# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbg09309.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0133.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0133, 1403 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7921225 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0039+/-0.000183; mu= 15.2359+/- 0.010 mean_var=67.4666+/-13.337, 0's: 38 Z-trim: 40 B-trim: 584 in 1/64 Lambda= 0.156146 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|223462363|gb|AAI51126.1| CDNA sequence AK122209 (1524) 9131 2067.1 0 gi|148679817|gb|EDL11764.1| cDNA sequence AK122209 (1403) 9114 2063.3 0 gi|71274162|ref|NP_001025047.1| URB2 ribosome biog (1524) 9094 2058.8 0 gi|148679818|gb|EDL11765.1| cDNA sequence AK122209 (1219) 7075 1603.9 0 gi|158255462|dbj|BAF83702.1| unnamed protein produ (1524) 6479 1469.7 0 gi|109020123|ref|XP_001083545.1| PREDICTED: hypoth (1317) 5911 1341.7 0 gi|151556334|gb|AAI48097.1| LOC514623 protein [Bos 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sequence AK122209, is (1403 aa) initn: 9114 init1: 9114 opt: 9114 Z-score: 11083.3 bits: 2063.3 E(): 0 Smith-Waterman score: 9114; 99.715% identity (100.000% similar) in 1403 aa overlap (1-1403:1-1403) 10 20 30 40 50 60 mKIAA0 VLSCCQGILSAPALAVIYTAKPELIVALLSQLCWSACRQPEGATTAKLFEVIHLALDHYL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|148 VLSCCQGILSAPALAVIYTAKPELIVALLSQLCWSACRQPEGATTAKLFEVIHLALDHYL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 mKIAA0 RLQQQQANPKRVFGDMTGHLFQPCLVLRHLLLGGTWTQASQGQLWQVLSRDIRSKIDAVL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|148 RLQQQQANPKRVFGDMTGHLFQPCLVLRHLLLGGTWTQASQGQLWQVLSRDIRSKIDAVL 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 mKIAA0 RAGVFRHDLLSSYKEELLEQHQESVRMGVLKSLLTPMEAVIARLVEPGYVRSDLHALAVA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:: gi|148 RAGVFRHDLLSSYKEELLEQHQESVRMGVLKSLLTPMEAVIARLVEPGYVRSDLHALVVA 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 mKIAA0 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.:.::::..:.:::..:.:. .:: :::::::.:.: . ..:.. gi|151 LLGGTWTQAGQGQLRPALGRDIRNQIEAVLQGGAFQPELLPSYKEELLDQQQGDSKIGAM 220 230 240 250 260 270 160 170 180 190 200 210 mKIAA0 KSLLTPMEAVIARLVEPGYVRSDLHALAVASSVPLLFRLFLEAYLQEESQFLCFQVLPRL :.::.:. ..:::::. :: .:.: .::.:: ::..::.:.::.: .:.:::.:::.: gi|151 KNLLAPLGTMIARLVDAGYCDPSLQASVVANSVALLYKLFVESYLKEGNQLLCFKVLPQL 280 290 300 310 320 330 220 