FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
../query/mKIAA0634.ptfa, 1485 aa
vs ./tmplib.26680 library
1767532 residues in 2168 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2622+/-0.00597; mu= 2.8029+/- 0.394
mean_var=245.4708+/-59.749, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 0 in 0/36
Lambda= 0.0819
FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(2168)
mKIAA0289 ( 1249 res) mbg08647 (1249) 4386 532 2.2e-151
>>mKIAA0289 ( 1249 res) mbg08647 (1249 aa)
initn: 3775 init1: 868 opt: 4386 Z-score: 2810.0 bits: 532.4 E(): 2.2e-151
Smith-Waterman score: 4386; 50.922% identity (52.566% ungapped) in 1247 aa overlap (262-1483:15-1247)
240 250 260 270 280 290
mKIAA0 AGAGAGTGAGAGAAAAAASAASPGSAGSAGTAAESRLLLFVRNELPGRIAVQDDLDNTEL
.:.: .::. :::..::...: :::.::::
mKIAA0 PFLRENDLSIMHSPSASEPKLLFSVRNDFPGEMVVVDDLENTEL
10 20 30 40
300 310 320 330 340 350
mKIAA0 PFFTLEMSGTAADISLVHWRQQWLENGTLYFHVSMSSSGQLAQATAPTLQEPSEIVEEQM
:.:.::.::.. :: ::.::::::::::: ::. .... . :: . : .::..
mKIAA0 PYFVLEISGNTEDIPLVRWRQQWLENGTLLFHIHHQDGAPSLPGQDPTEEPQHESAEEEL
50 60 70 80 90 100
360 370 380 390 400
mKIAA0 HILHISVMGGLIALLLLLLVFTVALYAQRRWQKRRRIPQ--KSASTEATHEIHYIPSVLL
.:::::::::.::::: .: ... ::..::: ::::.:: ::::.::..:::::::::.
mKIAA0 RILHISVMGGMIALLLSILCLVMILYTRRRWCKRRRVPQPQKSASAEAANEIHYIPSVLI
110 120 130 140 150 160
410 420 430 440 450 460
mKIAA0 GPQARESFRSSRLQTHNSVIGVPIRETPILDDYDYEEEEEPPRRANHVSRE-----DEFG
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170 180 190 200 210 220
470 480 490 500 510 520
mKIAA0 SQMTHALDSLGRPGEEKVEFEKKAAAEATQETVESLMQKFKESFRANTPVEIGQLQPASR
::.:..:::: . .:: .. ... .. :::.:.:... :..::. .. : .
mKIAA0 SQVTRTLDSL-QGCNEKSGMDLTPGSDNAKL---SLMNKYKDNIIATSPVDSNHQQATLL
230 240 250 260 270
530 540 550 560 570 580
mKIAA0 SSTSAGKRKR-RNKSRGGISFGRTKGTSGSEADDETQLTFYTEQYRSRRRSK-GLLKSPV
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mKIAA0 SHTSSSQRKRINNKARAGSAFLNPEGDSSTEAENDPQLTFYTDPSRSRRRSRVGSPRSPV
280 290 300 310 320 330
590 600 610 620 630 640
mKIAA0 NKTALTLIAVSSCILAMVCGNQMSCPLTVKVTLHVPEHFIADGSSFVVSEGSYLDISDWL
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mKIAA0 NKTTLTLISVTSCVLGLVCSSHVSCPLVVKITLHVPEHLIADGSRFILLEGSQLDASDWL
340 350 360 370 380 390
650 660 670 680 690 700
mKIAA0 NPAKLSLYYQINATSPWVRDLCGQRTTDACEQLCDPDTGECSCHEGYAPDPVHRHLCVRS
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mKIAA0 NPAQVVLFSQQNSSGPWAMDLCARRLLDPCEHQCDPETGECLCYEGYMKDPVHKHLCIRN
400 410 420 430 440 450
710 720 730 740 750
mKIAA0 DWGQSEGPWPYTTLERGYDLVTGEQAPEKIL----SLGQGLWLPVSKSFVVPPVELSINP
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mKIAA0 EWGTNQGPWPYTIFQRGFDLVLGEQPSDKIFRFTYTLGEGMWLPLSKSFVIPPAELAINP
460 470 480 490 500 510
760 770 780 790 800 810
mKIAA0 LASCKTDVLVTEDPADVREEAMLSTYFETINDLLSSFGPVRDCSRNNGGCTRNFKCVSDR
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mKIAA0 SAKCKTDMTVMEDAVEVREELMTSSSFDSLEVLLDSFGPVRDCSKDNGGCSKNFRCISDR
520 530 540 550 560 570
820 830 840 850 860 870
mKIAA0 QVDSSGCVCPEELKPMKDGSGCYDHSKGIDCSDGFNGGCEQLCLQQTLPLPYDTTSSTIF
..::.::::: :.::::.:::::. :.::::::::::::::::: :.: : : .:.
