FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA0310.ptfa, 906 aa vs ./tmplib.26680 library 1768111 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.8091+/-0.0084; mu= -16.3472+/- 0.553 mean_var=442.4501+/-107.971, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 0 in 0/36 Lambda= 0.0610 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA1928 ( 1064 res) mic28011 (1064) 1657 161 9e-40 >>mKIAA1928 ( 1064 res) mic28011 (1064 aa) initn: 1595 init1: 1061 opt: 1657 Z-score: 806.4 bits: 160.7 E(): 9e-40 Smith-Waterman score: 1717; 37.665% identity (43.959% ungapped) in 908 aa overlap (3-902:274-1059) 10 20 30 mKIAA0 SRPTSPEKFTVPHVCARFGPGGQLLKVIPNLP : .: .: :::: . :::::::. : :: : mKIAA1 QYMTAAPEEYEPMVSAAWRPIQADDTSATVPKAPMRFYVPHVSVSFGPGGQLVCVPPNSP 250 260 270 280 290 300 40 50 60 70 80 90 mKIAA0 SEGQPALVEIHSLETLLQHTPEQEEMRSFPGPLGKDDTHKVDVINFAQNKATKCLQNESL ..:: ::::.::.:.::. .:::::.::::: ..: ::::...: :.:::.::..:. mKIAA1 ADGQTALVEVHSMEVLLNDFEDQEEMRAFPGPLIREDIHKVDIMTFCQQKATQCLKSETP 310 320 330 340 350 360 100 110 120 130 140 150 mKIAA0 IDKESASLLWKFIILLCRQNGTVVGTDIAELLLRDHRTVWLPGKSPNEANLIDFTNEAVE ...:: :::....:::::::..::.::::::..: . . ..: ::::..:.: mKIAA1 GSRDSA-LLWQLLVLLCRQNGSMVGSDIAELLMQDCKKLEKYKRQPPVANLINLTDEDWP 370 380 390 400 410 420 160 170 180 190 200 210 mKIAA0 QVEEEESGEAQLSFLTDSQTVTTSVLEKETERFRELLLYGRKKDALESAMKNGLWGHALL . :: .: :: .... . .:.: .:: :::::.::: :::: ::::::. mKIAA1 VLS---SGTRDL--LTGEIPPNVDTPAQIVEKFTKLLYYGRKKEALEWAMKNHLWGHALF 430 440 450 460 470 220 230 240 250 260 270 mKIAA0 LASKMDSRTHARVMTRFANSLPINDPLQTVYQLMSGRMPAASTCCGDEKWGDWRPHLAMV :::::: ::. ::. :...: .::::::..::::::.: :.: :::..:::::::::.. mKIAA1 LASKMDPRTYNWVMSGFTSTLALNDPLQTLFQLMSGRIPQAATVCGDKQWGDWRPHLAVI 480 490 500 510 520 530 280 290 300 310 320 330 mKIAA0 LSNLNNNMDVESRTMATMGDTLASKGLLDAAHFCYLMAQVGFGVYTKKTTKLVLIGSNHS ::: .. .. .:....::::::.:::..:.:::::::.: :: :: :: .:.:.::.:: mKIAA1 LSNQAGDTELYQRAIVSMGDTLAGKGLVEASHFCYLMAHVPFGHYTVKTDHLALVGSSHS 540 550 560 570 580 590 340 350 360 370 380 390 mKIAA0 LPFLKFATNEAIQRTEAYEYAQSLGAHTCSLPNFQVFKFIYLCRLAEMGLATQAFHYCEV :.:::: ::::::: .:: : :: .:.:::.:..: :::..:::.::.::::. mKIAA1 QEFMKFATIEAIQRTEIFEYCQMLGRPKSFIPSFQVYKLLYASRLADYGLASQALHYCEA 600 