# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbg08078.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1621.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1621, 810 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7917162 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3124+/-0.000182; mu= 12.3983+/- 0.010 mean_var=71.3154+/-13.943, 0's: 33 Z-trim: 58 B-trim: 16 in 1/64 Lambda= 0.151874 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|13876294|gb|AAK26067.1| protocadherin beta 17 [ ( 799) 5166 1141.5 0 gi|14039472|gb|AAK53235.1|AF326310_1 protocadherin ( 799) 5154 1138.9 0 gi|149017304|gb|EDL76355.1| rCG49511 [Rattus norve ( 799) 4734 1046.9 0 gi|194219828|ref|XP_001504126.2| PREDICTED: simila ( 795) 4033 893.3 0 gi|109079041|ref|XP_001091535.1| PREDICTED: protoc ( 776) 3936 872.0 0 gi|8926619|gb|AAF81914.1|AF217757_1 protocadherin ( 776) 3923 869.2 0 gi|108885347|sp|Q9NRJ7.2|PCDBG_HUMAN RecName: Full ( 776) 3917 867.9 0 gi|114602306|ref|XP_001146165.1| PREDICTED: protoc ( 776) 3909 866.1 0 gi|13876376|gb|AAK21988.1| protocadherin beta 8a [ ( 776) 3909 866.1 0 gi|23271279|gb|AAH36062.1| Protocadherin beta 16 [ ( 776) 3905 865.2 0 gi|168278929|dbj|BAG11344.1| protocadherin beta 16 ( 776) 3898 863.7 0 gi|194668981|ref|XP_869286.3| PREDICTED: similar t ( 799) 3884 860.7 0 gi|149017307|gb|EDL76358.1| rCG49607 [Rattus norve ( 799) 3723 825.4 0 gi|26327979|dbj|BAC27730.1| unnamed protein produc ( 796) 3722 825.2 0 gi|122064669|sp|Q6PB90.2|PCDBE_MOUSE RecName: Full ( 796) 3720 824.7 0 gi|148678210|gb|EDL10157.1| protocadherin beta 14 ( 808) 3720 824.7 0 gi|14039481|gb|AAK53238.1|AF326313_1 protocadherin ( 844) 3718 824.3 0 gi|37589448|gb|AAH59821.1| Protocadherin beta 14 [ ( 796) 3716 823.8 0 gi|13876302|gb|AAK26071.1| protocadherin beta 20 [ ( 799) 3716 823.8 0 gi|148678204|gb|EDL10151.1| mCG141284 [Mus musculu ( 806) 3716 823.8 0 gi|13876306|gb|AAK26073.1| protocadherin beta 22 [ ( 794) 3705 821.4 0 gi|26335717|dbj|BAC31559.1| unnamed protein produc ( 794) 3700 820.3 0 gi|14039487|gb|AAK53240.1|AF326315_1 protocadherin ( 794) 3690 818.1 0 gi|109506484|ref|XP_001055753.1| PREDICTED: simila ( 797) 3660 811.6 0 gi|149017301|gb|EDL76352.1| rCG49606 [Rattus norve ( 798) 3660 811.6 0 gi|13876300|gb|AAK26070.1| protocadherin beta 2 [M ( 799) 3640 807.2 0 gi|13876298|gb|AAK26069.1| protocadherin beta 19 [ ( 801) 3638 806.8 0 gi|14039478|gb|AAK53237.1|AF326312_1 protocadherin ( 801) 3637 806.5 0 gi|74184732|dbj|BAE27968.1| unnamed protein produc ( 801) 3633 805.7 0 gi|149017289|gb|EDL76340.1| rCG49591 [Rattus norve ( 799) 3632 805.4 0 gi|13876296|gb|AAK26068.1| protocadherin beta 18 [ ( 792) 3626 804.1 0 gi|74150045|dbj|BAE24345.1| unnamed protein produc ( 792) 3625 803.9 0 gi|149017309|gb|EDL76360.1| rCG49585 [Rattus norve ( 795) 3625 803.9 0 gi|148678222|gb|EDL10169.1| mCG141302 [Mus musculu ( 799) 3624 803.7 0 gi|194219820|ref|XP_001502241.2| PREDICTED: simila ( 795) 3616 801.9 0 gi|187954735|gb|AAI41155.1| Protocadherin beta 2 [ ( 799) 3614 801.5 0 gi|14039475|gb|AAK53236.1|AF326311_1 protocadherin ( 792) 3613 801.3 0 gi|114602284|ref|XP_001144937.1| PREDICTED: protoc ( 798) 3610 800.6 0 gi|149017306|gb|EDL76357.1| rCG49392 [Rattus norve ( 802) 3607 800.0 0 gi|62510888|sp|Q5DRD6.1|PCDBD_PANTR RecName: Full= ( 798) 3606 799.7 0 gi|109732291|gb|AAI15721.1| Protocadherin beta 16 ( 802) 3602 798.9 0 gi|13876292|gb|AAK26066.1| protocadherin beta 16 [ ( 802) 3598 798.0 0 gi|26331732|dbj|BAC29596.1| unnamed protein produc ( 802) 3589 796.0 0 gi|13876286|gb|AAK26063.1| protocadherin beta 13 [ ( 796) 3583 794.7 0 gi|149017291|gb|EDL76342.1| rCG49534 [Rattus norve ( 779) 3580 794.0 0 gi|148678220|gb|EDL10167.1| protocadherin beta 4 [ ( 784) 3579 793.8 0 gi|13876310|gb|AAK26075.1| protocadherin beta 4 [M ( 784) 3578 793.6 0 gi|26325230|dbj|BAC26369.1| unnamed protein produc ( 784) 3575 792.9 0 gi|13876284|gb|AAK26062.1| protocadherin beta 12 [ ( 789) 3574 792.7 0 gi|149017305|gb|EDL76356.1| rCG49451 [Rattus norve ( 792) 3573 792.5 0 >>gi|13876294|gb|AAK26067.1| protocadherin beta 17 [Mus (799 aa) initn: 5166 init1: 5166 opt: 5166 Z-score: 6110.6 bits: 1141.5 E(): 0 Smith-Waterman score: 5166; 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