# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbg08559.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1833.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1833, 1144 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7921047 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0365+/-0.000181; mu= 14.7179+/- 0.010 mean_var=68.9203+/-13.649, 0's: 37 Z-trim: 37 B-trim: 2986 in 1/67 Lambda= 0.154490 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|148697617|gb|EDL29564.1| mCG134445, isoform CRA (1631) 7123 1597.7 0 gi|149066102|gb|EDM15975.1| rCG59505 [Rattus norve (1631) 6760 1516.8 0 gi|119602547|gb|EAW82141.1| hCG1993037, isoform CR (1120) 5794 1301.3 0 gi|119602548|gb|EAW82142.1| hCG1993037, isoform CR (1147) 5794 1301.3 0 gi|194380848|dbj|BAG58577.1| unnamed protein produ (1147) 5784 1299.1 0 gi|148697618|gb|EDL29565.1| mCG134445, isoform CRA (1694) 5417 1217.4 0 gi|194215197|ref|XP_001917183.1| PREDICTED: simila (1637) 5176 1163.7 0 gi|73974872|ref|XP_539211.2| PREDICTED: similar to (1476) 5081 1142.5 0 gi|119602541|gb|EAW82135.1| hCG1993037, isoform CR (1361) 4252 957.7 0 gi|21739912|emb|CAD38979.1| hypothetical protein [ (1681) 4171 939.7 0 gi|182662413|sp|Q8NDA8.2|HTR7A_HUMAN RecName: Full (1641) 4140 932.8 0 gi|182662401|sp|A7E2Y6.1|HRT7A_BOVIN RecName: Full (1652) 3986 898.5 0 gi|119602545|gb|EAW82139.1| hCG1993037, isoform CR (1573) 3797 856.4 0 gi|149568159|ref|XP_001519112.1| PREDICTED: simila (1231) 3582 808.4 0 gi|119602544|gb|EAW82138.1| hCG1993037, isoform CR ( 610) 3096 699.8 1.2e-198 gi|189529971|ref|XP_001919596.1| PREDICTED: simila (1651) 2660 603.0 4.7e-169 gi|47224054|emb|CAG12883.1| unnamed protein produc (1614) 2157 490.8 2.6e-135 gi|26331714|dbj|BAC29587.1| unnamed protein produc ( 335) 2039 464.0 6.2e-128 gi|62204938|gb|AAH93388.1| LOC100125385 protein [R ( 343) 1947 443.5 9.5e-122 gi|119602546|gb|EAW82140.1| hCG1993037, isoform CR ( 422) 1935 440.9 7.1e-121 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::..::::::::::.:::::::::::::::::::::.: ::..: ::: gi|119 ETLHALEDLLTSLLQRNMTPQGLQIMIEHLSPWIKSPRGHERARALGLSALLLRYFLEHL 640 650 660 670 680 690 1000 1010 1020 1030 1040 1050 mKIAA1 LVSTLVPFHNLGLLVGLFAPRCADTWTTTRQKAVGCVYSLLYLQLGYEGFSRDHRDDVAE ::.::::::::::.:::.::::: : .:::.:: ::::::::::::::::::.:::::: gi|119 RVSALVPFHNLGLLIGLFSPRCADLWPATRQEAVDCVYSLLYLQLGYEGFSRDYRDDVAE 700 710 720 730 740 750 1060 1070 1080 1090 1100 1110 mKIAA1 RLLTLQDGLVNADPTILFHTCHSIAQVIAKRLPSDQLISLLLTVFESLGDPDKNCSRAAT :::.:.::::. ::.::::::::..:.:::::: :::::::::.::.::::.:::::::: gi|119 RLLSLKDGLVHPDPAILFHTCHSVGQIIAKRLPPDQLISLLLTMFEALGDPEKNCSRAAT 760 770 780 790 800 810 1120 1130 1140 mKIAA1 VMINCLLKERGNVLLEKVPGDCQPWDLRLL :::::::.:::.:: :::: gi|119 VMINCLLQERGGVLQEKVPEIVSVLRSKLQEAQGEHVLPAAQHSVYLLATQHCAAVVSSL 820 830 840 850 860 870 >>gi|21739912|emb|CAD38979.1| hypothetical protein [Homo (1681 aa) initn: 4015 init1: 2346 opt: 4171 Z-score: 5011.4 bits: 939.7 E(): 0 Smith-Waterman score: 5797; 76.937% identity (91.637% 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