230 240 250 260 270 mKIAA0 FGCLQISHLQEGQIEALSLSDWTTELLAIEQLLNSVATSNIYNVATDRIRHAETQFHFYR ::::.::::.: : .:::.::::::::..::::::::...:::.:.:::::.:.:::::: gi|151 FGCLRISHLEE-QRQALSMSDWTTELLVVEQLLNSVASNTIYNIAADRIRHGEAQFHFYR 340 350 360 370 380 280 290 300 310 320 330 mKIAA0 RVAELLINHSQASVPAWFRCLKILISLNHLILEPDLDDLLSSAWIDAEVTEFRAKKAQEV ..::::..: :: :::::::::.:.:::::::::::::::.::::::::::.:..::::. gi|151 HLAELLLKHPQALVPAWFRCLKVLLSLNHLILEPDLDDLLASAWIDAEVTELRTQKAQEA 390 400 410 420 430 440 340 350 360 370 380 390 mKIAA0 LINTVFQTYAKLRQVPRLFEEVLGVICRPAAEALRQPLLASGLSVALSACLLELPLSQIL ::.:.::::::::::::::::::::.::::::::: :::..: ...:. :: ::::::.: gi|151 LIHTLFQTYAKLRQVPRLFEEVLGVLCRPAAEALRLPLLTAGPAAVLQECLPELPLSQVL 450 460 470 480 490 500 400 410 420 430 440 450 mKIAA0 DSWSLVLDKFQSLVMPCLQSDTDMALKAMSLSSLLHCIMFNMQSLDNNMPLPIIRRTQCI :.:.:: ..:::::. :..: :::::..:::::: :.: : .::: . :::..:: . gi|151 DTWALVQERFQSLVLSGLRGDEDMALKSLSLSSLLCCVMVNARSLDAGSPLPVVRRMRQA 510 520 530 540 550 560 460 470 480 490 500 510 mKIAA0 MERMLRELVGPLLGLLLDLWSPEPELWQQKVCDSALLLSYTWAQVDATISLHCSQYYSLG :. ::. :: ::: :: : :::::::: ::::::..::::::... : :: : : gi|151 MDGMLQGLVKPLLDLLRKPWPSTPELWQQKVGDSALLLAHTWAQVDTVLRLSCSPYRSEP 570 580 590 600 610 620 520 530 540 550 560 mKIAA0 ISLARAALDSSN-LPLLLPGVEMEFWKKVEECVGQSRSLSRYCLEQLYLQKVKRTLMRSN .:: :. . :. :::: :::: . :...:: . :: ::::::::::.::..: ::.... gi|151 GTLAGATPEPSGPLPLL-PGVEAKHWEEIEEFTVQSDSLSRYCLEQLHLQRMKNTLLQAS 630 640 650 660 670 680 570 580 590 600 610 620 mKIAA0 SQSKEALQTLRFDTAHILDSSRDCLSQKTAAAWDRQVSTMNESIYPVAHWHLIVSNLTVL ::.::: .:: :.:.:: :.: ... .:.:: ::.:.. ::.:::::..::. .: gi|151 FQSEEALCALRRDAAYILGSGRASVTRGMSASWDGQVGTVSVLTYPIAHWHLVMSNIMIL 690 700 710 720 730 740 630 640 650 660 670 680 mKIAA0 IPYLCLNDVRYVATVLLRTLPASKAQGGLAHGEPHVTLEKISTALLHSPLFPEMQSLYSA : :: .:..:.:..::::::.:::. ::.. :: .:: ::: :.::::::::::::.:: gi|151 ISYLGPDDLQYLASILLRTLPVSKAREGLVEEEPDITLGKISQAVLHSPLFPEMQSLHSA 750 760 770 780 790 800 690 700 710 720 730 740 mKIAA0 FLTCILAECSSTLCSGAHSDLSLVSQQLPWLFGKDDHTIVAHWETRLAKVGPEGVEPRGE :. . :.:.: ::..:. . .:. ::::::: ..:. ..::::.:.:::: :::::: : gi|151 FFLGLTARCGSILCASAQRETALLRQQLPWLF-EEDYMVMAHWESRFAKVGAEGVEPREE 810 820 830 840 850 860 750 760 770 780 790 800 mKIAA0 IAQNFLSMVKSGFPIKLDEEQLKGLLELLEVISALRLDSLSPSYHVHMFFLLFSMAVSTL ::::.::.:.. ::.:. :::...:.:: :.:::.:::: :::: :.::.:.::.: gi|151 IAQNILSLVRGDSPIQLEGEQLESILQLLGVLSALQLDSLLAPYHVHCFLLLLSVAVTTP 870 