FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA0021.ptfa, 853 aa vs ./tmplib.26680 library 1768164 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.7237+/-0.00819; mu= -5.1544+/- 0.540 mean_var=427.0077+/-105.347, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 0 in 0/36 Lambda= 0.0621 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA4001 ( 379 res) mic18028 ( 379) 734 80 5.2e-16 mKIAA1346 ( 998 res) mfj09039 ( 998) 328 44 8.2e-05 mKIAA2029 ( 1233 res) meh00056 (1233) 320 44 0.00015 >>mKIAA4001 ( 379 res) mic18028 (379 aa) initn: 682 init1: 258 opt: 734 Z-score: 379.8 bits: 80.2 E(): 5.2e-16 Smith-Waterman score: 734; 39.650% identity (43.175% ungapped) in 343 aa overlap (526-848:1-335) 500 510 520 530 540 550 mKIAA0 GSSQFCPPDVFIQNGYPCQNSKAYCYNGMCQYYDAQCQVIFGSKAKAAPRDCFIEVNSKG : .. :: ...: :: :: :: .::: : mKIAA4 QTHEQQCVTLWGPGAKPAPGICFERVNSAG 10 20 30 560 570 580 590 600 mKIAA0 DRFGNCGF-SGSEYKKCATGNALCGKLQCENVQDMPVFGIVPAIIQT--PSR-GTK--CW : .:::: : : . :: .: :::.::.. . ::.: . :.: :.. : . : mKIAA4 DPYGNCGKDSKSAFAKCELRDAKCGKIQCQGGASRPVIGTNAVSIETNIPQQEGGRILCR 40 50 60 70 80 90 610 620 630 640 650 660 mKIAA0 GVDFQLGSDVPDPGMVNEGTKCDAGKICRNFQCVNASVLN-YDCDIQGKCHGHGVCNSNK :. ::.:.::::.: :::: :::: : .: : ::.. . : .: :::.::::. : mKIAA4 GTHVYLGDDMPDPGLVLAGTKCAEGKICLNRRCQNISVFGVHKCAMQ--CHGRGVCNNRK 100 110 120 130 140 670 680 690 700 710 720 mKIAA0 NCHCEDGWAPPHCDTKGYGGSVDSGPTYNAKSTALRDGLLVFFFLIVPLVAAAIFLFIKR ::::: :::: :: :.:::.:::: .: . .: :.:: :. :.::.. ...:: mKIAA4 NCHCEAHWAPPFCDKFGFGGSTDSGPIRQADNQGLTVGILVS---ILCLLAAGFVVYLKR 150 160 170 180 190 200 730 740 750 760 770 mKIAA0 DEL-RKTFRKKRSQMSDGRNQANVSRQPGDPSISRP---PG-GPNVSRPP--GGPGV--S : : : .:.. : : .. :: :. : ... :: : ..: : . : : mKIAA4 KTLMRLLFTHKKTTMEKLRC-VHPSRTPSGPHLGQAHHTPGKGLLMNRAPHFNTPKDRHS 210 220 230 240 250 260 780 790 800 810 820 830 mKIAA0 RPPGGPGVSRPPGGPGVSRPPPGHGNRFPVPTYAAKQPAQFPSRPPPPQPKI-SSQGNLI . .::: . .: : .: .: . . . . :.:: : .: . ..:: mKIAA4 LKCQNMDISRPLDARAV--PQLQSPQRVLLPLHQTPRAPSGPARPLPASPAVRQAQGIRK 270 280 290 300 310 320 840 850 mKIAA0 PA---RPAPAPPLYSSLT :. .: :: :: mKIAA4 PSPPQKPLPADPLSRTSRLTSALVRTPGQQEPGHRPAPIRPAPKHQVPRPSHNAYIK 330 340 350 360 370 >>mKIAA1346 ( 998 res) mfj09039 (998 aa) initn: 188 init1: 90 opt: 328 Z-score: 178.7 bits: 44.4 E(): 8.2e-05 Smith-Waterman score: 451; 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