FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA1684.ptfa, 937 aa vs ./tmplib.26680 library 1768080 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.8392+/-0.00763; mu= -7.3921+/- 0.506 mean_var=421.0281+/-98.683, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 0 in 0/36 Lambda= 0.0625 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA1217 ( 1053 res) mpm09263 (1053) 706 78 5.9e-15 >>mKIAA1217 ( 1053 res) mpm09263 (1053 aa) initn: 1193 init1: 638 opt: 706 Z-score: 360.9 bits: 78.3 E(): 5.9e-15 Smith-Waterman score: 1464; 36.225% identity (40.445% ungapped) in 853 aa overlap (2-833:221-1005) 10 20 30 mKIAA1 LDTLHALIAHMFPQKLTMGMLKSPNTAILIK ::..::.. :::.::: ::.::..:: :: mKIAA1 QTKERSLGVLYLQYGDETKQLRMPNEVTSTDTIRALFVSAFPQQLTMKMLESPSVAIYIK 200 210 220 230 240 250 40 50 60 70 80 mKIAA1 DEARNVFYELEDVRDIQDRSIIKIYRKEPLYAAFPGSHLTNGDLR--REMVYASRESSPT :..:::.:::.:::.:::::..:.: :.: .: .. .:::.: ::.::: .. . mKIAA1 DDSRNVYYELNDVRNIQDRSLLKVYNKDPSHAFNHMTKAVNGDMRMQREIVYARGDGLVA 260 270 280 290 300 310 90 100 110 120 130 140 mKIAA1 RRLNNLSPASHLASSSPPPGLPSGLPSGLPSGSPSRSRLSYAGGRPPSYAGSPVHHAAER : .... :. .::: . : .: .:: :: ::. :.:.:: . :. . .: mKIAA1 PRPGSVAHPPHVIPNSPP-STP--VPHSLP---PSPSRIPYGGSRPMAIPGNATI-PRDR 320 330 340 350 360 150 160 170 180 190 200 mKIAA1 LGGAPTGQGVSPSPSAILERRDVKPDEDLAGKAGGMVLVKGEGLYADPYGLLHEGRLSLA :.. :.....::::::::::::::::::...: ..:. ..::.::::: : ::::.:.: mKIAA1 LSSLPVSRSISPSPSAILERRDVKPDEDMSSK--NLVMFRNEGFYADPY-LYHEGRMSIA 370 380 390 400 410 420 210 220 230 240 250 260 mKIAA1 AA-AGDPFAYPGAGGLYKRGSVRSLSTYSAAALQSD--LEDSLYKAGAGGPLYGDGY--- .. .: :. : :.: ..:: :.: . .::.. .:.:::. . : :.. mKIAA1 SSHGGHPLDVPDHVIAYHRTAIRSASAYCSPSLQAEMHMEQSLYRQKSRK--YPDSHLPT 430 440 450 460 470 270 280 290 300 310 320 mKIAA1 -GFRLPPSSPQKLADVSAPSGGPP-PPHSP-YSGPPSRGSPVRQSFRKDSGSSSVFAESP : . ::.::....:. . : :.: .. :.:.:: ::::.:. :. :. :.: mKIAA1 LGSKTPPASPHRVGDLRMIDLHPHLNTHGPPHTLQPDRASPSRQSFKKEPGTL-VYIEKP 480 490 500 510 520 530 330 340 350 360 370 380 mKIAA1 GGKARSTGSASTAGAPPSELFPGPGERSLVGFGPPVPAKDTETRERMEAMEKQIASLTGL :.:. : ::: .:::. .::: :. mKIAA1 ----RNTS----------------GLSSLVDLGPPL-------------VEKQ-----GF 540 550 390 400 410 420 430 440 mKIAA1 