKEKVIEYQKQLQLSYVEMYQRNQQLERRLRERGAAGGSSTPTPQHGE 490 500 510 520 530 540 mKIAA0 I mKIAA0 EKKAWTPSRLERIESTEI 550 560 >>mKIAA1813 ( 675 res) mph02162 (675 aa) initn: 652 init1: 224 opt: 318 Z-score: 197.3 bits: 46.6 E(): 7.6e-06 Smith-Waterman score: 645; 31.696% identity (39.062% ungapped) in 631 aa overlap (5-523:21-644) 10 20 30 40 mKIAA0 TFMATTSGPAGIAMGSVGSLLERQDF--SPEELRA-ALAGSRGS :...: :::::.::. . .: : .. : mKIAA1 ASATMAIVHTLPVPLEPARETATAPKTPAMGSVSSLISGRPCPGGPAPQRHHGVPGPTFF 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 mKIAA0 RQPDGLLRKGLGQREFFSYLHLPKK--DGKT---TKRAPRNEPDYATLYYREHPRAGDFS :: ::::: : .: . :.: :.. ... :.: . : :: . mKIAA1 RQQDGLLRGGYEAQEPLCPAVPPRKAVPGNSFTYVNEDFRTESPPSPSSDVEDPREHQAH 70 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 mKIAA0 KTSL--------PERGRFDKCR----IRPSVFKPPVGSGKGFLSMQSLAAHKGQKLWRSN .. : : :...: :::..::: . . .: :. .. . .. : :. mKIAA1 NAHLRGPPPKLIPVSGKLEKNMEKILIRPTAFKPVLPKPRGAPSLPGFLGPRAAGLSGSQ 130 140 150 160 170 180 150 160 170 180 190 mKIAA0 GSLHTLACHPPLSPGPRASQARAQLLHALS-LDEGGPEPSLSDS-----------SSGGS ::: : : : . .:.. :. ::: : : .:::: :.::. mKIAA1 GSLTQLFGGPASSSSSSSSSSAADKPLALSGWASGCPSGTLSDSGRNSLSSLPTYSTGGA 190 200 210 220 230 240 200 210 220 mKIAA0 F---------------GRS--PG------TGPS-------PFSSSLGHINH--LGGSLDR ::. :: :::: :.: : .. :: : mKIAA1 EPTTNSPGGHLPSHGPGRGALPGPARGVPTGPSHSDSGRSSSSKSTGSLGGRVAGGLLGS 250 260 270 280 290 300 230 240 250 260 270 mKIAA0 APRSPKESGPLAVLSCLPEPPPPYEFSCPTTEEV--AVLP------EAREELKRDLGDQD . :. :. . : : :::: :. : . :: ::. . :: :.. mKIAA1 GARASPGSSSGGDRSPPPPPPPP-----PSDEALLHCVLEGKLRDREAELQQLRDSMDES 310 320 330 340 350 280 290 300 310 320 330 mKIAA0 VSNSFTQVLEERQRLWLSELKRLYVERLHEVAQKAERSERNLQLQLFMAQQEQRRLRKEL . . :.. ::: : : . . . ....:...:... ::::.:. :::.:.:. .. mKIAA1 EA-TVCQAFGARQRRWPRERGEDCAAQAQQATQRVQRAQQLLQLQVFQLQQEKRQLQDDF 360 370 380 390 400 410 340 350 360 370 380 390 mKIAA0 RA--QQGLAPEPRTSGSSMEADPNARPEEEARWEVCQKTAEISLLKQQLREAQAELAQKL :. : : . : . ::..::::::..:::::::::.:.::::.:: mKIAA1 AQLLQEREQLERRCATFEREQRELGPRLEETKWEVCQKSGEISLLKQQLKESQAELVQKG 420 430 440 450 460 470 400 410 420 mKIAA0 AEIFSLKTQLRGSRA----------------QAQAQD-----AELARLREAVHSLQEQAP .:. .:.. :: .:: .:. :. :: : :. .. :.:.: mKIAA1 SELVALRVALREARATLRVSEGRARGLQEAARAREQELEACSQELQRYRQEAERLREKAG 480 490 500 510 520 530 430 440 450 460 470 mKIAA0 REEAPGS-----------------CETDDCKSRGLLGEAGGSEAREGAEQLRAELLQERL . .: .: :.:. : . . :::: : .:.:: :: .:. mKIAA1 HLDAEASGLRDPPVPPATTDPFLLAESDEAKVQRAAAGAGGS-LRAQVERLRQELQREQR 540 550 560 570 580 590 480 490 500 510 520 530 mKIAA0 RGQEQALRFEQERQTWQEEKERVLRYQREIQGSYMDMYRRNQALEHELRLLREPPTSWSP ::.:: :: :: .:: :::.:.:::...: .:..:::::. ::.::. : mKIAA1 RGDEQRDSFEGERLAWQAEKEQVIRYQKQLQHNYIQMYRRNRQLEQELQQLSLELEAREL 600 610 620 630 640 650 mKIAA0 RLESSKI mKIAA1 ADLGLAESAPCICLEEITATEI 660 670 539 residues in 1 query sequences 1768478 residues in 2168 library sequences Scomplib [34t11] start: Mon Mar 27 10:18:15 2006 done: Mon Mar 27 10:18:16 2006 Scan time: 0.770 Display time: 0.060 Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]