FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA1961.ptfa, 1187 aa vs ./tmplib.26680 library 1767830 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2395+/-0.00486; mu= 16.8724+/- 0.328 mean_var=105.0142+/-23.737, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 0 in 0/36 Lambda= 0.1252 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA1450 ( 825 res) mbg06270 ( 825) 1232 234 8.9e-62 >>mKIAA1450 ( 825 res) mbg06270 (825 aa) initn: 2234 init1: 835 opt: 1232 Z-score: 1201.4 bits: 233.8 E(): 8.9e-62 Smith-Waterman score: 2287; 47.368% identity (51.238% ungapped) in 874 aa overlap (330-1187:2-825) 300 310 320 330 340 350 mKIAA1 TRSCASSYQRRWRRSQTTSLENGVFPRWSVEESFNLSDESCGPNPGIVRKKKIAIGVIFS .:.:.:..:.:. ::..::.:::::..::: mKIAA1 TDETFSLAEETCSSNPAMVRRKKIAISIIFS 10 20 30 360 370 380 390 400 410 mKIAA1 LSKDEDENNKFNEFFFSHFPLFESHMNKLKSAIEQAMKMSRRSADASQRSLAY-NRILDA : . : . :..::::::::::::::.::.:::.:: :. ...: : : .:...: mKIAA1 LCEREAAQRDFQDFFFSHFPLFESHMNRLKGAIEKAMISCRKISESSLRVQFYVSRLMEA 40 50 60 70 80 90 420 430 440 450 460 470 mKIAA1 LTEFRTTICNLYTMPRIGEPVWLTMMSGTPEKNQLCHRFMKEFTFLMENASKNQFLPALI : ::: :: :::..:::.:::::::::.: ::::::.::.::: .:.:...::::. ::. mKIAA1 LGEFRGTIWNLYSVPRIAEPVWLTMMSNTLEKNQLCQRFLKEFILLIEQVNKNQFFAALL 100 110 120 130 140 150 480 490 500 510 520 530 mKIAA1 TAVLTNHLAWVPTVMPNGQPPIKIFLEKHSSQSVGMLAKTHPYNPLWAQLGDLYGAIGSP ::::: :::::::::: .:::: : ::..::::.::::::::::::::::::::::::: mKIAA1 TAVLTYHLAWVPTVMPVDHPPIKAFSEKRTSQSVNMLAKTHPYNPLWAQLGDLYGAIGSP 160 170 180 190 200 210 540 550 560 570 580 590 mKIAA1 VRLARTVVVGKRQDLVQRLLYFLTYFIRCSELQETHLLENG---EDEAIVMPGTVITTTL :::.::::.::..:::::.:: ::::.:::::::..: .: ::. .. :. : :.: mKIAA1 VRLTRTVVIGKQKDLVQRILYVLTYFLRCSELQENQLSWSGNPSEDDQVIN-GSKIITAL 220 230 240 250 260 270 600 610 620 630 640 650 mKIAA1 EKGEIEESEYVLITMHRNKS---SLLFKESEETRTPNCNCKYCSHPVLGQNTENVS-QPE ::::.::::::..:. . . .: . . : :.:. . .. : :: ... .:: mKIAA1 EKGEVEESEYVVVTVSSEPALVPPILPQGTAERRSPEPTV--VAEISEGVNTSELGHKPE 280 290 300 310 320 660 670 680 690 700 710 mKIAA1 REDTQDNSKELLGISDECQKISPPDCQEENAVDVQQYRDKLRTCLDTKLETVVCTGSAPA .. . .. . : :. : . ... .. .. .. : :..: : mKIAA1 KNRCKRPEQNSEASSMGFQEAEPDSSWIPQGIFCEDKQNDQEATQD-------CSSSPP- 