VQSALLRGSEPETPSEKVEGSNGAATPSAPVCGSGSKSSGATPVSGPPPPSASSTPAGQP . :. .. :: . :... : .: :.:. .: : : : : .:: mKIAA1 AYSTATIPKDRETSEKMVKAT--ANRNQAD--GAGTAHVSAGKVLGS---VEFSLPPSQP 560 570 580 590 600 610 450 460 470 480 490 500 mKIAA1 TAVSRLQMQLHLRGLQNSASDLRGQLQQLRKLQLQNQESVRALLKRTEAELSMRVSEAAR .. .. : .. ....:: ::::.:.::::::: .::..:..: :.: .:.:. . mKIAA1 LPAGTSPIHTSLLDMRRNVAELRLQLQQMRQLQLQNQEILRAMMKKAELEISNKVKETMK 620 630 640 650 660 670 510 520 530 540 550 560 mKIAA1 RQEDPLQRQRTLVEEERLRYLNDEELITQQLNDLEKSVEKIQRDVAHNHRLVPGPELEEK : :::.::::::::.:: .::..:: :...: .:: :: ...: . . :.: ..:. mKIAA1 RLEDPVQRQRTLVEQERQKYLHEEERIVKKLCELEDFVEDLKKDSSSTGRVVTLKDVEDG 680 690 700 710 720 730 570 580 590 600 610 620 mKIAA1 ALVLKQLGETLTELKAHFPGLQSKMRVVLRVEVEAVKFLKEEPQRLDGLLKRCRGVTDTL :..:.:.::... ::..:: ::.:::.:::.:::::.::::::..::.:::: :..::.: mKIAA1 AFLLRQVGEAVATLKGEFPTLQNKMRAVLRIEVEAVRFLKEEPHKLDSLLKRVRSMTDVL 740 750 760 770 780 790 630 640 650 660 670 mKIAA1 AQIRRQVDEGMWPPPNNLLNQSPKKVAAE----TDFSKGLDFEIPPPSPPLNLHELSGPA ....:.: .:. . .:. . :: : .. : . :. ::. : mKIAA1 TMLQRHVTDGLLKGTDA--SQAAQYVAMEKATAAEVLKHQEETAHAPGQPLHCSTGSPGD 800 810 820 830 840 850 680 690 700 710 720 730 mKIAA1 EGTPLTPKSTNPTKGLDASSKRNTDKAVSVEAAERDWEEKRAALTQYSAKDINRLLEETQ . ..: :: .:. .: ::: : .. .: .. : : . ::: . . :. mKIAA1 VKSEVVPLSTMTSKNRPGS----LDKA-SKQSKLQDPRQYRQA--NGSAKKAGGDCKPTS 860 870 880 890 900 740 750 760 770 780 790 mKIAA1 AEL-LKAIPDLDCAS-KTHPGPAPTPDHKP-PKAPHGQK---AAPRTEPSGRRGSDELTV : . :: :. .: :. :. . : . :.:: . ..: . .:: . . . mKIAA1 PSLPASKIPALSPSSGKSSSLPSASGDSSNLPNAPATKPSIASTPLSPQAGRSAHSASLI 910 920 930 940 950 960 800 810 820 830 840 850 mKIAA1 PRYRTEKPSKSPPPPPPRRSFPSSHGLTTTRTGEVVVTSKKDSVFIKKAESEELEVQKPQ : . . . . :: . : .: : ..:... :....: mKIAA1 PSVSNGSLKFQSPPHAGKGHHHLSFALQT-QNGRAAPTTSSSSSPPSPASPTSLNQGARG 970 980 990 1000 1010 1020 860 870 880 890 900 910 mKIAA1 VKLRRAVSEVVRPASTPPIMASAIKDEDDEERIIAELESGGSSVPPMKVVTPGASRLKAA mKIAA1 IRTIHTPSLASYKAQNGSSSKATPSTAKETS 1030 1040 1050 937 residues in 1 query sequences 1768080 residues in 2168 library sequences Scomplib [34t11] start: Mon Mar 27 10:50:54 2006 done: Mon Mar 27 10:50:55 2006 Scan time: 1.010 Display time: 0.080 Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]