# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbp03079.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1505.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1505, 380 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7916125 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6650+/-0.000191; mu= 7.3911+/- 0.011 mean_var=97.6208+/-18.699, 0's: 32 Z-trim: 48 B-trim: 15 in 1/65 Lambda= 0.129808 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|148671260|gb|EDL03207.1| mCG120103, isoform CRA ( 945) 2410 462.0 2.4e-127 gi|149046604|gb|EDL99429.1| hypothetical protein L ( 942) 2242 430.5 7.2e-118 gi|81890512|sp|Q66H60.1|CC146_RAT RecName: Full=Co ( 974) 2242 430.5 7.4e-118 gi|194666113|ref|XP_001789375.1| PREDICTED: simila ( 956) 2042 393.1 1.4e-106 gi|149704548|ref|XP_001488601.1| PREDICTED: coiled ( 956) 2033 391.4 4.4e-106 gi|9929955|dbj|BAB12134.1| hypothetical protein [M ( 385) 2008 386.3 5.8e-105 gi|23271918|gb|AAH36053.1| Coiled-coil domain cont ( 955) 2008 386.7 1.1e-104 gi|114614193|ref|XP_519167.2| PREDICTED: hypotheti ( 955) 2006 386.3 1.5e-104 gi|158258419|dbj|BAF85180.1| unnamed protein produ ( 955) 1997 384.6 4.7e-104 gi|73981971|ref|XP_852499.1| PREDICTED: similar to ( 956) 1990 383.3 1.2e-103 gi|149639263|ref|XP_001507522.1| PREDICTED: hypoth ( 927) 1713 331.4 4.7e-88 gi|109067706|ref|XP_001083560.1| PREDICTED: simila ( 850) 1622 314.4 6e-83 gi|20809550|gb|AAH29458.1| CCDC146 protein [Homo s ( 298) 1570 304.2 2.4e-80 gi|33187709|gb|AAP97709.1|AF461817_1 unknown [Homo ( 292) 1541 298.8 1e-78 gi|118082056|ref|XP_415968.2| PREDICTED: hypotheti ( 920) 1318 257.5 8.7e-66 gi|156228874|gb|EDO49671.1| predicted protein [Nem ( 948) 1227 240.4 1.2e-60 gi|210087571|gb|EEA35941.1| hypothetical protein B ( 384) 1212 237.3 4.4e-60 gi|198423466|ref|XP_002121618.1| PREDICTED: simila ( 955) 1177 231.1 8e-58 gi|221118597|ref|XP_002157591.1| PREDICTED: simila ( 831) 1071 211.2 6.8e-52 gi|115638621|ref|XP_790755.2| PREDICTED: hypotheti ( 317) 1017 200.7 3.7e-49 gi|190584875|gb|EDV24944.1| hypothetical protein T ( 332) 1005 198.4 1.8e-48 gi|55251195|emb|CAH68956.1| novel protein [Danio r ( 860) 998 197.5 9.1e-48 gi|224093011|ref|XP_002187985.1| PREDICTED: simila ( 860) 853 170.3 1.4e-39 gi|20219008|gb|AAM15771.1|AF394181_1 coiled-coil f ( 920) 825 165.1 5.4e-38 gi|89304001|gb|EAS01989.1| hypothetical protein TT ( 914) 781 156.9 1.6e-35 gi|124420331|emb|CAK85235.1| unnamed protein produ ( 927) 729 147.1 1.4e-32 gi|124409957|emb|CAK75207.1| unnamed protein produ ( 923) 728 147.0 1.6e-32 gi|210101382|gb|EEA49448.1| hypothetical protein B ( 194) 622 126.5 4.8e-27 gi|47222064|emb|CAG12090.1| unnamed protein produc ( 196) 581 118.8 9.9e-25 gi|210101383|gb|EEA49449.1| hypothetical protein B ( 712) 584 119.9 1.7e-24 gi|89305175|gb|EAS03163.1| hypothetical protein TT ( 932) 565 116.4 2.5e-23 gi|121889118|gb|EAX94557.1| hypothetical protein T ( 921) 398 85.2 6.4e-14 gi|163771235|gb|EDQ84904.1| predicted protein [Mon (5349) 392 84.7 5.1e-13 gi|115634037|ref|XP_794541.2| PREDICTED: hypotheti ( 712) 367 79.3 3e-12 gi|158283342|gb|EDP09093.1| flagellar associated p ( 868) 363 78.6 5.8e-12 gi|121895371|gb|EAY00557.1| hypothetical protein T ( 919) 361 78.2 7.8e-12 gi|158283106|gb|EDP08857.1| flagellar associated p ( 863) 359 77.8 9.7e-12 gi|134061517|emb|CAM38547.1| hypothetical protein, (1114) 347 75.7 5.5e-11 gi|134072959|emb|CAM71678.1| hypothetical protein, (1074) 345 75.3 7e-11 gi|115681681|ref|XP_797536.2| PREDICTED: hypotheti ( 678) 341 74.4 8.4e-11 gi|117167859|gb|AAI24829.1| Unknown (protein for I ( 414) 335 73.1 1.3e-10 gi|68129423|emb|CAJ07966.1| hypothetical protein, (1069) 339 74.2 1.5e-10 gi|159155595|gb|AAI54490.1| Unknown (protein for I ( 550) 335 73.2 1.6e-10 gi|115312974|gb|AAI23996.1| LOC779580 protein [Xen ( 863) 337 73.7 1.7e-10 gi|183985634|gb|AAI66135.1| LOC779580 protein [Xen ( 871) 337 73.7 1.7e-10 gi|121897750|gb|EAY02861.1| hypothetical protein T ( 921) 334 73.2 2.6e-10 gi|220672845|emb|CAX13032.1| novel protein (zgc:15 ( 838) 330 72.4 4.1e-10 gi|118093009|ref|XP_421748.2| PREDICTED: hypotheti ( 964) 324 71.3 9.9e-10 gi|224052783|ref|XP_002194008.1| PREDICTED: chromo ( 917) 322 70.9 1.2e-09 gi|126273437|ref|XP_001378361.1| PREDICTED: hypoth (1031) 322 71.0 1.3e-09 >>gi|148671260|gb|EDL03207.1| mCG120103, isoform CRA_a [ (945 aa) initn: 2410 init1: 2410 opt: 2410 Z-score: 2442.4 bits: 462.0 E(): 2.4e-127 Smith-Waterman score: 2410; 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80.526% identity (96.316% similar) in 380 aa overlap (1-380:577-956) 10 20 30 mKIAA1 NNVTIKESIQNDVCKITAKLQEMKEKKEAQ :::::..:.:::::::.:.::::::::::. gi|149 HKMILNELEILRNSAVTQERKLQNSMLKHANNVTIRQSMQNDVCKIVARLQEMKEKKEAR 550 560 570 580 590 600 40 50 60 70 80 90 mKIAA1 LTSMDRLASMITVIEEEMVQLRKKYEKAVQRRNESGVQLIEREEEVCIFYEKVNVQEKIK :...::::.:::.:::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::.:::.: gi|149 LNNIDRLANMITMIEEEMVQLRKKYEKAVQHRNESGVQLIEREEEVCIFYEKVNIQEKMK 610 620 630 640 650 660 100 110 120 130 140 150 mKIAA1 LHQDVEIHILEEKIRFLKLRIAEKQRQISVTRKLVPIKKSLDADLAVIQIQFSQCTDRIK :. ..:::.::::::::::.:::::::: :::::.: :.::::::::.:::::::::.:: gi|149 LNGEIEIHVLEEKIRFLKLKIAEKQRQIHVTRKLLPAKQSLDADLAVLQIQFSQCTDKIK 670 680 690 700 710 720 160 170 180 190 200 210 mKIAA1 DLEKLFVNPDSKGRVRFIKGKDLTEEEMIKKLDMLELQIAKKEEKLLEKDFIYEQVSQLT :::: ::::.:..:.::. :::.:::::.:::: : ::.:::::::::::::::.::.:: gi|149 DLEKRFVNPESENRTRFLPGKDMTEEEMVKKLDELALQLAKKEEKLLEKDFIYEEVSRLT 730 740 750 760 770 780 220 230 240 250 260 270 mKIAA1 NRLKGKTQACKKDTLLLAKKMNSYQQKIKVVTQEMMALVAELSMKQALTIELQKEVREKE .::..::::::.::::::::::.:..::: .:..::::::::::::::.::::::::::: gi|149 DRLSSKTQACKQDTLLLAKKMNGYRKKIKDATEKMMALVAELSMKQALAIELQKEVREKE 790 800 810 820 830 840 280 290 300 310 320 330 mKIAA1 EFIFSCSARIEKGLPLNREIEKDWLKVLRDEEMYAFATAEMSREYMETDYRQLPNGVYTT ::::::..:::::::::..::..::::::::::::.: :: :::..:.: ::::.::::: gi|149 EFIFSCNSRIEKGLPLNKDIEREWLKVLRDEEMYALAIAEKSREFLEADNRQLPDGVYTT 850 860 870 880 890 900 340 350 360 370 380 mKIAA1 AEQRPNAYMPEADTELPLPKPYGAMAPFKPSEPGANRRHIRKPVVKPIEI :: :::::.:::.. :::::::::.::::::::::: :::::::.::::: gi|149 AEPRPNAYIPEAEATLPLPKPYGALAPFKPSEPGANMRHIRKPVIKPIEI 910 920 930 940 950 >>gi|9929955|dbj|BAB12134.1| hypothetical protein [Macac (385 aa) initn: 2008 init1: 2008 opt: 2008 Z-score: 2040.7 bits: 386.3 E(): 5.8e-105 Smith-Waterman score: 2008; 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