610 620 630 640 650 400 410 420 430 440 450 mKIAA0 IAKSVLTQPGAYSPVLISQLTQMASQLRLFDPQLKEKPEEESFVEPAWLVQLQHVERQIQ :. .::.: :. :::...: ..: .:.: :: . :. . . .:: :::::.. ..... mKIAA1 IGAAVLSQEGSSHPVLLAELIKLAEKLKLSDPLVLERRRGDRDLEPDWLVQLRRKHKDLE 660 670 680 690 700 710 460 470 480 490 500 510 mKIAA0 EGTVLWSQD-GTEPQQCRITSGS-EVEQSDGPGLNQQAGPQADNPLLMPSTEPLMHGVQL .. . .: . :.. ..:. .. : : .:. . ... . :: .. mKIAA1 QNRTGAPRDPDSTPSDIYGAGGTTDTPYPDLSG-HQNYSEDSEYSSTLWSTAEQTSLTN- 720 730 740 750 760 770 520 530 540 550 560 mKIAA0 LPTAPQTLP---DGQPAHL-SRVPMFPVPMSRGPLELSPAYGPPGSALGFPESSRSDPAV : : :..: : .:. . ::.. :: .. . : : : .. : : ..: . mKIAA1 -PLAQQSFPLQRDTYSGHMGTPVPLYSVPATHLAVT-SGASGSSVAVTGTP-GGRVGEDM 780 790 800 810 820 830 570 580 590 600 610 620 mKIAA0 LHPGQALPPTTLSLQESGLPPQEAKSPDPEMVPRGSPVRH-SPPELSQEEFGESFADPGS :. :. .:.. :: : : ::. . : .. . :.. ::.. .. mKIAA1 LRTHPAFGENTMT-QE----PLE----DPDGLEVISSLQTPAAPRVP------SFSEDSA 840 850 860 870 630 640 650 660 670 680 mKIAA0 SRTAQDLETSPVWDLGSSSLTRAPSLTSDSEGKKPAQAVKKEPKEPKKTESWFSRWLPGK . . .: : :::. . :: . :. : ... :. : .. .::: :. .: mKIAA1 ASAKEDEE-------GSSDGADKPSHPDASQKGKLGDG--KNTK--SSGFGWFS-WFRSK 880 890 900 910 920 690 700 710 720 730 740 mKIAA0 KRTEAYLPDDKNKSIVWDEKKNQWVNLNEPEEEKKAPPPPPTSFPRVPQVAPTGP-AGPP . . :...: . .. :: .: : .: : ..:: : ..: mKIAA1 PASSVSTSGDEDSS-----------DSSDSEESPRASSPHHAS----PGLSPTPPLTSPS 930 940 950 960 970 750 760 770 780 790 800 mKIAA0 TASVNVFSRKAGGSRARYVDVLNPSGTQRSEPALAPADFFAPLAPLPIPSNLFVPNPDAE ....::: .::: .:. :.. : :.. mKIAA1 LPGASTFSRGTGGS------ILQ--GSSNS-------------------SGI-------- 980 990 810 820 830 840 850 860 mKIAA0 EPQPADGTGCRGQAPAGTQSKAESTLEPKVGSSTVSAPGPELLPSKPDGSQGGEAPGDHC :.: : : . :::. :.: : :: :: : . mKIAA1 ----AEGMGIGGFS--GTQG---------VSSEFYSQPGA--LPPPPTLQ---------- 1000 1010 1020 870 880 890 900 mKIAA0 PTGAPHGGSVPFYNPAQLVQASVTSGNSRPGRIGQRKYAALN :.::.:::.:. : ..:. .::.:..::.: mKIAA1 -------GAVPLYNPSQVPQLPTASSLNRPNRLAQRRYPTQPC 1030 1040 1050 1060 906 residues in 1 query sequences 1768111 residues in 2168 library sequences Scomplib [34t11] start: Mon Mar 27 10:17:15 2006 done: Mon Mar 27 10:17:17 2006 Scan time: 1.000 Display time: 0.080 Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]