FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
../query/mKIAA0318.ptfa, 884 aa
vs ./tmplib.26680 library
1768133 residues in 2168 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2826+/-0.00698; mu= 1.2333+/- 0.464
mean_var=256.3521+/-61.527, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 0 in 0/36
Lambda= 0.0801
FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(2168)
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>>mKIAA0612 ( 353 res) mbj00855 (353 aa)
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570 580 590 600 610 620
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:. .. . : : .:...... : . .
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: .: . . :: ..:: . ..: : .: .: .:.: . .:. : ..::
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.:.:::::::::..:::::::.::::::::::..::.::::::::::::. .: : ::::
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750 760 770
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::.:. .:. .:::..:::: :. : : .::.. :
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. : .: ::: .::.:::.:::.:::::::: .::.:::::..:.
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::::: . . :..:.. :.
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320 330 340 350
>>mKIAA1666 ( 1139 res) mbp08305 (1139 aa)
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10 20 30
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: :::::.::.:. ...:::::: :.::.:
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::::::::::::..:::::::::.:. :. :: .:::
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100 110 120 130 140 150
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: :.:: ::: ..: .. .: : :...: .
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160 170 180 190 200
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: :. ::..: :. .: .:.: :... .: . ..: :
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470 480 490 500 510
210 220 230 240 250 260
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.:: .:...:.: :: ..: .. : :...:..:: .. .. .: : .
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520 530 540 550 560
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:.:. :.:.: .: .: .: : . . :.: :::: :: :: :. :. .
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570 580 590 600 610 620
330 340 350 360 370 380
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. ::: : .. .: :::..::::.::. : .:.:: :: .: .:. .:. : . :
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::::.:. :::.::. : :: :.. . : . :: .. : . : : : :
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. : . :: ::.. ...:: :. : . : : . : :: : : .
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:.. .. . . . .:. : :.. ::.: :.:.: :.. :. . :.. .
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mKIAA0 SELGKQPHCCHGDEYHTESSRGSDLSDIMEEDEEELYSEMQLEDGGRRRPSGTSHNALKI
::.:. : .. :.. .. : ... :. : : . . :
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:. : .. .. .:. . ::.:. .. :. .. ::: . :::
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. :.:.:.::::..::..: : .:::::: :..::...:.:. : :::.:: ..:
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..:...:
mKIAA1 HLLDDLPVHGE
1130
884 residues in 1 query sequences
1768133 residues in 2168 library sequences
Scomplib [34t11]
start: Mon Mar 27 10:17:33 2006 done: Mon Mar 27 10:17:34 2006
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Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]