FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA1564.ptfa, 868 aa vs ./tmplib.26680 library 1768149 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5954+/-0.00439; mu= -0.2618+/- 0.288 mean_var=219.0716+/-54.155, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 143 in 1/35 Lambda= 0.0867 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA0308 ( 1890 res) mia33045 (1890) 901 126 4.1e-29 >>mKIAA0308 ( 1890 res) mia33045 (1890 aa) initn: 1063 init1: 369 opt: 901 Z-score: 615.1 bits: 126.0 E(): 4.1e-29 Smith-Waterman score: 1350; 35.159% identity (45.339% ungapped) in 913 aa overlap (39-762:793-1689) 10 20 30 40 50 60 mKIAA1 NTNIISTLLSILPSSFYFLSTAQVTQQPGHLFWPPGSALTARLRRLVTAYQRSYK-REQM ..:: ::::.:::::.:::::. : :. . mKIAA0 IFKDDIEDDVSSPGDLVIADGEGQLMEGDKVYWPTPSALTTRLRRLITAYQRTNKNRHIQ 770 780 790 800 810 820 70 80 90 100 110 120 mKIAA1 KMEAA---ERGDRRRRRCEAAFKLKEIARREKQQRWTRREQTDFYRVVSTFGVEYDPDNM .:. . . . ::... : :. :.::::::::..::::::::::: .::: mKIAA0 QMQPTFSLPANAMQPLYEEATLNPKMAAKIERQQRWTRREEADFYRVVSTFGVVFDPDRG 830 840 850 860 870 880 130 140 150 160 170 180 mKIAA1 QFHWDRFRTFARLDKKTDESLTKYFHGFVAMCRQVCRLPPAAGDEPPDPNLFIEPITEER :: : .::..::: ::::.:: ::. .:..:::.::::: . .: :::.::.:::::: mKIAA0 QFDWTKFRALARLHKKTDNSLEKYLCAFMSMCRRVCRLP--SKEELVDPNIFIQPITEER 890 900 910 920 930 940 190 200 210 220 230 240 mKIAA1 ASRTLYRIELLRRLREQVLCHPLLEDRLALCQP-PGLELPKWWEPVRHDGELLRGAARHG ::::::::::::..:::.: :: : .:: ::.: : .:: ::: :: .:: :::.:: mKIAA0 ASRTLYRIELLRKVREQALRHPQLFERLKLCHPNP--DLPIWWECGSHDRDLLIGAAKHG 950 960 970 980 990 250 260 270 280 290 300 mKIAA1 VSQTDCNIMQDPDFSFLAARMNYMQNHQAGASAASLSRCSTPLLHQQCTSRTASPSPLRP ::.:: .:..::..::.::. :: : : :. :: :.:::.: .. .::: : mKIAA0 VSRTDYHILRDPELSFMAAQRNYNQ------SKAAHSRTSAPLLQQYQVALSASPLTSLP 1000 1010 1020 1030 1040 1050 310 320 330 340 mKIAA1 -----------DAPVE-----KSPEESTVQ-VPSLESLTLKLEDEVVARSRLTSQ----- : :. . :. : . . :.:. : . : .. . :: mKIAA0 RLLGAKGTLLEDMKVKSESLTEEPQSSEEESMSSMETRTRVKSEPVSPKNGVLSQATGDQ 1060 1070 1080 1090 1100 1110 350 360 370 mKIAA1 ------DYEVRVGSSDTAPLS----RSVPPV-KLEDEDDSDSELD--------------- . . :. .. : ::. . : : : ....:::. : mKIAA0 KSGGKSETDRRMVAARTEPLTPNPASKKPRVHKRGSQSSSDSDSDSARSSCSSRSSSSSS 1120 1130 1140 1150 1160 1170 380 390 400 410 mKIAA1 -------------------LSKLSPSSSSSSSSSSSSSSTDESEDEKEEKLSER-SRP-- :. : ::::::::::::::.. :...:: ...: . : mKIAA0 SSSSCSHSRSGSSSSSSSSCSSASSSSSSSSSSSSSSSSSSSEESDSEEDVQKREGTPHR 1180 1190 1200 1210 1220 1230 420 430 440 450 460 mKIAA1 KLYDEESLLSLTMSQD----GFPNEDGEQMTPELLLLQERQRASEWPKDRVLINRIDLVC : :::::. ::. .:: .: ..: . :: :: ::::::.:::.: .: mKIAA0 KAYDEESVASLSTTQDETQDSFQANNGTPESAYLLQGGYMLAASYWPKDRVMINRLDSIC 1240 1250 1260 1270 1280 1290 470 480 490 500 510 520 mKIAA1 QAVLSGKWPSNRRSQEVTAGGILGPGNHLLDSPSLTPGEDGDSPVPTPRSGSAASMAEEE :.::.::::: :: .... . . ..:::::. . : :. :::: . .. :. mKIAA0 QTVLKGKWPSARRHYDANTVASFYT-TKLLDSPGAAT-ERGEPSVPTPPAVAVREEHEQS 1300 1310 1320 1330 1340 1350 530 540 550 560 mKIAA1 ASAVTTAAAQFTKLRRGMDEK-------------EFTVQIKDEEGLKLTFQ--------- :. .. ..: ..:. .: .. ..... .. . : mKIAA0 AQMSKEGGLKLTFQKQGLAQKRPFDGEDGALGQQQYLTRLRELQSTSETSLVNLPKAVPA 1360 1370 1380 1390 1400 1410 570 580 590 600 610 mKIAA1 -----KHRLMANGVMGDGHPLFHKKKGNRKKLVEVEVECMEE---PNHLDL--------- . : :::.. :..:. .:..: :... ... ... :::. mKIAA0 SGTSIQPTLGANGAILDSQPIVKKRRGRRRNVEGADILFLNRNKPPNHIPTGMNPALSYP 1420 1430 1440 1450 1460 1470 620 630 640 650 mKIAA1 ------DLETRIPVINKVDGTLLVGDEAPRRAELEMWLQGHPEFAVD-----PRFL---- : :. .:::: ::: :.::.::.: .:. ::. :: .. : :: mKIAA0 QPQRIPDTESPVPVINLKDGTRLAGDDAPKRKDLDRWLKEHPGYVEDLGAFIPRVQLHEG 1480 1490 1500 1510 1520 1530 660 670 680 mKIAA1 --------AKKNNKAELNCL-GMEPVQPANSRNGKK--GHYA------------------ .. :: ..: : : : :: : ::..: : .: mKIAA0 RPKQKRHRCRNPNKLDINSLTGEERVQLINRRNARKVGGAFAPPLKDLCRFLKENSEYGV 1540 1550 1560 1570 1580 1590 690 700 710 720 mKIAA1 ---------------ETAFNRVLPGPVAPENSKKRVRRTRPDLSKM---MALMQGGSTGS :. :.:.: :::. :. ..: :: . ..: :. :. :. mKIAA0 APEWGDVVKQSGFLPESMFERILTGPVVREEVSRRGRRPKSGIAKATTAAAVPAGSVPGN 1600 1610 1620 1630 1640 1650 730 740 750 760 770 mKIAA1 LSLHN---------TFQHSSSNLQSVSSLGHSSTTSASLPFMPFVMGAAAPPHVDSSTML : : ..: ..:::...:: ..:.: :: mKIAA0 PLLANGLLPGVDLTALQALQQNLQNLQSL----QVTAGLMGMPAGLSSGGETKNMAAMFP 1660 1670 1680 1690 1700 780 790 800 810 820 830 mKIAA1 HHHHHHPHPHHHHHHHPGLRTTGYPSSPATTTSGTALRLPTLQPEDDDEEEDEEDDDLSQ mKIAA0 MLFSGMAGLPNLLGMGGLLSKTAESGAEEKRGNDSKELEGKKERTESQSPENGGERCVPG 1710 1720 1730 1740 1750 1760 868 residues in 1 query sequences 1768149 residues in 2168 library sequences Scomplib [34t11] start: Mon Mar 27 10:48:20 2006 done: Mon Mar 27 10:48:22 2006 Scan time: 0.980 Display time: 0.100 Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]