# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbg08063.fasta.nr -Q ../query/mKIAA2027.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
mKIAA2027, 817 aa
vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library
2727779818 residues in 7921681 sequences
statistics sampled from 60000 to 7916145 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9474+/-0.000194; mu= 9.9844+/- 0.011
mean_var=100.1053+/-18.698, 0's: 27 Z-trim: 45 B-trim: 0 in 0/67
Lambda= 0.128188
FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(7921681)
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gi|74188195|dbj|BAE25773.1| unnamed protein produc ( 932) 333 72.6 8.5e-10
gi|109079842|ref|XP_001085023.1| PREDICTED: simila (1013) 315 69.3 9.1e-09
gi|220972438|gb|EED90770.1| predicted protein [Tha (1524) 301 66.8 7.5e-08
gi|109504667|ref|XP_344572.3| PREDICTED: similar t ( 914) 296 65.7 9.6e-08
gi|70905642|gb|AAZ14281.1| proteophosphoglycan 5 [ (17392) 313 69.9 1e-07
gi|70905641|gb|AAZ14280.1| proteophosphoglycan ppg (7194) 306 68.3 1.3e-07
gi|157758261|ref|XP_001671474.1| Hypothetical prot (1248) 290 64.7 2.6e-07
gi|126291564|ref|XP_001380934.1| PREDICTED: simila ( 820) 286 63.9 3.2e-07
gi|82177691|sp|Q9PWA3.1|GRIN2_CHICK RecName: Full= ( 518) 281 62.8 4.3e-07
gi|134065503|emb|CAM43270.1| proteophosphoglycan p (4324) 283 63.9 1.7e-06
gi|149264149|ref|XP_001476403.1| PREDICTED: simila ( 779) 256 58.3 1.4e-05
gi|134073236|emb|CAM71958.1| proteophosphoglycan p (5967) 267 61.0 1.7e-05
gi|210104484|gb|EEA52506.1| hypothetical protein B ( 475) 250 57.0 2.1e-05
gi|125831747|ref|XP_001338545.1| PREDICTED: simila ( 530) 247 56.5 3.4e-05
gi|149431380|ref|XP_001513759.1| PREDICTED: simila ( 547) 239 55.0 9.7e-05
gi|148708560|gb|EDL40507.1| neurofilament, heavy p ( 933) 242 55.8 9.9e-05
gi|149261714|ref|XP_001474074.1| PREDICTED: simila ( 972) 242 55.8 0.0001
gi|218521622|gb|ACK82207.1| conserved hypothetical (1468) 243 56.1 0.00012
gi|91090940|ref|XP_974469.1| PREDICTED: similar to (2645) 244 56.5 0.00017
gi|209585698|gb|ACI64383.1| predicted protein [Tha (3283) 239 55.6 0.00038
gi|109505477|ref|XP_001070221.1| PREDICTED: simila ( 870) 229 53.3 0.0005
gi|463250|emb|CAA83229.1| Neurofilament protein, h (1071) 230 53.6 0.00051
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gi|115628908|ref|XP_001199657.1| PREDICTED: hypoth ( 977) 226 52.8 0.0008
gi|193914218|gb|EDW13085.1| GI18025 [Drosophila mo ( 913) 224 52.4 0.00098
gi|134065504|emb|CAM43271.1| proteophosphoglycan p (5384) 232 54.5 0.0014
gi|114671636|ref|XP_001169766.1| PREDICTED: simila (1677) 225 52.8 0.0014
gi|157015392|gb|EAU76434.2| AGAP005369-PA [Anophel (1193) 222 52.1 0.0016
gi|190345248|gb|EDK37104.2| hypothetical protein P (1750) 224 52.6 0.0016
gi|146423800|ref|XP_001487825.1| hypothetical prot (1750) 224 52.6 0.0016
gi|3834294|gb|AAC70890.1| Hypothetical protein K06 (2232) 225 52.9 0.0017
>>gi|81897855|sp|Q8BWS5.1|GRIN3_MOUSE RecName: Full=G pr (763 aa)
