# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbg16805.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1998.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1998, 1366 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7918261 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4187+/-0.000188; mu= 14.4484+/- 0.011 mean_var=86.0741+/-16.428, 0's: 27 Z-trim: 38 B-trim: 0 in 0/66 Lambda= 0.138241 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|6225950|sp|P97433.1|RGNEF_MOUSE RecName: Full=R (1693) 8666 1739.4 0 gi|187951837|gb|AAI38031.1| Rho-guanine nucleotide (1700) 8666 1739.4 0 gi|148668543|gb|EDL00862.1| Rho-guanine nucleotide (1700) 8660 1738.2 0 gi|172044567|sp|P0C6P5.1|RGNEF_RAT RecName: Full=R (1700) 8140 1634.5 0 gi|149059135|gb|EDM10142.1| Rho-guanine nucleotide (1700) 8136 1633.7 0 gi|114599696|ref|XP_517706.2| PREDICTED: similar t (1651) 7294 1465.8 0 gi|114599690|ref|XP_001151367.1| PREDICTED: simila (1705) 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