FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
../query/mKIAA4136.ptfa, 1138 aa
vs ./tmplib.26680 library
1767879 residues in 2168 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0086+/-0.00452; mu= 17.1194+/- 0.302
mean_var=101.3242+/-23.567, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/36
Lambda= 0.1274
FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(2168)
mKIAA0739 ( 1094 res) mfj05109 (1094) 4325 807 0
>>mKIAA0739 ( 1094 res) mfj05109 (1094 aa)
initn: 5575 init1: 4325 opt: 4325 Z-score: 4294.8 bits: 806.5 E(): 0
Smith-Waterman score: 5560; 74.728% identity (78.051% ungapped) in 1104 aa overlap (37-1127:21-1090)
10 20 30 40 50 60
mKIAA4 TAEQGAFFPEVLQNMEIKDQGAQMEPLLPTRNDEEAVVDRGGTRSILKTHFEKEDLEGHR
: :::::::.::: .::. :.:::.:::::
mKIAA0 RLRPAMPAGSNEPDGVLSYQRPDEEAVVDQGGTSTILNIHYEKEELEGHR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
mKIAA4 TLFIGVHVPLGGRKSHRRHRHRGHKHRKRD-RERD-SGLEDGRESPSFDTPSQRVQFILG
::..::..::: :.:::.:: .:.:::.: : . : :.: :. . ::::::::::::
mKIAA0 TLYVGVRMPLG-RQSHRHHRTHGQKHRRRGGRGKGASQGEEGLEALAHDTPSQRVQFILG
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
mKIAA4 TEDDDEEHLPHDLFTELDEICWREGEDAEWRETARWLKFEEDVEDGGERWSKPYVATLSL
::.: :::.::.::::::::: .:::::::.:::::::::::::::::::::::::::::
mKIAA0 TEED-EEHVPHELFTELDEICMKEGEDAEWKETARWLKFEEDVEDGGERWSKPYVATLSL
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
mKIAA4 HSLFELRSCILNGTVLLDMHANTIEEIADMVLDQQVSSGQLNEDVRHRVHEALMKQHHHQ
:::::::::..::.:::::.:..::::.:..:::: .:...:: .:.:::.:.::::
mKIAA0 HSLFELRSCLINGSVLLDMRASSIEEISDLILDQQELLRDLSDSVRVKVREALLKKHHHQ
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
mKIAA4 NQKKLANRIPIVRSFADIGKKQSEPNSMDKNAGQVVSPQSAPACAENKNDVSRENSTVDF
:... : ::::::::..:::::.:.:::.. ::.:::::: : :: :. :.: ::.
mKIAA0 NERRRNNLIPIVRSFAEVGKKQSDPHSMDRD-GQTVSPQSATNL-EVKNGVNCEHSPVDL
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
mKIAA4 SKGLGGQQKGHTSPCGMKQRLDKGPPHQQEREVDLHFMKKIPPGAEASNILVGELEFLDR
:: :::::::::: ::::::.::::.. :::
mKIAA0 SK------------------------------VDLHFMKKIPTGAEASNVLVGEVDTLDR
290 300 310
370 380 390 400 410 420
mKIAA4 TVVAFVRLSPAVLLQGLAEVPIPSRFLFILLGPLGKGQQYHEIGRSIATLMTDEVFHDVA
.::::::::::::.::.:::::.:::::::::.::::::::::::.::.::::.:::::
mKIAA0 PIVAFVRLSPAVLLSGLTEVPIPTRFLFILLGPVGKGQQYHEIGRSMATIMTDEIFHDVA
320 330 340 350 360 370
430 440 450 460 470 480
mKIAA4 YKAKDRNDLVSGIDEFLDQVTVLPPGEWDPSIRIEPPKNVPSQEKRKIPAVPNGTAAHGE
::::.:.::..::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.::::.. : :
mKIAA0 YKAKERDDLLAGIDEFLDQVTVLPPGEWDPSIRIEPPKNVPSQEKRKMPGVPNGNVCHIE
380 390 400 410 420 430
490 500 510 520 530 540
mKIAA4 AEPHGGHSGPELQRTGRIFGGLILDIKRKAPFFWSDFRDAFSLQCLASFLFLYCACMSPV
:::::::::::.::::.::::.::.:::::..:::.:::.:::::::::::::::::::
mKIAA0 PEPHGGHSGPELERTGRLFGGLVLDVKRKAPWYWSDYRDALSLQCLASFLFLYCACMSPV
440 450 460 470 480 490
550 560 570 580 590 600
mKIAA4 ITFGGLLGEATEGRISAIESLFGASMTGIAYSLFGGQPLTILGSTGPVLVFEKILFKFCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::
mKIAA0 ITFGGLLGEATEGRISAIESLFGASMTGIAYSLFAGQPLTILGSTGPVLVFEKILFKFCK
500 510 520 530 540 550
610 620 630 640 650 660
mKIAA4 EYGLSYLSLRASIGLWTATLCIILVATDASSLVCYITRFTEEAFASLICIIFIYEALEKL
.:.:::::::: :::::: :::.:::::::::::::::::::::::::::::::::.:::
mKIAA0 DYALSYLSLRALIGLWTAFLCIVLVATDASSLVCYITRFTEEAFASLICIIFIYEAIEKL
560 570 580 590 600 610
670 680 690 700 710 720
mKIAA4 FELSETYPINMHNDLELLTQYSCNCMEPHSPSNDTLKEWRESNLSASDIIWGNLTVSECR
..:.:::::.::..:. :. : : :. :..:.: ::. :.. :. :... :.:::::::.