880 890 900 910 920 810 820 830 840 850 860 mKIAA0 GH-CSCPLALQFLVKCYRLLSSLQRGKNGRTVFRVMYVSDIFEVVLTSLLQASAEFQVRE : :: :.:. : ::.::. :::::....:.:::::::::::.::::..:: .: : gi|151 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LPALVGDPPSFQAAVQFLTLFFLVPELHPQKDSVCTSVFHSVRKVLADPAIPVQIVEEIE 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1110 1120 1130 1140 1150 1160 mKIAA0 LHLGALLTQMFEAGTTEHFGMVLQSILQGLDVTQAWRSDLQVVLCAIRLLKLLLKCPLNG :::::.:::.:::::: : : :: :::::::.. ::.:::.:: : :.::::.:: . gi|151 PHLGALFTQMLEAGTTEDFRMWLQCILQGLDVSNLWRADLQAVLSAATLVKLLLNCPCSE 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1170 1180 1190 1200 1210 1220 mKIAA0 EKASLLWRSCPQIITALMLQHREACREQPVALAVIEPVLEVLAVLLRKGEESISNPHHVS :::::.::.:::..:::::: ::::.::: :::.. :::.:::.:::.:: .:::::::: gi|151 EKASLFWRTCPQMVTALMLQTREACQEQPSALALVGPVLDVLAALLRQGEGAISNPHHVS 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1230 1240 1250 1260 1270 1280 mKIAA0 LAFNILLTVPLEHLQPREFGSVFLKMHSVLFSILQCHSKVMLKAVPSFLNSFNRLLVSVM :::.:::::::.::.: :.: .: . :.::::::::: :: ::..::::: :.::. :.. gi|151 LAFSILLTVPLDHLKPLEYGHIFSRAHNVLFSILQCHPKVTLKTIPSFLNCFHRLVRSII 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1290 1300 1310 1320 1330 1340 mKIAA0 HEGRQKDKGSVDDLTVVLESARLVERMYSHLATRAEEFTAFSPFLVAQYVTEVQKVTLYP ::::::::::..:: :::. ::::::::::.:.::::: .::::.:::::.:.::::::: gi|151 HEGRQKDKGSAEDLPVVLDCARLVERMYSHMAARAEEFRVFSPFMVAQYVVEAQKVTLYP 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1350 1360 1370 1380 1390 1400 mKIAA0 PVKNLLQEGIYLILDLCMERDIQFLRASLQAGARDVFKDLHSDYLKYHKAKHEGEKRYTA :: :::::::::::::.: :::::::::: :.:::::.:::::.:.::.:.:::::: gi|151 AVKVLLQEGIYLILDLCIEPDIQFLRASLQLGVRDVFKELHSDYVKHHKSKREGEKRYAV 1470 1480 1490 1500 1510 1520 >>gi|169159081|emb|CAQ15399.1| novel protein [Danio reri (1495 aa) initn: 2287 init1: 681 opt: 1257 Z-score: 1517.3 bits: 293.3 E(): 8.3e-76 Smith-Waterman score: 2710; 36.059% identity (67.226% similar) in 1431 aa overlap (1-1402:122-1494) 10 20 30 mKIAA0 VLSCCQGILSAPALAVIYTAKPELIVALLS .::::.:::..:.:.:::::: ::.: ::: gi|169 TISLRLTVAQIINDRILDYTSGLRSVSFHTILSCCHGILTSPVLSVIYTAKYELLVQLLS 100 110 120 130 140 150 40 50 60 70 80 mKIAA0 QLCWSAC---RQP--EGATTAKLFEVIHLALDHYLRLQQQQANPKRVFGDMTGHLFQPCL .:: . :: : . : :::. ..:..:: .:.:::: .::: ..:.::..: : gi|169 RLCGLTSMQLRQQKYEEPLSLKAFEVLLVVLSNYLTVQKQQANSNRVFFQVTAHLLHPLL 160 170 180 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