# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbg19945.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1391.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1391, 1063 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7916857 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6324+/-0.000187; mu= 12.0584+/- 0.010 mean_var=85.2149+/-16.308, 0's: 33 Z-trim: 52 B-trim: 0 in 0/66 Lambda= 0.138937 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|81911027|sp|Q6IFT4.1|RHG20_MOUSE RecName: Full= (1182) 7125 1438.8 0 gi|148693833|gb|EDL25780.1| Rho GTPase activating (1096) 6402 1293.9 0 gi|143458599|sp|Q6REY9.2|RHG20_RAT RecName: Full=R (1182) 6375 1288.5 0 gi|45775079|gb|AAS77204.1| RA and RhoGAP domain co (1146) 6333 1280.1 0 gi|149041659|gb|EDL95500.1| rCG58249 [Rattus norve (1070) 5860 1185.3 0 gi|194212666|ref|XP_001499947.2| PREDICTED: simila (1191) 5521 1117.3 0 gi|42766759|gb|AAS45467.1| RhoGTPase regulating pr (1155) 5497 1112.5 0 gi|42766765|gb|AAS45470.1| RhoGTPase regulating pr (1165) 5497 1112.5 0 gi|42766763|gb|AAS45469.1| RhoGTPase regulating pr (1168) 5497 1112.5 0 gi|143458429|sp|Q9P2F6.2|RHG20_HUMAN RecName: Full (1191) 5497 1112.5 0 gi|114640254|ref|XP_522177.2| PREDICTED: Rho GTPas (1168) 5476 1108.3 0 gi|73955170|ref|XP_854212.1| PREDICTED: similar to (1255) 5386 1090.3 0 gi|126327054|ref|XP_001381415.1| PREDICTED: simila (1200) 4744 961.6 0 gi|109108608|ref|XP_001098860.1| PREDICTED: simila (1239) 4687 950.2 0 gi|119907007|ref|XP_593534.3| PREDICTED: similar t ( 867) 4049 822.2 0 gi|158258012|dbj|BAF84979.1| unnamed protein produ ( 731) 3391 690.2 1e-195 gi|24660305|gb|AAH39340.1| ARHGAP20 protein [Homo ( 731) 3382 688.4 3.5e-195 gi|149631927|ref|XP_001508320.1| PREDICTED: simila (1086) 2508 513.4 2.6e-142 gi|118085093|ref|XP_417154.2| PREDICTED: similar t ( 926) 2290 469.6 3.3e-129 gi|224043166|ref|XP_002190543.1| PREDICTED: hypoth ( 899) 2241 459.8 2.9e-126 gi|116487442|gb|AAI25688.1| Hypothetical protein M (1178) 2173 446.3 4.6e-122 gi|26333953|dbj|BAC30694.1| unnamed protein produc ( 388) 1815 374.1 7.7e-101 gi|74013206|ref|XP_533307.2| PREDICTED: similar to ( 653) 1705 352.3 5e-94 gi|73984117|ref|XP_851810.1| PREDICTED: similar to ( 853) 1688 348.9 6.6e-93 gi|224097850|ref|XP_002189711.1| PREDICTED: hypoth (1186) 1441 299.5 6.8e-78 gi|210104561|gb|EEA52583.1| hypothetical protein B (1425) 1355 282.3 1.2e-72 gi|115699971|ref|XP_787609.2| PREDICTED: similar t (1373) 1121 235.4 1.6e-58 gi|224147849|ref|XP_002195711.1| PREDICTED: simila ( 256) 1049 220.5 9.2e-55 gi|156217851|gb|EDO38760.1| predicted protein [Nem (1507) 1026 216.4 9e-53 gi|194667582|ref|XP_001787305.1| PREDICTED: simila ( 812) 980 207.0 3.3e-50 gi|11611595|dbj|BAB18980.1| hypothetical protein [ ( 267) 967 204.1 8.4e-50 gi|62643414|ref|XP_227116.3| PREDICTED: similar to ( 834) 942 199.4 6.6e-48 gi|51858679|gb|AAH81933.1| Similar to T-cell activ ( 834) 941 199.2 7.6e-48 gi|194679097|ref|XP_001789537.1| PREDICTED: simila ( 777) 939 198.8 9.5e-48 gi|109464849|ref|XP_574935.2| PREDICTED: similar t (1454) 940 199.2 1.4e-47 gi|47221994|emb|CAG08249.1| unnamed protein produc ( 953) 913 193.6 4.1e-46 gi|73964251|ref|XP_854524.1| PREDICTED: similar to ( 567) 903 191.5 1.1e-45 gi|109464836|ref|XP_001071387.1| PREDICTED: simila (1087) 895 190.1 5.6e-45 gi|109464834|ref|XP_227129.4| PREDICTED: similar t (2857) 896 190.6 1e-44 gi|52352320|gb|AAU43630.1| GTPase activating prote (1288) 890 189.1 1.3e-44 gi|149048440|gb|EDM00981.1| rCG65904 [Rattus norve (1288) 890 189.1 1.3e-44 gi|125826145|ref|XP_001336763.1| PREDICTED: Rho GT ( 907) 887 188.4 1.5e-44 gi|109466737|ref|XP_001064263.1| PREDICTED: simila ( 683) 877 186.3 4.7e-44 gi|109464926|ref|XP_001076600.1| PREDICTED: simila ( 810) 877 186.4 5.4e-44 gi|109464840|ref|XP_001071430.1| PREDICTED: simila ( 758) 875 185.9 6.8e-44 gi|74013220|ref|XP_849686.1| PREDICTED: similar to ( 486) 866 184.0 1.7e-43 gi|109466285|ref|XP_001053294.1| PREDICTED: simila ( 933) 865 184.0 3.2e-43 gi|109465532|ref|XP_227675.4| PREDICTED: similar t ( 687) 851 181.1 1.8e-42 gi|183986042|gb|AAI66500.1| LOC304239 protein [Rat (1194) 853 181.7 2.1e-42 gi|74221450|dbj|BAE21461.1| unnamed protein produc ( 650) 829 176.7 3.6e-41 >>gi|81911027|sp|Q6IFT4.1|RHG20_MOUSE RecName: Full=Rho (1182 aa) initn: 7125 init1: 7125 opt: 7125 Z-score: 7712.2 bits: 1438.8 E(): 0 Smith-Waterman score: 7125; 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