# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbh02738.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1583.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1583, 1033 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7920292 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7257+/-0.000192; mu= 12.8419+/- 0.011 mean_var=97.4559+/-18.930, 0's: 43 Z-trim: 48 B-trim: 111 in 1/65 Lambda= 0.129918 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|123782363|sp|Q922P8.2|T132A_MOUSE RecName: Full (1018) 6910 1306.2 0 gi|149062421|gb|EDM12844.1| rCG47487, isoform CRA_ (1021) 6683 1263.6 0 gi|81865816|sp|Q80WF4.1|T132A_RAT RecName: Full=Tr (1021) 6645 1256.5 0 gi|114637821|ref|XP_522023.2| PREDICTED: transmemb (1023) 6148 1163.3 0 gi|121940967|sp|Q24JP5.1|T132A_HUMAN RecName: Full (1023) 6147 1163.1 0 gi|30089935|ref|NP_060340.2| transmembrane protein (1024) 6135 1160.9 0 gi|109105955|ref|XP_001084262.1| PREDICTED: simila (1023) 6121 1158.3 0 gi|157279355|gb|AAI53246.1| Transmembrane protein (1030) 6060 1146.8 0 gi|154426200|gb|AAI51452.1| TMEM132A protein [Bos (1030) 6037 1142.5 0 gi|114637827|ref|XP_001143180.1| PREDICTED: transm (1013) 5966 1129.2 0 gi|148709440|gb|EDL41386.1| transmembrane protein ( 913) 4851 920.2 0 gi|73983873|ref|XP_855179.1| PREDICTED: similar to ( 941) 4850 920.0 0 gi|149062420|gb|EDM12843.1| rCG47487, isoform CRA_ ( 914) 4712 894.1 0 gi|148709439|gb|EDL41385.1| transmembrane protein ( 703) 4648 882.0 0 gi|26339404|dbj|BAC33373.1| unnamed protein produc ( 659) 4459 846.6 0 gi|119594315|gb|EAW73909.1| transmembrane protein ( 737) 4427 840.6 0 gi|109105957|ref|XP_001083805.1| PREDICTED: simila ( 773) 4338 824.0 0 gi|119594314|gb|EAW73908.1| transmembrane protein ( 774) 4331 822.7 0 gi|119594319|gb|EAW73913.1| transmembrane protein ( 773) 4325 821.5 0 gi|114637825|ref|XP_001142794.1| PREDICTED: hypoth ( 770) 4324 821.4 0 gi|7020715|dbj|BAA91245.1| unnamed protein product ( 774) 4312 819.1 0 gi|109105959|ref|XP_001084154.1| PREDICTED: simila ( 639) 3770 717.4 5.6e-204 gi|10435551|dbj|BAB14613.1| unnamed protein produc ( 639) 3765 716.5 1.1e-203 gi|29791405|gb|AAH28106.1| TMEM132A protein [Homo ( 560) 3425 652.7 1.5e-184 gi|29791402|gb|AAH32059.1| TMEM132A protein [Homo ( 561) 3413 650.5 7e-184 gi|119594317|gb|EAW73911.1| transmembrane protein (1044) 3229 616.2 2.7e-173 gi|194218261|ref|XP_001916208.1| PREDICTED: transm ( 960) 3159 603.1 2.2e-169 gi|114637829|ref|XP_001142704.1| PREDICTED: transm ( 509) 3056 583.5 9.1e-164 gi|114637823|ref|XP_001143098.1| PREDICTED: transm ( 975) 2519 483.1 2.9e-133 gi|119594318|gb|EAW73912.1| transmembrane protein ( 436) 2336 448.5 3.4e-123 gi|11360175|pir||T50605 hypothetical protein DKFZp ( 373) 2242 430.8 6.1e-118 gi|224050572|ref|XP_002195741.1| PREDICTED: simila ( 873) 1663 322.6 5.4e-85 gi|119594320|gb|EAW73914.1| transmembrane protein ( 269) 1609 312.1 2.5e-82 gi|224076230|ref|XP_002193563.1| PREDICTED: transm ( 970) 1585 308.1 1.5e-80 gi|194217287|ref|XP_001501565.2| PREDICTED: