FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA0248.ptfa, 1803 aa vs ./tmplib.26680 library 1767214 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.7519+/-0.00789; mu= -10.3600+/- 0.521 mean_var=345.6856+/-83.378, 0's: 0 Z-trim: 8 B-trim: 0 in 0/36 Lambda= 0.0690 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA4241 ( 453 res) mfj17221 ( 453) 493 64 9.5e-11 mKIAA4240 ( 416 res) mia02001 ( 416) 481 63 2e-10 mFLJ00017 ( 408 res) msh09230 ( 408) 471 62 4e-10 mKIAA0763 ( 530 res) mbp04234 ( 530) 447 60 2.5e-09 mKIAA1110 ( 911 res) mbg05269 ( 911) 434 58 9.3e-09 mKIAA2011 ( 771 res) mfj31262 ( 771) 281 43 0.00031 >>mKIAA4241 ( 453 res) mfj17221 (453 aa) initn: 310 init1: 310 opt: 493 Z-score: 285.4 bits: 64.0 E(): 9.5e-11 Smith-Waterman score: 493; 42.268% identity (44.324% ungapped) in 194 aa overlap (645-835:119-306) 620 630 640 650 660 670 mKIAA0 DSGADKKFTRKPPRFSCLLPDPRELIEIKNKKKLLITGTEQFNQKPKKGIQFLQEKGLL- ..: . : ..::. :::::::: :. :: mKIAA4 DDIERLKYEIAEVMTEIDNLTSVEESKTTQRNKQIAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLQ 90 100 110 120 130 140 680 690 700 710 720 730 mKIAA0 TIPMDNTEVAQWLRENPRLDKKMIGEFVSDRK--NMDLLESFVSTFSFQGLRLDEALRLY . : : :::.: .. :.: .::.....: :. .:..:: : : : .::: . mKIAA4 SSPED---VAQFLYKGEGLNKTVIGDYLGERDDFNIKVLQAFVELHEFADLNLVQALRQF 150 160 170 180 190 200 740 750 760 770 780 790 mKIAA0 LEAFRLPGEAPVIHRLLEVFTEHWRSCNGSPFANSDACFALAYAVIMLNTDQHNHNVRKQ : .::::::: : :..:.:. .. :: . : ..:.:..:..:.:::::. :::::: . mKIAA4 LWSFRLPGEAQKIDRMMEAFASRYCLCNPGVFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNHNVRDK 210 220 230 240 250 260 800 810 820 830 840 850 mKIAA0 NAPMTLEEFRKNLKGVNGGKDFEQDILEDMYHAIKNEEIVMPEEQTGLVRENYVWSVLLH : : :.: .:.: : :. ...:...:..:::: . .::.. mKIAA4 --P-TAERFITMNRGINEGGDLPEELLRNLYESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREG 270 280 290 300 310 320 860 870 880 890 900 910 mKIAA0 RGASPEGVFLRVPPGSYDLDLFTMTWGPTIAALSYVFDKSLEETIIQKAISGFRKCAMIS mKIAA4 WLLKLGGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEPRGIIPLENLSIREVEDPRKPNCFE 330 340 350 360 370 380 >>mKIAA4240 ( 416 res) mia02001 (416 aa) initn: 304 init1: 304 opt: 481 Z-score: 279.4 bits: 62.8 E(): 2e-10 Smith-Waterman score: 481; 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