initn: 5032 init1: 5032 opt: 5032 Z-score: 5029.9 bits: 941.5 E(): 0
Smith-Waterman score: 5032; 100.000% identity (100.000% similar) in 763 aa overlap (55-817:1-763)
30 40 50 60 70 80
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::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|818 VSPQPAQPDNNASGIGNVPAELSLQLSAAAQALMQACVSESSQQDMASPGVFSEGEPVSP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|818 PEGEGQKVINNITAVSSEPPVREGCSENKQPSATALNTTAERSENPPPSHLTSKGATCSS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|818 EARQALLPAQYPVSRFKEASTMTCQAESGAKEVSGRAWQDAEVQAVASVESRSVSTSPSI
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mKIAA2 LPAYLKENPAPELENGQEQLRVICHGKGSGNHLLELSNSMVDSQESRQCPSIVPQVHIQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|818 LPAYLKENPAPELENGQEQLRVICHGKGSGNHLLELSNSMVDSQESRQCPSIVPQVHIQA
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mKIAA2 ATATPAAFKGGCKPANQPAEGLKSPLIHVTSSQNTETEEDLRLSASKEATSRQPEGTNPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|818 ATATPAAFKGGCKPANQPAEGLKSPLIHVTSSQNTETEEDLRLSASKEATSRQPEGTNPD
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mKIAA2 FQKANAIGQISLPAGSQAEINQGLWNSGPREPEIVVKTAKDHKAESSCKPSNSGGGANKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|818 FQKANAIGQISLPAGSQAEINQGLWNSGPREPEIVVKTAKDHKAESSCKPSNSGGGANKD
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mKIAA2 YPPESLDPTDKKGAKDKKPASPLIVKDHAPGATSTLDAKTLLLNPKSQVKEGEGPEVSPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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mKIAA2 PSPGRKSQQNTLEELRQPKTVMSLSLPSDGTGDSSPGSGKRTPSLSVKASPRRGSRVSEF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|818 PSPGRKSQQNTLEELRQPKTVMSLSLPSDGTGDSSPGSGKRTPSLSVKASPRRGSRVSEF
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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mKIAA2 SLGVAIQNHLQRQIREHEKIVKTQSGQTRRSISSDSSSSKKLKGRQHGVLQSMLQNFRRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|818 SLGVAIQNHLQRQIREHEKIVKTQSGQTRRSISSDSSSSKKLKGRQHGVLQSMLQNFRRP
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810
mKIAA2 NCCVRPAPSSVLD
:::::::::::::
gi|818 NCCVRPAPSSVLD
760
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Smith-Waterman score: 3907; 80.599% identity (89.583% similar) in 768 aa overlap (55-817:1-762)
30 40 50 60 70 80
mKIAA2 HPYGFPLSSNYFPVENILGIDTGAILERGPMGTVPDPLRVTKASIVAASGKEESRGESQS
::::::::::::::::::: :::: :: ::
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:::::::::.:.:::::.::::::.::.:: ::::::: ::: :::.:::...: : :::
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mKIAA2 KQKTPDDFLLHGSKESAAPGLNATAQKELISAPCLISVVQHTHHAIQRDAPNTSTCAVPE
:..:::: .:::::::: ::::.::: ::: :.:.::: ::::. : :::::: :::
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:::::::::. :.::: .::.:::::::::. .::::::::::::.:::: : :
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mKIAA2 PSADRPEGEGQKVINNITAVSSEPPVREGCSENKQPSATALNTTAERSENPPPSHLTSKG
::::::::: ::.::. :.::::: .: ::::.::: :.:.:: :.::::: : :::.