simila (1307) 1366 267.1 4.1e-68 gi|73967032|ref|XP_548267.2| PREDICTED: similar to (1004) 1356 265.2 1.2e-67 gi|109113973|ref|XP_001113490.1| PREDICTED: simila ( 984) 1350 264.0 2.7e-67 gi|81891670|sp|Q6IEE6.1|T132E_MOUSE RecName: Full= ( 982) 1349 263.8 3e-67 gi|194675829|ref|XP_583209.4| PREDICTED: similar t ( 994) 1349 263.8 3.1e-67 gi|219841938|gb|AAI45027.1| Unknown (protein for M (1072) 1349 263.9 3.3e-67 gi|56206791|emb|CAI24165.1| transmembrane protein (1074) 1349 263.9 3.3e-67 gi|149053625|gb|EDM05442.1| similar to hypothetica ( 983) 1348 263.6 3.5e-67 gi|74709535|sp|Q6IEE7.1|T132E_HUMAN RecName: Full= ( 984) 1339 262.0 1.1e-66 gi|18088498|gb|AAH20591.1| TMEM132E protein [Homo ( 735) 1297 254.0 2.1e-64 gi|149638671|ref|XP_001505271.1| PREDICTED: simila ( 863) 1285 251.8 1.1e-63 gi|194214418|ref|XP_001494149.2| PREDICTED: simila (1113) 1280 250.9 2.6e-63 gi|73995113|ref|XP_543360.2| PREDICTED: similar to (1089) 1265 248.1 1.8e-62 gi|218156293|ref|NP_780641.2| transmembrane protei (1107) 1256 246.4 5.9e-62 gi|149063212|gb|EDM13535.1| rCG21827, isoform CRA_ ( 923) 1254 246.0 6.7e-62 gi|147733704|sp|Q8CEF9.2|T132C_MOUSE RecName: Full (1107) 1255 246.3 6.7e-62 >>gi|123782363|sp|Q922P8.2|T132A_MOUSE RecName: Full=Tra (1018 aa) initn: 6910 init1: 6910 opt: 6910 Z-score: 6996.4 bits: 1306.2 E(): 0 Smith-Waterman score: 6910; 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86.117% identity (94.854% similar) in 1030 aa overlap (13-1033:2-1030) 10 20 30 40 50 60 mKIAA1 AARRLPSFGGKECASMTERKAAAPRGPYGAWFCLLVALALEVVRVSSNHDTLDPIYLPVA :: :. : ::::::: : :.:::::.::..:::. ..: :::.:::.: gi|154 MCAWMAGRTAAAPRGPRGPWLCLLVAFALDIVRVDCDQDPLDPVYLPAA 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 mKIAA1 LELLDAPEHFRVQQVGHYPPANSSLASRSETFLLMQPWPRAQPLLRASYPPFATQQVVPP : ::::::::::::::.::::::::.::::::::.::::::::::::::::::::::::: gi|154 LGLLDAPEHFRVQQVGRYPPANSSLGSRSETFLLLQPWPRAQPLLRASYPPFATQQVVPP 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 mKIAA1 RVTEPHRRPVPWDVRAVSVEAAVTPAEPYARVLFHLKGQDWPPGPGSLPCARLHATHPAG ::::::.:::::::::::::::::::::.:::::::.::::::::::::::::::::::: gi|154 RVTEPHQRPVPWDVRAVSVEAAVTPAEPHARVLFHLRGQDWPPGPGSLPCARLHATHPAG 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 240 mKIAA1 TAHRACRFQPSLGACVVELQFPSHWFSQSATTRAELAYTLEPAGEGPGGCGLGTEEEPRE :::::::::::::::::::.::::::::...::::::::::::.::::::: : ::.: : gi|154 TAHRACRFQPSLGACVVELEFPSHWFSQGSATRAELAYTLEPAAEGPGGCGPGGEEDPGE 170 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 300 mKIAA1 QALPVGGVELHPEDPPQYQEVPLDEAVTLRAPDVPMRPGQLFTATLLLRHNFTASLLTLR ::::::.:::.: ::::.::::::::::::.::::.::::::.:::::::::::..:::: gi|154 QALPVGSVELRPADPPQHQEVPLDEAVTLRVPDVPVRPGQLFSATLLLRHNFTAGVLTLR 230 240 250 260 270 280 310 320 330 340 350 360 mKIAA1 IKVKKGLQVIAARPAQPTLWTAKLDRFKGSKHHTSLITCHRAGPAGPDSSPLELSEFLWV :::::::.:.::: :::::::.::.:::::::::.::::::.::. :.:::::::::::: gi|154 IKVKKGLHVMAARLAQPTLWTTKLERFKGSKHHTTLITCHRVGPVEPNSSPLELSEFLWV 290 300 310 320 330 340 370 380 390 400 410 420 mKIAA1 