FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA0960.ptfa, 1668 aa vs ./tmplib.26680 library 1767349 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2965+/-0.00486; mu= 17.1943+/- 0.325 mean_var=113.6185+/-26.687, 0's: 0 Z-trim: 15 B-trim: 0 in 0/36 Lambda= 0.1203 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA1679 ( 1608 res) meh02165 (1608) 4128 729 2.1e-210 mKIAA0605 ( 402 res) mpf03178 ( 402) 271 59 3e-09 mKIAA0762 ( 729 res) mbg11441 ( 729) 262 57 1.3e-08 mKIAA1312 ( 276 res) mpm12339 ( 276) 246 54 4.8e-08 mKIAA1346 ( 998 res) mfj09039 ( 998) 223 51 1.7e-06 mKIAA4089 ( 1251 res) mbg12616 (1251) 193 46 7.5e-05 mKIAA1445 ( 632 res) mph02187 ( 632) 179 43 0.00026 mKIAA2029 ( 1233 res) meh00056 (1233) 181 44 0.00031 mKIAA0550 ( 612 res) mbg18962 ( 612) 176 42 0.00037 mFLJ00108 ( 289 res) msk03256 ( 289) 172 41 0.00037 mKIAA4060 ( 1035 res) mbg16808 (1035) 165 41 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:..:: : : : :::: : mKIAA0 S--------DGEQ-----------FPG-CRMRPWTAWSECTKLC--G-----GGIQERYM 670 680 690 700 1460 1470 1480 1490 1500 1510 mKIAA0 AVIIQELENQHLCPEQMLETKSCDDGQCYEYKWVASAWKGSSRTVWCQRSDGINVTGGCL .: . .: .. : ..:. : mKIAA0 TVKKRFKSSQFTSCKDKKEIRACNVHPC 710 720 >>mKIAA1312 ( 276 res) mpm12339 (276 aa) initn: 147 init1: 93 opt: 246 Z-score: 236.7 bits: 54.2 E(): 4.8e-08 Smith-Waterman score: 306; 25.994% identity (34.413% ungapped) in 327 aa overlap (1051-1360:9-272) 1030 1040 1050 1060 1070 mKIAA0 NGRLVETSRCNSHGYIEEACIIPCPSDCKLSEW--SNWSRCSKSCGSGVKVRSKWLREKP ..: ..:. :: .::.:...: :.. mKIAA1 RNAQSIPRTQWRFGSWTPCSATCGKGTRMRYVSCRDED 10 20 30 1080 1090 1100 1110 1120 1130 mKIAA0 --YNGGRPCPKLDHVNQAQVYEVVPCHSDCNQYIWVTEPWSVCKVTFVDMRDNCGEGVQT : : . . :.:: . : . :: :.:: ::.: : mKIAA1 GSVADESACATLPKPVAKEECSVTPCGQ------WKALDWSSCSVT-------CGQGKAT 40 50 60 70 80 1140 1150 1160 1170 1180 1190 mKIAA0 RKVRCMQNTADGPSEHVEDYL-CDPEDMPLGSRECKL-PCPEDCVISEWGPWT-CALPCN :.: :.. :.:: : :::. .: ...:.. :::. :: : : . mKIAA1 RQVVCVNY-----SDHVIDRSECDPDYIPETDQDCSMSPCPQ---------WTGLAHPFQ 90 100 110 120 130 1200 1210 1220 1230 1240 1250 mKIAA0 PSGSRQRSADPIRQPADEGRACPDAVEKEPCSLNKNCYHYDYNVTDWSTCQLSEKAVCGN : :: .: : . : :. . . :..:. ..:.. mKIAA1 NEDFRPRSDSPSRTHVLGG--------------NQ------WRTGPWGACS----STCAG 140 150 160 1260 1270 1280 1290 1300 1310 mKIAA0 GIKTRMLDCVRSDGKSVDLKYCEELGLEKNWP-MNTSC-TVECPVNCQLSDWSSWSQCSQ : . :.. : .: ... : .:. : . .: . :: : . ..::..:.. mKIAA1 GSQRRVVVCQDENGYTAN--DC----VERIKPDEQRACESGPCP---QWA-YGSWGECTK 170 180 190 200 210 1320 1330 1340 1350 1360 mKIAA0 TCGLTGKMIRKRTVTQPFQGDGRPCPSLMEQSKP-----CPVKPCYR---WQYGQWSPCQ :: : : . .: : .:: : : .:: : .. : . :. : :: mKIAA1 LCG--GGMRTRLVVCQRANGDRFPDLSCEVLDKPTDREQCNTHACPQDAAWSTGPWSSVR 220 230 240 250 260 270 1370 1380 1390 1400 1410 1420 mKIAA0 VQEAQCGEGTRTRNISCVVSDGSAEDFSKVVDEEFCANTELIIDGNKQIVLEETCTQPCP mKIAA1 T >>mKIAA1346 ( 998 res) mfj09039 (998 aa) initn: 294 init1: 112 opt: 223 Z-score: 208.8 bits: 50.9 E(): 1.7e-06 Smith-Waterman 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.::. :.. mKIAA1 SRNNGSFLAIRAADGTYILNGNFTLSTLEQDLTYKGTVLRYSGSSAALERIRSFSPLKEP 800 810 820 830 840 850 1290 1300 1310 1320 mKIAA0 CTVEC--------P--------------VNC--QLSDW--SSWSQCSQTCGLTGKMIRKR :.. : : .:.: :..::.::: .: .: mKIAA1 LTIQVLMVGHALRPKIKFTYFMKKKTESFNAIPTFSEWVIEEWGECSKTCG-SGW---QR 860 870 880 890 900 1330 1340 1350 1360 1370 mKIAA0 TVTQPFQGDGRP---CPSLME--QSKPCPVKPCYRWQYGQWSPCQVQEAQCGEGTRTRNI :.: . .:.: : . .. ...:: :: .:: :.::::. ::.: . :.. mKIAA1 RVVQCRDINGHPASECAKEVKPASTRPCADLPCPHWQVGDWSPCS---KTCGKGYKKRTL 910 920 930 940 950 960 1380 1390 1400 1410 1420 1430 mKIAA0 SCVVSDGSAEDFSKVVDEEFCANTELIIDGNKQIVLEETCTQPCPGDCYLNDWSSWSLCQ .:: ::. mKIAA1 KCVSHDGGVLSNESCDPLKKPKHYIDFCTLTQCS 970 980 990 >>mKIAA4089 ( 1251 res) mbg12616 (1251 aa) initn: 362 init1: 116 opt: 193 Z-score: 179.5 bits: 45.8 E(): 7.5e-05 Smith-Waterman score: 335; 29.960% identity (36.453% ungapped) in 247 aa overlap (1115-1351:26-238) 1090 1100 1110 1120 1130 1140 mKIAA0 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