FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA1890.ptfa, 875 aa vs ./tmplib.26680 library 1768142 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.7090+/-0.00451; mu= 17.7318+/- 0.303 mean_var=100.0372+/-22.616, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 0 in 0/36 Lambda= 0.1282 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA1894 ( 2796 res) mbf00006 (2796) 3082 582 3.3e-166 mKIAA1884 ( 1806 res) mib34059 (1806) 716 144 1.5e-34 mKIAA4158 ( 761 res) mfj68139 ( 761) 290 65 4.6e-11 mKIAA0927 ( 713 res) mbg08305 ( 713) 231 54 8.5e-08 >>mKIAA1894 ( 2796 res) mbf00006 (2796 aa) initn: 3849 init1: 2415 opt: 3082 Z-score: 3076.3 bits: 582.0 E(): 3.3e-166 Smith-Waterman score: 3818; 56.872% identity (58.506% ungapped) in 895 aa overlap (4-875:1904-2796) 10 20 30 mKIAA1 ATPGHCGSPDPIVNGHISGDGFSYRDTVVYQCN :::: :. ::::.. :....:::::::::: mKIAA1 CDLGFMLVGSAVRECLSSGLWSGSETRCLAGHCGIPELIVNGQVIGENYGYRDTVVYQCN 1880 1890 1900 1910 1920 1930 40 50 60 70 80 90 mKIAA1 PGFRLVGTSVRICLQDHKWSGQTPVCVPITCGHPGNPAHGLTNGTEFNLNDLVNFTCHTG :::::.:.::::: :::.:::: : :::..:::::.: .: :.:. ::.::.:.:.:. : mKIAA1 PGFRLIGSSVRICQQDHNWSGQLPSCVPVSCGHPGSPIYGRTSGNGFNFNDVVTFSCNIG 1940 1950 1960 1970 1980 1990 100 110 120 130 140 150 mKIAA1 YRLQGASRAQCRSNGQWSSPLPICRVVNCSDPGSVENAVRHGQQNFPESFEYGTSVMYHC : .:: ..:::..: ::: : :.:.:::::::: :. :... . .: ::: :.: : mKIAA1 YLMQGPTKAQCQANRQWSHPPPVCKVVNCSDPGIPANSKRESKIEHG-NFTYGTVVFYDC 2000 2010 2020 2030 2040 2050 160 170 180 190 200 210 mKIAA1 KTGFYLLGSSALTCMASGLWDRSLPKCLAISCGHPGVPANAVLTGELFTYGATVQYSCKG . :..:.:::.: :. .: ::. ::.:. :.:::::.: ::::.:: .:.:.::.::: : mKIAA1 NPGYFLFGSSVLICQPNGQWDKPLPECIMIDCGHPGIPPNAVLSGEKYTFGSTVHYSCTG 2060 2070 2080 2090 2100 2110 220 230 240 250 260 270 mKIAA1 GQILTGNSTRVCQEDSHWSGSLPHCSGNSPGFCGDPGTPAHGSRLGDEFKTKSLLRFSCE . : :...:.:: ..::::: :::::.. : :::::::.:::: ..:.::: .::.:. mKIAA1 KRSLLGQASRTCQLNGHWSGSQPHCSGDTTGTCGDPGTPGHGSRQESDFRTKSTVRFACD 2120 2130 2140 2150 2160 2170 280 290 300 310 320 330 mKIAA1 MGHQLRGSAERTCLVNGSWSGVQPVCEAVSCGNPGTPTNGMILSSDGILFSSSVIYACWE :. : :: ::::: ::::.: :: :.::.:::::: .:: .. :: :::::::.: : mKIAA1 TGYILYGSEERTCLSNGSWTGRQPECKAVQCGNPGTTANGKVFRIDGTTFSSSVIYSCLE 2180 2190 2200 2210 2220 2230 340 350 360 370 380 390 mKIAA1 GYKTSGLMTRHCTANGTWTGTAPDCTIISCGDPGTLPNGIQFGTDFTFNKTVSYQCNPGY :: :: .:.:::::::.:. :.:::::::::: ::...: ::. ...:::.:.::: mKIAA1 