FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA1316.ptfa, 1441 aa vs ./tmplib.26680 library 1767576 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.7709+/-0.00372; mu= 18.5475+/- 0.248 mean_var=79.7045+/-18.663, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/36 Lambda= 0.1437 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA1414 ( 1305 res) mbp08200 (1305) 2142 455 5.5e-128 >>mKIAA1414 ( 1305 res) mbp08200 (1305 aa) initn: 3080 init1: 1000 opt: 2142 Z-score: 2390.2 bits: 454.7 E(): 5.5e-128 Smith-Waterman score: 3095; 55.711% identity (59.453% ungapped) in 858 aa overlap (1-828:472-1305) 10 20 30 mKIAA1 EKSRGDSFTWQVTLEGRAGALCAVKSFISH ::.::::::::::::::::::::..::..: mKIAA1 LGPSVVRYHLPKMLLLWRNVFPRSLKELEAEKARGDSFTWQVTLEGRAGALCAMRSFVAH 450 460 470 480 490 500 40 50 60 70 80 90 mKIAA1 CGDLLTEEVIQRLLPPLPCAVDLLTQLSSILKTYGSSLKTPSIVYRQRLYELLILLPPET : .::::..:..:. :. ::. ..... :..:..:. ::. . . : :::..: ::::.: mKIAA1 CPELLTEDAIRKLMTPIECAMTMMSHIPSVIKAHGAHLKASAAMVRLRLYDILALLPPKT 510 520 530 540 550 560 100 110 120 130 140 150 mKIAA1 YKGNLCVILKELAAELTAPDTQAAASTCLLPALCHPDDLLILSPLLQETDHRFIEEQLLL :.:.. ..:.::.::.: :..: ..: :: .::: :: ..:. ::::::. ::.:: mKIAA1 YEGSFNALLRELVAEFTLTDNSANTTTSLLRSLCHYDDSVLLGSWLQETDHKSIEDQLQP 570 580 590 600 610 620 160 170 180 190 200 210 mKIAA1 GNGVACGSLEYDPYSIYEKDVEGDSVPKPLPPALSVISSASKLFGVVCATVDEAQRVLIL ... . :.::.:: ::: . :..:: ::: ..:::... ::::: :. .:. .: mKIAA1 NSASGSGALEHDPSSIYLRIPAGEAVPGPLPLGVSVIDASVALFGVVFPHVSYKHRLQML 630 640 650 660 670 680 220 230 240 250 260 mKIAA1 EQLLNSIKHTKGARQQTVQLHVVSAISNLLKYVAGSKQSLGPE-VRRLVLTLVLGALESP ... . .:..::.:::.:::.. .:. . :: .: .:..:::: ::. .::::.:::..: mKIAA1 DHFAECVKQAKGVRQQAVQLNIFTAVLSALKGLAENKSTLGPEEVRKSALTLVMGALDNP 690 700 710 720 730 740 270 280 290 300 310 320 mKIAA1 TPLLRCAASEAWARLAQVADDGAFTAGLAQLSFDKLKSARDVVTRTGHSLALGSLHRYLG .:.:: .. ::::::::.::::::::: ::::.: mKIAA1 NPILRVRQGKP------------------------LKSARDVVSRTGHSLALGCLHRYVG 750 760 770 330 340 350 360 370 380 mKIAA1 GIGP-QHLSSCIGVLYTLSQDSTSPDVQTWALHSLSLTIDSAGALYHVHVESTLSLIVML ::: :::.. ...: .:.::.:::.::::.::::.: .::.: .:. .:: ::::.. : mKIAA1 GIGSGQHLKTSVSILLALAQDGTSPEVQTWSLHSLALIVDSSGPMYRGYVEPTLSLVLTL 780 790 800 810 820 830 390 400 410 420 430 440 mKIAA1 