DFAVENSTGGGVAVTRPVTWQLEYPGQAPEAEKDKMVWEILVSERDIRALIPLAKAEELV :: :::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.::::::::: gi|154 DFLVENGTSGGVAVTRPVTWQLEYPGQAPEAEKDKMVWEILVSEQDIRALVPLAKAEELV 350 360 370 380 390 400 430 440 450 460 470 480 mKIAA1 NTAPLTGVPQRIPVRLVTVDSGGALEEVTEHIGCESANTQVLQVSEACDAVFVAGQESRG :::::::::.::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::.:.:::: gi|154 NTAPLTGVPRRIPVRLVTVDSGGALVEVTEHIGCESANTQVLQVSEACDAVFVSGKESRG 410 420 430 440 450 460 490 500 510 520 530 mKIAA1 AKGVRVDFWWRRLRASLKLTVWAPLLPLRIELTDTTLEQIRGWRVPGSAEGQLEPETAA- : :::::::::::::::..::::::::::::.:::::::.::::::: ::: :::.:. gi|154 ALGVRVDFWWRRLRASLRMTVWAPLLPLRIEVTDTTLEQVRGWRVPGPAEGAREPEAAGV 470 480 490 500 510 520 540 550 560 570 580 590 mKIAA1 EEVERRSRGCRLQYQRAGVRFLVPFAAHPLDGGRRLTHLLGPDWLLDVSHLVAAHAHVQD ::.:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::.::: gi|154 EEAERRARGCRLQYQRAGVRFLVPFAAHPLDGGRRLTHLLGPDWLLDVSHLVAPHARVQD 530 540 550 560 570 580 600 610 620 630 640 650 mKIAA1 PRIASLEGGRILVGREPGVTSIEVRSPLSDAILGEQALAVTDDKVSVLDLRVQPVMGISL ::.:::::::.:::::::::::::::::::.:::::::::::::::::.::::::::::: gi|154 PRVASLEGGRVLVGREPGVTSIEVRSPLSDSILGEQALAVTDDKVSVLELRVQPVMGISL 590 600 610 620 630 640 660 670 680 690 700 710 mKIAA1 SLSRGMSHPGEVTATCWAQSALPAPKQEVALSLWLSFSDHTLAPAELYDRNDLGLSVSAE .:::: .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::..::::::::: gi|154 ALSRGTAHPGEVTATCWAQSALPAPKQEVALSLWLSFSDHTLAPAELYDHHDLGLSVSAE 650 660 670 680 690 700 720 730 740 750 760 770 mKIAA1 EPSAVLPAEEQGAQLGVVVSGVGAEGLPLHVALHPPEPCRRGRHRVPLASGTAWLGLPPL ::.:::::::::::: :::::.:.::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|154 EPGAVLPAEEQGAQLRVVVSGAGTEGLPLHVALHPPEPCRRGRHRVPLASGTAWLGLPPA 710 720 730 740 750 760 780 790 800 810 820 830 mKIAA1 PTPVPALPSSPVRTS-PFTEATVEGKRQIAGDMGGHVGIRGKFERAEEEAGKEENEAKEE :: .:::::::.:.: : :.: : : ::.::: .:::::..:::: ::: ::.:: gi|154 PTSAPALPSSPARSSSPAPGASVGGGRWAAGSMGGSGDVRGKFEQTEEEARKEEAEAREE 770 780 790 800 810 820 840 850 860 870 880 890 mKIAA1 EEDE--EEMVPAPQRVTDLELGMYALLGIFCLAILIFLVNGVVFVLRYQRKEPPDSATDP ::.: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::: gi|154 EEEEGEEEMVPAPQRVTDLELGMYALLGIFCLAILIFLVNGVVFVLRYQRKEPPDGATDP 830 840 850 860 870 880 900 910 920 930 940 950 mKIAA1 ASPQPHNWVWLGTNQEELSRQLDRCSSSGPPKGEGGCPCESGAGGDASTVAPSASESP-- :::::::::::::.:::::::::: .: ::::::::::::::.::.: :.: . ...: gi|154 ASPQPHNWVWLGTDQEELSRQLDR-QSPGPPKGEGGCPCESGGGGEALTLAQAQAQAPPT 890 900 910 920 930 940 960 970 980 990 1000 1010 mKIAA1 ---AGSSSTLARKEAGGRRKRVEFVTFAPAPPTQPPEEPVGAPAVQSILVAGEEDIRWVC ..::.::::::::::::::::::::::::.: :::::::::::::::::::::::: gi|154 GATTSSSGTLARKEAGGRRKRVEFVTFAPAPPAQLPEEPVGAPAVQSILVAGEEDIRWVF 950 960 970 980 990 1000 1020 1030 mKIAA1 EDMGLKDPEELRNYMERIRGSS ::::::::::::.::::::::: gi|154 EDMGLKDPEELRSYMERIRGSS 1010 1020 1030 >>gi|114637827|ref|XP_001143180.1| PREDICTED: transmembr (1013 aa) initn: 4280 init1: 2393 opt: 5966 Z-score: 6040.2 bits: 1129.2 E(): 0 Smith-Waterman score: 5966; 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