mKIAA0 IHLAETYPIHMHSQLDHLSLYYCRCVLPENPNNHTLQYWKDHNILAAEVNWANLTVSECQ
620 630 640 650 660 670
730 740 750 760 770 780
mKIAA4 SLHGEYVGRACGHGHPYVPDVLFWSVILFFSTVTMSATLKQFKTSRYFPTKVRSIVSDFA
.:::..: :::: ::.::::::: ::::.: .:.::: :::::::::.:::.:::::
mKIAA0 EMHGEFMGSACGHHGPYTPDVLFWSCILFFATFIVSSTLKTFKTSRYFPTRVRSMVSDFA
680 690 700 710 720 730
790 800 810 820 830 840
mKIAA4 VFLTILCMVLIDYAIGIPSPKLQVPSVFKPTRDDRGWFVTPLGPNPWWTIIAAIIPALLC
:::::. ::..:. ::.::::::::.::::::::::::..:.:::::::.::::::::::
mKIAA0 VFLTIFTMVVLDFLIGVPSPKLQVPNVFKPTRDDRGWFINPIGPNPWWTVIAAIIPALLC
740 750 760 770 780 790
850 860 870 880 890 900
mKIAA4 TILIFMDQQITAVIINRKEHKLKKGCGYHLDLLMVAVMLGVCSIMGLPWFVAATVLSITH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
mKIAA0 TILIFMDQQITAVIINRKEHKLKKGCGYHLDLLMVAVMLGVCSIMGLPWFVAATVLSITH
800 810 820 830 840 850
910 920 930 940 950 960
mKIAA4 VNSLKLESECSAPGEQPKFLGIREQRVTGLMIFILMGSSVFMTSILKFIPMPVLYGVFLY
:::::::::::::::::::::::::::::::::.::: :::::..:::::::::::::::
mKIAA0 VNSLKLESECSAPGEQPKFLGIREQRVTGLMIFVLMGCSVFMTAVLKFIPMPVLYGVFLY
860 870 880 890 900 910
970 980 990 1000 1010 1020
mKIAA4 MGASSLKGIQLFDRIKLFWMPAKHQPDFIYLRHVPLRKVHLFTVIQMSCLGLLWIIKVSR
::.:::.:::.:::.::: ::::::::::::::::::::::::..:..:: :::.::.:
mKIAA0 MGVSSLQGIQFFDRLKLFGMPAKHQPDFIYLRHVPLRKVHLFTLVQLTCLVLLWVIKASP
920 930 940 950 960 970
1030 1040 1050 1060 1070 1080
mKIAA4 AAIVFPMMVLALVFVRKLMDFLFTKRELSWLDDLMPESKKKKLEDAEKEEEQSMLAMEDE
:::::::::::::::::.::. :.:::::::::::::::::::.::.:.::. : :
mKIAA0 AAIVFPMMVLALVFVRKVMDLCFSKRELSWLDDLMPESKKKKLDDAKKKEEEEAEKMLDI
980 990 1000 1010 1020 1030
1090 1100 1110 1120 1130
mKIAA4 GTVQLPLEGH-----------YRDDPSVINISDEMSKTAMWGNLLVTADNSKEKESRFPS
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mKIAA0 GGDKFPLESRKLLSSPGKSSSFRCDPSEINISDEMPKTTVWKALSINSGNTKEKSPFN
1040 1050 1060 1070 1080 1090
mKIAA4 KSSPS
1138 residues in 1 query sequences
1767879 residues in 2168 library sequences
Scomplib [34t11]
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Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]