FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA1853.ptfa, 372 aa vs ./tmplib.26680 library 1768645 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.4294+/-0.00886; mu= -22.5421+/- 0.587 mean_var=466.1185+/-113.014, 0's: 0 Z-trim: 9 B-trim: 0 in 0/36 Lambda= 0.0594 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA0324 ( 1754 res) mbg00352 (1754) 320 42 0.00044 mKIAA1791 ( 1452 res) mpm08259 (1452) 267 37 0.0089 >>mKIAA0324 ( 1754 res) mbg00352 (1754 aa) initn: 230 init1: 230 opt: 320 Z-score: 165.7 bits: 41.5 E(): 0.00044 Smith-Waterman score: 388; 33.247% identity (38.166% ungapped) in 388 aa overlap (19-372:542-913) 10 20 30 40 mKIAA1 VTGTRPRSSAVSDGSFCFQITGSGSAADLFSKSASPLAATRGRSQEYD : . :::. .: .: : :. . :: : : mKIAA0 RNNKSVTPQRERSGSESSVEQKNLARTSPGQRSRSGSSQELDGK---PSASPQERS-ESD 520 530 540 550 560 50 60 70 80 90 mKIAA1 SGNDTSSPPSTQTSSARSRGQEKGSPGGDLSKSRD---LNCGNTS----------DSGNS :. : : :.:.: :.:.. .:: : :::: :. ...: . ..: mKIAA0 SSPD--SKPKTRTP-LRQRSHSGSSPEVD-SKSRHSPRLSRSGSSPEMKDKPRVLQRAQS 570 580 590 600 610 620 100 110 120 130 140 150 mKIAA1 FTTSSPQNKGAVLETVSPACRSRESRGFQSPCLQCAEVKKSSLVPSTA-RSSPIKECSRS : :::..: . ... :: : ..: . . ..:: : : .: .. ::: mKIAA0 GTDSSPEHKIPAPRALPRHSRSGSSSKERGPSPEGSSSSESS--PEHAPKSRTARRGSRS 630 640 650 660 670 680 160 170 180 190 200 mKIAA1 SSYTSTRSSSPSSRSPNPRASPRYTRSRSTSSEKRSYSRSPSYSSKSG---KRSP----- : .:.: .: : . :.::. ::. .: ..:: : :: :.. .::: mKIAA0 SIEPKTKSRTPPRRRSS-RSSPELTRKARVSRRSRSASSSPEIRSRTPPRRRRSPSVSSP 690 700 710 720 730 740 210 220 230 240 250 mKIAA1 -P---SRSSRSRRSPSYSRYSPSRERDLKYGEKE-PQP----RERARRRRRSYSPMRKRR : ::::: ::: : :: . . :.. :.: : :.: ::.. :.: mKIAA0 EPTEKSRSSRRRRSVS----SPRTKTTSRRGRSPSPKPRGLQRSRSRSRREKTRTTRRRD 750 760 770 780 790 260 270 280 290 300 310 mKIAA1 RDSPSHLEARRITSARKRPIPYYRPSPSSSSSLSSASSWYSSSSSSSSSSSRSPSRSYSR :.. :. .:: .:.: : .:. : . :: .:: .:: . :: mKIAA0 RSGSSQSTSRRRQRSRSRSRVTRRRRGGSGYHSRSPTRQESSRTSSRRRRGRSRTPLTSR 800 810 820 830 840 850 320 330 340 350 360 370 mKIAA1 SRSPSRSHSS---RSQTRSRTRTSRSSSSRSLSLGSRSRSRNRSLSYSSAESYASTRR .:: ::. . ::..:. : : : ::. : :: :::.:. : .: . .:: mKIAA0 KRSRSRTSPAPWKRSRSRASPATHRRSRSRT-PLISRRRSRSRTSPVSRRRSRSVNRRRS 860 870 880 890 900 910 mKIAA0 RSRASPVSRRRSRSRTPPVTRRRSRSRTPTRRRSRSRTPPVTRRRSRSRTPPVTRRRSRS 920 930 940 950 960 970 >>mKIAA1791 ( 1452 res) mpm08259 (1452 aa) initn: 270 init1: 115 opt: 267 Z-score: 142.2 bits: 36.9 E(): 0.0089 Smith-Waterman score: 295; 30.357% identity (34.114% ungapped) in 336 aa overlap (46-363:128-444) 20 30 40 50 60 70 mKIAA1 FCFQITGSGSAADLFSKSASPLAATRGRSQEYDSGNDTSS----PPSTQTSSARSRGQEK . :.:. .:: : .. .. :.... mKIAA1 RRPGGRRKRRRGPRAGQEAEKRRVFSLPQPQQDGGGGASSGGGVTPLVEYEDVSSQSEQG 100 110 120 130 140 150 80 90 100 110 120 130 mKIAA1 GSPGGDLSKSRDLNCGNTSDSGNSFTTSSPQNKGAVLETVSPACRSRESRGFQSPCLQCA :: . . :.:. .:.: ..:: .. : : : : : mKIAA1 LLLGGASAATAATAAGGTGGNGGSPASSSGTQRRAEGSERRPRRDRRSSSG--------- 160 170 180 190 200 140 150 160 170 180 190 mKIAA1 EVKKSSLVPSTARSSPIKECSRSSSYTSTRSSSPSSRSPNPRASPRYTRSRSTSSEKRSY .:. : .. .::.: .: .. : ..: . :: . : :.:. .:. mKIAA1 ---RSKERHREHRR---RDGTRSGSEAS-KARSRHGHSGEERAEAAKSGSSSSSGGRRK- 210 220 230 240 250 260 200 210 220 230 240 250 mKIAA1 SRSPSYSSKSGKRSPPSRSSRSRRSPSYSRYSPSRERDLKYGEKEPQPRERARRRRRSYS : : . ::.:.... .. ::: . : : .: : : . .:. :::.:: : mKIAA1 SASATSSSSSSRKDRDLKAHRSRTKSSKEPPSAYKEPPKAYREDKSEPKAY-RRRQRSLS 270 280 290 300 310 260 270 280 290 300 mKIAA1 PMRKRRRDSPSHLEARRITSARKRPIP-------YYRPSPSSSSSLSSASSW-YSSSSSS :. : .. :: .. . : :: : : : : : : : : : :: :: mKIAA1 PLGGRDESPVSHRASQSLRS-RKSPSPAGGGSSPYSRRLPRSPSPYSRRRSPSYSRHSSY 320 330 340 350 360 370 310 320 330 340 350 mKIAA1 SSSSSRSPS----RSYSRSRSPSRSHSSRS-QTRSRT-RTSRSSSSRSLSLGSRSRSRNR ... ::: :. ::::: :: ..:::. .:: : ::: ::::::. mKIAA1 ERGGDVSPSPYSSSSWRRSRSPYSPVLRRSAKSRSRSPYSSRHSRSRSRHRLSRSRSRHS 380 390 400 410 420 430 360 370 mKIAA1 SLSYSSAESYASTRR :.: :. mKIAA1 SISPSTLTLKSSLAAELNKNKKARAAEAARAAEAAKAAEAAKAAEAAAKAAKASNASTPT 440 450 460 470 480 490 372 residues in 1 query sequences 1768645 residues in 2168 library sequences Scomplib [34t11] start: Mon Mar 27 10:54:33 2006 done: Mon Mar 27 10:54:33 2006 Scan time: 0.630 Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]