# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbh00284.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1858.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1858, 597 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7892902 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2621+/-0.000211; mu= 8.1601+/- 0.012 mean_var=154.0696+/-29.201, 0's: 43 Z-trim: 114 B-trim: 220 in 1/66 Lambda= 0.103327 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|109509007|ref|XP_001079267.1| PREDICTED: simila (3727) 3528 538.9 1e-149 gi|109508238|ref|XP_001078547.1| PREDICTED: simila (3750) 3528 538.9 1e-149 gi|119587216|gb|EAW66812.1| hCG1979743, isoform CR ( 765) 1161 185.3 6e-44 gi|158518658|sp|Q96JG9.3|ZN469_HUMAN RecName: Full (3925) 1161 186.1 1.7e-43 gi|114664101|ref|XP_523457.2| PREDICTED: zinc fing (3932) 1124 180.6 8e-42 gi|73956939|ref|XP_546786.2| PREDICTED: similar to (3682) 1106 177.9 4.9e-41 gi|109129492|ref|XP_001098268.1| PREDICTED: zinc f (3955) 1081 174.2 6.8e-40 gi|126304952|ref|XP_001376778.1| PREDICTED: simila (3436) 635 107.6 6.4e-20 gi|189537655|ref|XP_001345632.2| PREDICTED: simila (3127) 593 101.3 4.6e-18 gi|224064524|ref|XP_002192293.1| PREDICTED: hypoth (2920) 587 100.4 8.2e-18 gi|47219807|emb|CAG03434.1| unnamed protein produc (3385) 569 97.8 5.8e-17 gi|118096563|ref|XP_414197.2| PREDICTED: similar t (2840) 418 75.2 3.1e-10 gi|114643600|ref|XP_001151718.1| PREDICTED: hypoth ( 594) 306 57.7 1.2e-05 gi|189527581|ref|XP_001336182.2| PREDICTED: simila ( 700) 284 54.5 0.00013 gi|190654935|gb|EDV52178.1| GG13509 [Drosophila er (1634) 281 54.5 0.0003 gi|189530033|ref|XP_001345811.2| PREDICTED: simila (1920) 282 54.7 0.0003 gi|156225910|gb|EDO46724.1| predicted protein [Nem (1263) 275 53.5 0.00048 gi|109499192|ref|XP_001063558.1| PREDICTED: simila ( 798) 272 52.8 0.00049 gi|83416589|gb|ABC18305.1| high-molecular-weight g ( 590) 270 52.3 0.00049 gi|211964012|gb|EEA99207.1| hypothetical protein, (2563) 276 54.0 0.00068 gi|109498320|ref|XP_001074557.1| PREDICTED: simila ( 884) 268 52.2 0.00078 gi|221486573|gb|EEE24834.1| conserved hypothetical (2574) 273 53.5 0.00093 gi|151337350|gb|ABS01107.1| D-hordein [Hordeum chi ( 870) 266 51.9 0.00095 gi|68353444|gb|EAN34204.1| hypothetical protein TP (2077) 271 53.1 0.001 gi|71159598|gb|AAZ29573.1| x-type high-molecular-w ( 500) 262 51.1 0.001 gi|84181091|gb|ABC54956.1| high molecular weight g ( 500) 262 51.1 0.001 gi|71159584|gb|AAZ29569.1| x-type high-molecular-w ( 500) 262 51.1 0.001 gi|223671394|tpd|FAA00649.1| TPA: putative cuticle (1640) 268 52.6 0.0012 gi|190651431|gb|EDV48686.1| GG16758 [Drosophila er (2704) 271 53.3 0.0012 gi|40739478|gb|EAA58668.1| hypothetical protein AN ( 926) 263 51.5 0.0014 gi|134068002|emb|CAM66287.1| protein transport pro ( 435) 257 50.2 0.0015 gi|189517681|ref|XP_683515.3| PREDICTED: wu:fk76c0 ( 659) 259 50.8 0.0016 gi|194186210|gb|EDW99821.1| GE23128 [Drosophila ya (1634) 264 52.0 0.0018 gi|221508334|gb|EEE33921.1| conserved hypothetical (2600) 266 52.5 0.0019 gi|121884513|gb|EAX90226.1| agglutinin, putative [ (1232) 261 51.4 0.002 gi|77552375|gb|ABA95172.1| transposon protein, put ( 946) 258 50.8 0.0023 gi|118195425|gb|ABK78343.1| surface antigen [Cenar ( 723) 255 50.2 0.0026 gi|222616370|gb|EEE52502.1| hypothetical protein O (1360) 258 51.0 0.0029 gi|113645619|dbj|BAF28760.1| Os11g0657400 [Oryza s (1399) 258 51.0 0.003 gi|212517454|gb|EEB19342.1| trypsin, putative [Ped (1937) 260 51.5 0.003 gi|46981760|gb|AAT06760.1| HMW glutenin subunit Dt ( 750) 254 50.1 0.003 gi|386433|gb|AAB27289.1| PRB1L precursor protein [ ( 358) 248 48.8 0.0035 gi|132271272|gb|ABO33338.1| HMW gluten subunit [Th ( 500) 250 49.3 0.0035 gi|190486|gb|AAA60185.1| salivary proline-rich pro ( 331) 247 48.6 0.0036 gi|27924097|gb|AAH44827.1| PRB1 protein [Homo sapi ( 338) 247 48.6 0.0037 gi|171902423|gb|EDT48712.1| multiple banded antige ( 481) 249 49.1 0.0038 gi|110762739|ref|XP_393988.3| PREDICTED: similar t (2659) 259 51.5 0.0041 gi|52001469|sp|P04280.2|PRP1_HUMAN RecName: Full=B ( 392) 245 48.4 0.005 gi|218190341|gb|EEC72768.1| hypothetical protein O ( 658) 248 49.1 0.0051 gi|222622454|gb|EEE56586.1| hypothetical protein O ( 674) 248 49.1 0.0052 >>gi|109509007|ref|XP_001079267.1| PREDICTED: similar to (3727 aa) initn: 3334 init1: 1946 opt: 3528 Z-score: 2844.2 bits: 538.9 E(): 1e-149 Smith-Waterman score: 3528; 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