mKIAA0 KLDSTGCVCPSGLSPMKDSSGCYDRHIGVDCSDGFNGGCEQLCLQQMAPFPDDPTLYNIL
580 590 600 610 620 630
880 890 900 910 920 930
mKIAA0 MFCGCVEEYKLAPDGKSCLMLSDVC-EGPKCLKP-DSKFNDTLFGEMLHGYNNRTQHVNQ
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mKIAA0 MFCGCIEDYKLGVDGRSCQLVTETCPEGGDCGESREVPMNQTLFGEMFFGYNNQSKEVAT
640 650 660 670 680 690
940 950 960 970 980 990
mKIAA0 GQVFQMTFRENNFIKDFPQ-LADGLLVIPLPVEEQCRGVLSEPLPDLQLLTGDIRYDEAM
:::.. :::.::: . . : : :::.: .:.:.:: .::: :: ..::: . ..:.
mKIAA0 GQVLKGTFRQNNFARGLDQQLPDGLVVASVPLENQCLEEISEPTPDPDFLTGMVNFSEVS
700 710 720 730 740 750
1000 1010 1020 1030 1040 1050
mKIAA0 GYPMVQQWRVRSNLYRVKLSTITLSAGFTNVLKILTKESSRDELLSFIQHYGSHYIAEAL
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mKIAA0 GYPVLQHWKVRSVMYHIKLNQAAISQAFSNALHSLDGATSRADFVALLDQFGNHYIQEAV
760 770 780 790 800 810
1060 1070 1080 1090 1100 1110
mKIAA0 YGSELTCIIHFPSKKVQQQLWLQYQ---KETTELGSKKELKSMPFITYLSGLLTAQMLSD
:: : .: : .:.:.::..:::.:. : .. ..: . : . . ... :::
mKIAA0 YGFEESCSIWYPNKQVQRRLWLEYEDISKGNSPSDESEERERDPKVLTFPEYIAS--LSD
820 830 840 850 860 870
1120 1130 1140 1150 1160
mKIAA0 D---QLISGVEIRCEEKGRCPSTCHLCRRPGKEQLSPTPVLLEINRVVPLYTLIQDNGTK
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mKIAA0 SGTKRMAAGVRMECQSKGRCPSSCPLCHVTSSPETPAEPVLLEVTRASPIYELVTNNQTQ
880 890 900 910 920 930
1170 1180 1190 1200 1210 1220
mKIAA0 EAFKNALMSSYWCSGKGDVIDDWCRCDLSAFDASGLPNCSPLPQPVLRLSPTVEPSSTVV
. ...: ::: :::: ::::.:::::: .:: :.:::.:.:::::::::: . :::::.:
mKIAA0 RLLQEATMSSLWCSGTGDVIEDWCRCDSTAFGADGLPTCAPLPQPVLRLSTVHEPSSTLV
940 950 960 970 980 990
1230 1240 1250 1260 1270 1280
mKIAA0 SLEWVDVQPAIGTKVSDYILQHKKVDEYTD-TDLYTGEFLSFADDLLSGLGTSCVAAGRS
::: .: ::... ::.....:: . : . . : :::.::..:: . :. .
mKIAA0 VLEWEHSEPPIGVQIVDYLIRQEKVTDRMDHSKVETETVLSFVDDIISGAKAPCAMPS--
1000 1010 1020 1030 1040 1050
1290 1300 1310 1320 1330 1340
mKIAA0 HGEVP--EVSIYSVIFKCLEPDGLYKFTLYAVDTRGRHSELSTVTLRTACPLVDDNKAEE
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mKIAA0 --QVPDKQLTTISLIIRCLEPDTIYMFTLWGVDNTGRRSRPSDVIVKTPCPVVDDVKAQE
1060 1070 1080 1090 1100 1110
1350 1360 1370 1380 1390 1400
mKIAA0 IADKIYNLYNGYTSGKEQQTAYNTLMEVSASMLFRVQHHYNSHYEKFGDFVWRSEDELGP
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mKIAA0 IADKIYNLFNGYTSGKEQQTAYNTLLDLGSPTLHRVLYHYNQHYESFGEFTWRCEDELGP
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::: ::: .: .:: :..::. :. : .. :: :: :..: :. : . .: . :
mKIAA0 RKAGLILSQLGDLSSWCNGLLQEPKISLRRGSLKYLGCRYSEIKPYGLDWSELSRDLRKT
1180 1190 1200 1210 1220 1230
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:::. .:. : ::..:
mKIAA0 CEEQTLSVPYNDYGDSKDI
1240
1485 residues in 1 query sequences
1767532 residues in 2168 library sequences
Scomplib [34t11]
start: Mon Mar 27 10:24:57 2006 done: Mon Mar 27 10:24:58 2006
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Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]