gi|149 PSADRPEGEEQKAINSTTVVSSEPLARGECSENRQPSDTVLDTTDEKSENPPLSPLTSRE
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mKIAA2 ATCSSEARQALLPAQYPVSRFKEASTMTCQAESGAKEVSGRAWQDAEVQAVASVESRSVS
:::::::::. ::.:.:.::::::::::::::: :::: :::::::::::::::::::::
gi|149 ATCSSEARQVQLPTQHPTSRFKEASTMTCQAESEAKEVPGRAWQDAEVQAVASVESRSVS
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mKIAA2 TSPSILPAYLKENPAPELENGQEQLRVICHGKGSGNHLLELSNSMVDSQESRQCPSIVPQ
::::::::.:::::: : :::::::::::: ::::..:::::::::: ::::::::::::
gi|149 TSPSILPAFLKENPALEQENGQEQLRVICHDKGSGSRLLELSNSMVDPQESRQCPSIVPQ
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mKIAA2 VHIQAATATPAAFKGGCKPANQPAEGLKSPLIHVTSSQNTETEEDLRLSASKEATSRQPE
::::: .:: .::::::::::::::::::::.::.:::. .:::::: :.:::::::.
gi|149 VHIQAPVATSTAFKGGCKPANQPAEGLKSPLVHVASSQTPDTEEDLRSSTSKEATSRELT
390 400 410 420 430 440
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mKIAA2 GTNPDFQKANAIGQISLPAGSQAEINQGLWNSGPREPEIVVKTAKDHKAESSCKPSNSGG
::: :::..:.:::. :::::::. :: ::: : ::.: : :.:::.: .:: ::: :
gi|149 GTNLGSQKATTIAQISVLAGSQAEISLGLGNSGLRAPELVEKIANDHKTEPDCKLSNSRG
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mKIAA2 GANKDYPPESLDPTDKKGAKDKKPASPLIVKDHAPGATSTLDAKTLLLNPKSQVKEGEGP
:.:.: : ::::::::. ::::.::::::::::::::::: :::::::::::. .:::
gi|149 GVNEDQPLESLDPTDKRDAKDKNPASPLIVKDHAPGATSTPDAKTLLLNPKSH--GSEGP
510 520 530 540 550 560
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mKIAA2 EVSPAPSPGRKSQQNTLEELRQPKTVMSLSLPSDGTGDSSPGSGKRTPSLSVKASPRRGS
:::::::::::: :.:: :: ::: :::::::::::::::::::::: ::::::::.:
gi|149 EVSPAPSPGRKS---TVEEHRQTKTVTSLSLPSDGTGDSSPGSGKRTPSRSVKASPRRAS
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mKIAA2 RVSEFLKELSVTAAAAQVGLTPGEKKKQLGADSKLHLKQSKRVRDVVWDDQGMTWEVYGA
:::::::::.:::::::::::::::::::::.:::.::::::::::::::::::::::::
gi|149 RVSEFLKELNVTAAAAQVGLTPGEKKKQLGAESKLQLKQSKRVRDVVWDDQGMTWEVYGA
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mKIAA2 SLDPESLGVAIQNHLQRQIREHEKIVKTQSGQTRRSISSDSSSSKKLKGRQHGVLQSMLQ
::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::.::::::::
gi|149 SLDPESLGVAIQNHLQRQIREHEKLVKTQSGQTRRSISSDSSSSKKLKGRQQGVLQSMLQ
690 700 710 720 730 740
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mKIAA2 NFRRPNCCVRPAPSSVLD
::::::::::::::::::
gi|149 NFRRPNCCVRPAPSSVLD
750 760
>>gi|109074975|ref|XP_001101149.1| PREDICTED: hypothetic (776 aa)
initn: 1782 init1: 787 opt: 2150 Z-score: 2149.3 bits: 408.6 E(): 5.2e-111
Smith-Waterman score: 2726; 58.718% identity (78.333% similar) in 780 aa overlap (55-817:1-776)
30 40 50 60 70 80
mKIAA2 HPYGFPLSSNYFPVENILGIDTGAILERGPMGTVPDPLRVTKASIVAASGKEESRGESQS
::::::::: .:.:..:::::::. :: :.