330 340 350 360 370 380 720 730 740 750 760 770 mKIAA1 DKCVLSETCLEPREESWQNKELLDSDNHTGTAMRPTGIVVEKKP-PDKNVPSAFSCEVTQ .: :: . .... : : : : ... . : ::.. : mKIAA1 -------SCEVPRVRRRMDQQTLHSKLH-GETLKKRAEQSAAWPCPDRHSQEDPPVE--- 390 400 410 420 780 790 800 810 820 mKIAA1 TKVTFLIGDSMSPDSDTELRSQAVVDQINRHHSEPLKEDRGVADKH-QESKITKDQSEDS :::: ::.:.::.:: : :.. . :.: : : . .. . ..: :. mKIAA1 -KVTFHIGSSISPESDFESRTKRM-------------EERLKACGHFHGASASASSSMDT 430 440 450 460 470 830 840 850 860 870 880 mKIAA1 DTQNIVSGESCELPCWSHSD--PESMSLFDEYFNDD-SIETRTIDDVPVKTSTDSK--EY . .: .: . ..: :.. : : ..: .... : ...:. . mKIAA1 GLTQEQQGSGCSFKADFEKDITPQDHSSGGEGVSEDRGLRANMTHAVGQLSQVDGPLAHS 480 490 500 510 520 530 890 900 910 920 930 940 mKIAA1 CCMLEYPKRLYTKTNKQKSELCKCIETVHQDSCNACFPQQDQRNSLSILVPHGDKESSDK : : .:: .: . . : . . : : .:. .. ::.:: .: : mKIAA1 LCAAESGRRLLEQTRDVQLKGYKGPSS--EPVPNRC--RQQGGLLIAADVPYGD--ASGK 540 550 560 570 580 950 960 970 980 990 1000 mKIAA1 KNAVGTEWDIPRNESSDSALGDSESEDTGPDIRRQAGGYCGGDQEDWTEEDEIPFPGSKL : .: ::::::: :::::::..: . . : : :. . . : :.:.: :. mKIAA1 GN-YRSEGDIPRNESLDSALGDSDDEACVLALL-ELGHSC--DRTEESLEVELPLPRSQ- 590 600 610 620 630 640 1010 1020 1030 1040 1050 1060 mKIAA1 IEVSAVQPNIANFGRSLLGGYCSSYVPDFVLQGIGNDERLRQCLVSDLSHAVQHPVLDEP :. . :. :::::::.:::..:.::.::.: ..::.:.:::..:: :.:.::::::: mKIAA1 ---STSKANVRNFGRSLLAGYCATYMPDLVLHGTSSDEKLKQCLAADLVHTVHHPVLDEP 650 660 670 680 690 700 1070 1080 1090 1100 1110 1120 mKIAA1 IAEAVCIIADMDKWTVQVASSQRRVTDN-KLGKEVLVSSLVSNLLHSTLQLYKHNLSPNF :::::::::: ::::::::.:::.:::. :::..::::: ::.::.: ::::: .: .: mKIAA1 IAEAVCIIADTDKWTVQVATSQRKVTDTMKLGQDVLVSSQVSSLLQSILQLYKLHLPADF 710 720 730 740 750 760 1130 1140 1150 1160 1170 1180 mKIAA1 CVMHLEDRLQELYFKSKMLSEYLRGQMRVHVKELGVVLGIESSDLPLLAAVASTHSPYVA :.:::::::::.:.:::::::::::. :::::::.:::::::.:::::.:.::::::::: mKIAA1 CIMHLEDRLQEMYLKSKMLSEYLRGHTRVHVKELSVVLGIESNDLPLLTAIASTHSPYVA 770 780 790 800 810 820 mKIAA1 QILL :::: mKIAA1 QILL 1187 residues in 1 query sequences 1767830 residues in 2168 library sequences Scomplib [34t11] start: Mon Mar 27 10:56:35 2006 done: Mon Mar 27 10:56:37 2006 Scan time: 1.120 Display time: 0.090 Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]