# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbg08063.fasta.nr -Q ../query/mKIAA2027.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA2027, 817 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7916145 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9474+/-0.000194; mu= 9.9844+/- 0.011 mean_var=100.1053+/-18.698, 0's: 27 Z-trim: 45 B-trim: 0 in 0/67 Lambda= 0.128188 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|81897855|sp|Q8BWS5.1|GRIN3_MOUSE RecName: Full= ( 763) 5032 941.5 0 gi|149033220|gb|EDL88021.1| rCG52360 [Rattus norve ( 762) 3907 733.5 7.8e-209 gi|109074975|ref|XP_001101149.1| PREDICTED: hypoth ( 776) 2150 408.6 5.2e-111 gi|119626437|gb|EAX06032.1| hypothetical protein L ( 776) 2131 405.0 5.9e-110 gi|115502242|sp|Q6ZVF9.2|GRIN3_HUMAN RecName: Full ( 776) 2126 404.1 1.1e-109 gi|116497207|gb|AAI26372.1| GPRIN family member 3 ( 776) 2125 403.9 1.3e-109 gi|34530450|dbj|BAC85902.1| unnamed protein produc ( 776) 2124 403.7 1.5e-109 gi|74002238|ref|XP_544978.2| PREDICTED: similar to ( 823) 1828 349.0 4.6e-93 gi|126330868|ref|XP_001375758.1| PREDICTED: simila ( 789) 1033 202.0 8e-49 gi|50746821|ref|XP_426298.1| PREDICTED: hypothetic ( 746) 972 190.7 1.9e-45 gi|224049415|ref|XP_002191356.1| PREDICTED: simila ( 793) 721 144.3 1.9e-31 gi|220678804|emb|CAX13499.1| novel protein [Danio ( 586) 385 82.0 7.6e-13 gi|47211323|emb|CAF96188.1| unnamed protein produc ( 488) 383 81.6 8.5e-13 gi|224067532|ref|XP_002194280.1| PREDICTED: simila ( 462) 363 77.9 1.1e-11 gi|74738655|sp|Q7Z2K8.1|GRIN1_HUMAN RecName: Full= (1008) 360 77.6 2.8e-11 gi|119605471|gb|EAW85065.1| G protein-regulated in (1008) 359 77.4 3.2e-11 gi|118097390|ref|XP_425207.2| PREDICTED: similar t ( 386) 333 72.3 4.3e-10 gi|5901688|gb|AAD55371.1| GRIN1 [Mus musculus] ( 827) 336 73.1 5.3e-10 gi|97051843|sp|Q3UNH4.2|GRIN1_MOUSE RecName: Full= ( 932) 336 73.1 5.8e-10 gi|74188195|dbj|BAE25773.1| unnamed protein produc ( 932) 333 72.6 8.5e-10 gi|109079842|ref|XP_001085023.1| PREDICTED: simila (1013) 315 69.3 9.1e-09 gi|220972438|gb|EED90770.1| predicted protein [Tha (1524) 301 66.8 7.5e-08 gi|109504667|ref|XP_344572.3| PREDICTED: similar t ( 914) 296 65.7 9.6e-08 gi|70905642|gb|AAZ14281.1| proteophosphoglycan 5 [ (17392) 313 69.9 1e-07 gi|70905641|gb|AAZ14280.1| proteophosphoglycan ppg (7194) 306 68.3 1.3e-07 gi|157758261|ref|XP_001671474.1| Hypothetical prot (1248) 290 64.7 2.6e-07 gi|126291564|ref|XP_001380934.1| PREDICTED: simila ( 820) 286 63.9 3.2e-07 gi|82177691|sp|Q9PWA3.1|GRIN2_CHICK RecName: Full= ( 518) 281 62.8 4.3e-07 gi|134065503|emb|CAM43270.1| proteophosphoglycan p (4324) 283 63.9 1.7e-06 gi|149264149|ref|XP_001476403.1| PREDICTED: simila ( 779) 256 58.3 1.4e-05 gi|134073236|emb|CAM71958.1| proteophosphoglycan p (5967) 267 61.0 1.7e-05 gi|210104484|gb|EEA52506.1| hypothetical protein B ( 475) 250 57.0 2.1e-05 gi|125831747|ref|XP_001338545.1| PREDICTED: simila ( 530) 247 56.5 3.4e-05 gi|149431380|ref|XP_001513759.1| PREDICTED: simila ( 547) 239 55.0 9.7e-05 gi|148708560|gb|EDL40507.1| neurofilament, heavy p ( 933) 242 55.8 9.9e-05 gi|149261714|ref|XP_001474074.1| PREDICTED: simila ( 972) 242 55.8 0.0001 gi|218521622|gb|ACK82207.1| conserved hypothetical (1468) 243 56.1 0.00012 gi|91090940|ref|XP_974469.1| PREDICTED: similar to (2645) 244 56.5 0.00017 gi|209585698|gb|ACI64383.1| predicted protein [Tha (3283) 239 55.6 0.00038 gi|109505477|ref|XP_001070221.1| PREDICTED: simila ( 870) 229 53.3 0.0005 gi|463250|emb|CAA83229.1| Neurofilament protein, h (1071) 230 53.6 0.00051 gi|200022|gb|AAA39809.1| neurofilament protein (1072) 230 53.6 0.00051 gi|115628908|ref|XP_001199657.1| PREDICTED: hypoth ( 977) 226 52.8 0.0008 gi|193914218|gb|EDW13085.1| GI18025 [Drosophila mo ( 913) 224 52.4 0.00098 gi|134065504|emb|CAM43271.1| proteophosphoglycan p (5384) 232 54.5 0.0014 gi|114671636|ref|XP_001169766.1| PREDICTED: simila (1677) 225 52.8 0.0014 gi|157015392|gb|EAU76434.2| AGAP005369-PA [Anophel (1193) 222 52.1 0.0016 gi|190345248|gb|EDK37104.2| hypothetical protein P (1750) 224 52.6 0.0016 gi|146423800|ref|XP_001487825.1| hypothetical prot (1750) 224 52.6 0.0016 gi|3834294|gb|AAC70890.1| Hypothetical protein K06 (2232) 225 52.9 0.0017 >>gi|81897855|sp|Q8BWS5.1|GRIN3_MOUSE RecName: Full=G pr (763 aa) initn: 5032 init1: 5032 opt: 5032 Z-score: 5029.9 bits: 941.5 E(): 0 Smith-Waterman score: 5032; 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