gi|109 MGTVPDPLRSAKTSLIAASGKEEDLGEPQA
10 20 30
90 100 110 120 130 140
mKIAA2 VSPQ--PAQPDNNASGIGNVPAELSLQLSAAAQALMQACVSESSQQDMASPGVFSEGEPV
.::: ::. .:..:....::: .:. :::.:::::: :..: :.:::::.: : .
gi|109 ASPQHRPAHLCKNTNGFSGAPAEPDLSPRAAAEALMQACEHETTQPGMSSPGVFNEVEKA
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mKIAA2 SPKQKTPDDFLLHGSKESAAPGLNATAQKELISAPCLISVVQHTHHAIQRDAPNTSTCAV
..: . : ::.. :::. ...: ..:: .: . . :.:...: : ::. : ..
gi|109 PATFNSPGNSQLPGSSQPAAPAPSSVAGRDLIHTPLTMPANQYTRQSIPGDQPNAITSSA
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250
mKIAA2 PEGSLVKSEANSNGENPEKPGCPARVTCCSSKNQEGLCDFPSPENSQGILQTPDIA----
:: ::..:. .:: :.::::.::. :::.: . :.:::::. :: .::: :
gi|109 PEDSLMRSQRTSNREQPEKPSCPVGDILSSSKDQVS-CEFPSPETIQGTVQTPVTAARVV
160 170 180 190 200
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mKIAA2 ---SPSADRPEGEGQKVINNITAVSSEPPVRE-GCSENKQPSATALNTTAERSENPPPSH
: . :::: : .: . : .: .:: :::::::: .:: . . : .: :.
gi|109 SHSSSPVGGPEGERQGAICDSEMRSCKPLTRESGCSENKQPFVTASGPQGTTSVTPQPAP
210 220 230 240 250 260
320 330 340 350 360 370
mKIAA2 LTSKGATCSSEARQALLPAQYPVSRFKEASTMTCQAESGAKEVSGRAWQDAEVQAVASVE
:::. ..: ...:::::.:.:::::::::: :::. ::: :::::::::::::::
gi|109 LTSEPSACPPGPEKVLLPAQHPMSRFKEASTMTSQAEGEIKEVPRRAWQDAEVQAVASVE
270 280 290 300 310 320
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::::::::::: :.:::.:::: . ::::::::: .::.: .:::.. .: ::: :::
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mKIAA2 SRSVSTSPSILPAYLKENPAPELENGQEQLRVICHGKGSGNHLLELSNSMVDSQESRQCP
::::::::::: :.:::. ::: . :::::::: ..::.: ::::.: . ::: :::
gi|345 SRSVSTSPSILTAFLKESRAPEHFE-QEQLRVIC--RSSGSHTLELSDSTLAPQESSQCP
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mKIAA2 SIVPQVHIQAATATPAAFKGGCKPANQPAEGLKSPLIHVTSSQNTET-EEDLRLS----A
.:.::::::::.: .::. : :. :. ::. :...::. .: .:: ::. :
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.:.:... ::: . ::.:: :::. : :::: . :: . : :.. ::.. ::..
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.:: :.: :. .: :::::.: :..:::::: .::.. .:.: :::::::::
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::: . : ..:.::: ::.:..:::: :: ::. ::::::: :::::::::.:::
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:::::::: ::::::::: :.:::::::::::::.:::::::::::.::::::::::::
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:.::::::::::::: ::::.:::::::::::::::..:::..:::::::::.::.:::.
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::::.:.:::::::::::::::::::::::
gi|345 GRQHSVFQSMLQNFRRPNCCVRPAPSSVLD
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:...:: ..: . :: .:.:. ...:.::. : .::: : .:. : :: :
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.. .:. . .::::::.:. . ::. : .. .:: .:. :
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: . .:... . . .: . :: . ..: : :: . :: . ..:
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:: : : : . ...: :: : . ... : :::. :. :
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::.:. . :: .: :.: ::.::.. :::::.::::::: ::::::::.:::::::::
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Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]