FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
 version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 ../query/mKIAA0267.ptfa, 700 aa
 vs ./tmplib.26680 library

1768317 residues in  2168 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 3.6067+/-0.00393; mu= 21.0256+/- 0.265
 mean_var=69.5212+/-15.452, 0's: 0 Z-trim: 1  B-trim: 0 in 0/36
 Lambda= 0.1538

FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                       opt bits E(2168)
mKIAA0939  ( 527 res)   mfj05186                   ( 527)  885  206 7.6e-54


>>mKIAA0939  ( 527 res)   mfj05186                        (527 aa)
 initn: 846 init1: 302 opt: 885  Z-score: 1059.1  bits: 206.0 E(): 7.6e-54
Smith-Waterman score: 908;  38.161% identity (41.814% ungapped) in 435 aa overlap (109-537:20-422)

       80        90       100       110       120        130       
mKIAA0 LLTLTILTIWLFKHRRARFLHETGLAMIYGLLVGLVLRYGIH-VPSDVNNVTLSCEVQSS
                                     .:: :..:: .: .: .:  :.:.      
mKIAA0            ISQKAPGQLEVCFKEAICIILVHLLIRYRLHFLPESVAVVSLG------
                          10        20        30        40         

       140       150       160       170       180       190       
mKIAA0 PTTLLVNVSGKFYEYTLKGEISSHELNNVQDNEMLRKVTFDPEVFFNILLPPIIFYAGYS
          .:...  :  :.        ..: : ...::.:     :..:: .::::::: .:::
mKIAA0 ---ILMGAVIKVIEF--------KKLANWKEEEMFR-----PNMFFLLLLPPIIFESGYS
               50                60             70        80       

       200       210       220       230       240       250       
mKIAA0 LKRRHFFRNLGSILAYAFLGTAISCFVIGSIMYGCVTLMKVTGQLAGDFYFTDCLLFGAI
       :.. .::.:.:::  .: .::::: ::.:. .:  .    : ..:     .:: . ::..
mKIAA0 LHKGNFFQNIGSITLFAVFGTAISAFVVGGGIY-FLGQADVISKLN----MTDSFAFGSL
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       260       270       280       290       300       310       
mKIAA0 VSATDPVTVLAIFHELQVDVELYALLFGESVLNDAVAIVLSSSIVAYQPAGDNSHTFDVT
       .::.:::...:::. :.::  :  :.::::.:::::.:::...  .       .:  ::.
mKIAA0 ISAVDPVATIAIFNALHVDPVLNMLVFGESILNDAVSIVLTNTAEGLT----RKHMSDVS
            150       160       170       180       190            

         320        330       340       350       360       370    
mKIAA0 AM--F-KSIGIFLGIFSGSFAMGAATGVVTALVTKFTKLREFQLLETGLFFLMSWSTFLL
       .   : ...: :: .: :: :.:. ::...::: :   ::.   :: :.......  . :
mKIAA0 GWQTFSQALGYFLKMFFGSAALGTLTGLISALVLKHIDLRKTPSLEFGMMIIFAYLPYGL
      200       210       220       230       240       250        

          380       390       400       410       420       430    
mKIAA0 AEAWGFTGVVAVLFCGITQAHYTYNNLSTESQHRTKQLFELLNFLAENFIFSYMGLTLFT
       ::. ...:..:.:: ::...:::..:::  .:   .: .. . :: :. .:...::..:.
mKIAA0 AEGISLSGIMAILFSGIVMSHYTHHNLSPVTQILMQQTLRTVAFLCETCVFAFLGLSIFS
      260       270       280       290       300       310        

          440       450       460       470       480       490    
mKIAA0 FQNHVFNPTFVVGAFIAIFLGRAANIYPLSLLLNLGRRSKIGSNFQHMMMFAGLRGAMAF
       :  : :. .::.  .. ...:::.::.::: :::. :  ::  ... .: :.:::::. .
mKIAA0 FP-HKFEISFVIWCIVLVLFGRAVNIFPLSYLLNFFRDHKITPKMMFIMWFSGLRGAIPY
      320        330       340       350       360       370       

          500         510       520       530       540       550  
mKIAA0 ALAIRD--TATYARQMMFSTTLLIVFFTVWVFGGGTTAMLSCLHIRVGVDSDQEHLGVPD
       ::...        ::.. .::..::.::. ..::.:  ..  . :.              
mKIAA0 ALSLHLGLEPMEKRQLIGTTTIVIVLFTILLLGGSTMPLIRLVDIEDARARRRSKKDVNL
       380       390       400       410       420       430       

            560       570       580       590       600       610  
mKIAA0 NERRTTKAESAWLFRMWYNFDHNYLKPLLTHSGPPLTTTLPACCGPIARCLTSPQAYENQ
                                                                   
mKIAA0 SKTEKMGNAIESEHLSELTEEEYEAHYIRQQDLKGFMWLDAKYLNPFFTRRLTQEDLHHG
       440       450       460       470       480       490       




700 residues in 1 query   sequences
1768317 residues in 2168 library sequences
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