LLNVPPTHAQVHQSLGRCLNALITTLGPELQGSNTSVSALRTSCLLGCAVMQDHPGCLVQ ::.:::.:..::: :::::.:.:::.::::::. ...:..:.:::.:::. ::: ::: mKIAA1 LLTVPPSHTEVHQCLGRCLGAIITTVGPELQGNAATISTIRSSCLVGCAITQDHSDSLVQ 840 850 860 870 880 890 450 460 470 480 490 500 mKIAA1 AQAISCLQQLHMFAPRHVNLSSLVSCLCVNLCSPYLLLRRAVLACLRQLVQREAAEVSEH : :::::::::::::::::::::: :::.::: .::::::..::::::.::::::: :. mKIAA1 AAAISCLQQLHMFAPRHVNLSSLVPSLCVHLCSSHLLLRRAAVACLRQLAQREAAEVCEY 900 910 920 930 940 950 510 520 530 540 mKIAA1 AIMLARDGRD----------------AAADA-------NLREVGLEGALLALLDRETDES :. ::... : . .:. :. ..:::: :...::::::.. mKIAA1 AMSLAKNAGDKEISGGNVNPFTPGVSSRSDVHCRHQGVNITDTGLEGLLFGMLDRETDRK 960 970 980 990 1000 1010 550 560 570 580 590 600 mKIAA1 LCQDIRETLHHMLTSMAVGKLTLWLKLCKDVLAASADFTAVTCVDTMQEEEGDR----GD ::.::..:: :::.:.:: ::. :: :::::::::.:..:.: ... ..::... : mKIAA1 LCSDIHDTLGHMLSSLAVEKLSHWLMLCKDVLAASSDMSAATLLSSGKDEESEKKDEMDD 1020 1030 1040 1050 1060 1070 610 620 630 640 650 660 mKIAA1 DASVLTRGD-DKPHPFSNPRWATRVFAADCVCRIINQCENANRAHFDIALAQEMKKRDSR :: : :. :: .:: ::::::::::::.::::: :::...::::.:::. : :. . mKIAA1 DAMFTTLGEEDKSKPFVAPRWATRVFAADCLCRIINLCENSDQAHFDLALARSAKLRNPK 1080 1090 1100 1110 1120 1130 670 680 690 700 710 720 mKIAA1 NDFLVLHLADLIRMAFMAATDHSDQLRLSGLDTLLVVIRRFADIAEPEFPGHVILEQYQA ::.:::::. :::::::::::::.:::..::..: .:..::.. ::::::::::::::: mKIAA1 NDLLVLHLSGLIRMAFMAATDHSNQLRMAGLQALEDIIKKFASVPEPEFPGHVILEQYQA 1140 1150 1160 1170 1180 1190 730 740 750 760 770 780 mKIAA1 NVGAALRPAFTSETPPDITAKACQVCSAWIASGVVSDLSDLRRVHQLLVSSLTKIQAGKE ::::::::::...:: :: ::::::::.::.:::::::.::::::.:::::: .:::: mKIAA1 NVGAALRPAFSQDTPSDIIAKACQVCSTWIGSGVVSDLNDLRRVHNLLVSSLDTVQAGKG 1200 1210 1220 1230 1240 1250 790 800 810 820 830 840 mKIAA1 ALSQLYNESASTMEILAVLRAWAEVYIIAVQRHKNHKQALKTTVNSEDSMRNGSSSAAGL . :::: :::.::: ::::.::::::..:.. .:. .. : ..:. : mKIAA1 SSSQLYRESATTMEKLAVLKAWAEVYVVAMNIKKEAESKPKRAMNNPD 1260 1270 1280 1290 1300 850 860 870 880 890 900 mKIAA1 LDLVCTDLATLSKLWLAALQDFALLTLPAEFASQLPTEGGAFYTAETSKSAKLHYHDSWA 1441 residues in 1 query sequences 1767576 residues in 2168 library sequences Scomplib [34t11] start: Mon Mar 27 10:40:44 2006 done: Mon Mar 27 10:40:46 2006 Scan time: 1.240 Display time: 0.110 Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]