FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
../query/mKIAA0088.ptfa, 775 aa
vs ./tmplib.26680 library
1768242 residues in 2168 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6521+/-0.00419; mu= 11.3874+/- 0.279
mean_var=100.5681+/-23.618, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 0 in 0/36
Lambda= 0.1279
FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(2168)
mFLJ00088 ( 904 res) mfj58158 ( 904) 2938 553 4.7e-158
mKIAA1161 ( 718 res) mbh03358 ( 718) 238 55 3.7e-08
>>mFLJ00088 ( 904 res) mfj58158 (904 aa)
initn: 2889 init1: 2831 opt: 2938 Z-score: 2930.0 bits: 553.1 E(): 4.7e-158
Smith-Waterman score: 2938; 55.764% identity (55.989% ungapped) in 746 aa overlap (31-774:159-903)
10 20 30 40 50
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130 140 150 160 170 180
60 70 80 90 100 110
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190 200 210 220 230 240
120 130 140 150 160 170
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... :..::::: ::::. : .:::::::.:: :.:... : . . .: .
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250 260 270 280 290 300
180 190 200 210 220 230
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310 320 330 340 350 360
240 250 260 270 280 290
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370 380 390 400 410 420
300 310 320 330 340 350
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430 440 450 460 470 480
360 370 380 390 400 410
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490 500 510 520 530 540
420 430 440 450 460 470
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::: : ::::::::.::.:::..:::::::: :::..::::::: :.:.. :.:::::::
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550 560 570 580 590 600
480 490 500 510 520 530
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:::. ::: :::::::: ::::::::.:: ..: ::::::.. .: . ::.:. :::.::
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610 620 630 640 650 660
540 550 560 570 580 590
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mFLJ00 PYLYSLFYHAHVSSQPVMRPLWVEYPDDLETFAVEDEYMLGSALLVHPVTDPQTATIDVF
670 680 690 700 710 720
600 610 620 630 640 650
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:::..::::: ... .: :. .::::..::::::::..:: : :. : :.:
mFLJ00 LPGSDEVWYDSKTFAYWKGGCTVKIPVTLDTIPVFQRGGSVVPVKTTVGTSTGWMADSPY
730 740 750 760 770 780
660 670 680 690 700 710
mKIAA0 TLFVALSPQGTAQGELFLDDGHTFNYQTRHEFLLRRFSFSGSTLVSSSADPKGHLETPIW
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mFLJ00 GLRVALSPQGSAVGELYLDDGHSFQYLHQDQFLYRKFLFCSSVLTNRCANEKGHYPSKCI
790 800 810 820 830 840
720 730 740 750 760 770
mKIAA0 IERVVIMG-AGKPAAVVLQTKGSPESRLSFQHDPETSVLILRKPGVSVASDWSIHLR
.:.....: ::..:. . . . . .: . :::.: :.: .. :. :: ...
mFLJ00 VEQILVLGLKKKPSSVTTHLSDGRAQPAAFTYCAETSTLRLEKLSLRVGEDWEVRVG
850 860 870 880 890 900
>>mKIAA1161 ( 718 res) mbh03358 (718 aa)
initn: 237 init1: 155 opt: 238 Z-score: 238.9 bits: 54.9 E(): 3.7e-08
Smith-Waterman score: 313; 23.958% identity (27.845% ungapped) in 480 aa overlap (175-633:273-706)
150 160 170 180 190 200
mKIAA0 FWLNAAETWVDISSNTAGKTLFGKMLDYLQGSGETPQTDIRWMSESGIIDVFLMLGPSVF
: .:. . : : . .. .. :
mKIAA1 SVPFHLGWNSTERSMRLQARYHDTSYKPPAGRTAAPELSYRVCVGSDVTSIHKYM---VR
250 260 270 280 290
210 220 230 240 250 260
mKIAA0 DVFRQYASLTGTQAL-PPLFSLGYHQSRWNYRDEADVLEVDQGFDDHNMPCDVIWLDIEH
: . . . ...:. :..: ..: :. ::. : . .: . . . .: .
mKIAA1 RYFNKPSRVPASEAFRDPIWSTWALHGR--AVDQNKVLQFAQQIRQHRFNSSHLEIDDMY
300 310 320 330 340 350
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mKIAA0 ADGKRYFTWDPTRFPQPLNMLEHLASKRRKLVAIVDPHIKVDS---GYRVHEELRNHGLY
. . :..: .::. .:...: . ... : : .. .: : :..:: .
mKIAA1 TPAYGDFNFDEGKFPNASDMFRRLRDAGFRVTLWVHPFVNYNSSSFGEGVEREL-----F
360 370 380 390 400 410
330 340 350 360 370
mKIAA0 VKTRDG--SDYEGWCWPGSASYPDFTNPRMRAWWSNMFSFDNYEGSAPNLYVWNDMNEPS
:. : : : : .. :::.:. : : ..: : . ... .
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420 430 440 450 460
380 390 400 410 420 430
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580 590 600 610 620
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mKIAA1 K--W---RSYKGELFDKT---PVLLTDYPVDLDEVAYFTWAS
690 700 710
775 residues in 1 query sequences
1768242 residues in 2168 library sequences
Scomplib [34t11]
start: Mon Mar 27 10:11:58 2006 done: Mon Mar 27 10:11:59 2006
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Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]