GYILSGPSVRQCTANGTWSGSLPNCTIISCGDPGIPANGLRYGDDFVVGQNVSYMCQPGY 2240 2250 2260 2270 2280 2290 400 410 420 430 440 450 mKIAA1 LMEPPTSPTIRCTKDGTWNQSRPLCKAVLCNQPPPVPNGKVEGSDFRWGASISYSCVDGY .: : . :: .:::. : :.:: :. :: . ::..::..: :: :::: : :: mKIAA1 TIELNGSRVRTCTTNGTWSGVMPTCRAVTCSTPPQISNGRLEGTNFDWGFSISYICSAGY 2300 2310 2320 2330 2340 2350 460 470 480 490 500 510 mKIAA1 QLSHSAILSCEGRGVWKGEVPQCLPVFCGDPGTPAEGRLSGKSFTFKSEVFIQCKPPFVL .:: :.:.: : :.:.:::::::: :::::: :..:. :::: ..::: ..:. ::.: mKIAA1 ELSFPAVLTCVGNGTWSGEVPQCLPKFCGDPGIPSQGKREGKSFIYQSEVSFSCNSPFIL 2360 2370 2380 2390 2400 2410 520 530 540 550 560 570 mKIAA1 VGSSRRTCQADGIWSGIQPTCIDPAHTACPDPGTPHFGIQNSSKGYEVGSTVFFRCRKGY :::: : ::.:: ::: .: ::.:..:.: .::.:. : ::.. :..:::.: :.:.::. mKIAA1 VGSSTRLCQTDGTWSGSSPHCIEPTRTSCENPGVPRHGSQNNTFGFQVGSVVQFHCKKGH 2420 2430 2440 2450 2460 2470 580 590 600 610 620 630 mKIAA1 HIQGSTTRTCLANLTWSGIQTECIPHACRQPETPAHADVRAIDLPAFGYTLVYTCHPGFF .::::::::: .::::::: :::::.:.:::.::::.: ..:::. ::::.:::.:::: mKIAA1 LLQGSTTRTCLPDLTWSGIQPECIPHSCKQPESPAHANVVGMDLPSHGYTLIYTCQPGFF 2480 2490 2500 2510 2520 2530 640 650 660 670 mKIAA1 LAGGSEHRTCKADMKWTGKSPVCK----------------------IPSDVFFINSVWKG ::::.:::.:..: :::: :::. .:.::: : .::: mKIAA1 LAGGTEHRVCRSDNTWTGKVPVCEAGSKILVKDPRPALGTPSPKLSVPDDVFAQNYIWKG 2540 2550 2560 2570 2580 2590 680 690 700 710 720 730 mKIAA1 YYEYLGKRQPATLTVDWFNATSSKVNATFTAASQVQLELTGVYKKEEAHLLLKAFHIKGP :.. :..:: :::: :::....::::.. :...: :.::::..::.:.:. . :: : mKIAA1 SYNFKGRKQPMTLTVTSFNASTGRVNATLSN-SDMELLLSGVYKSQEARLMLHIYLIKVP 2600 2610 2620 2630 2640 2650 740 750 760 770 780 790 mKIAA1 ADIFVSKFENDNWGLDGYVSSGLERGGFSFQGDIHGKDFGKFKLERQDPSNSD-ADSSNH : :.:....::..::.::. . . . ::: :.:::.:.: :.: ..:. ..:::. mKIAA1 AHASVKKMKEENWAMDGFVSAEPDGATYVFQGFIKGKDYGQFGLQRLGLNTSEGSNSSNQ 2660 2670 2680 2690 2700 2710 800 810 820 830 840 850 mKIAA1 YQGTSSGSVAAAILVPFFALILSGFAFYLYKHRTRPKVQYNGYAGHENSNGQASFENPMY .::.:.::: ::::::::::..::.:::::.:: ::.::.: . :::.::::.:::::: mKIAA1 PHGTNSSSVAIAILVPFFALIFAGFGFYLYKQRTAPKTQYTGCSVHENNNGQAAFENPMY 2720 2730 2740 2750 2760 2770 860 870 mKIAA1 DTNLKPTEAKAVRFDTTLNTVCTVV ::: : .:.:::::: .::::::.: mKIAA1 DTNAKSVEGKAVRFDPNLNTVCTMV 2780 2790 >>mKIAA1884 ( 1806 res) mib34059 (1806 aa) initn: 1007 init1: 712 opt: 716 Z-score: 712.8 bits: 144.1 E(): 1.5e-34 Smith-Waterman score: 857; 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