FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA1480.ptfa, 876 aa vs ./tmplib.26680 library 1768141 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7434+/-0.0048; mu= 13.8382+/- 0.320 mean_var=143.3458+/-33.514, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 3 in 1/35 Lambda= 0.1071 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA1366 ( 884 res) mpm06033 ( 884) 2982 473 6.5e-134 mKIAA1070 ( 846 res) mbg05205 ( 846) 2091 335 1.8e-92 >>mKIAA1366 ( 884 res) mpm06033 (884 aa) initn: 3495 init1: 2559 opt: 2982 Z-score: 2496.6 bits: 473.1 E(): 6.5e-134 Smith-Waterman score: 3529; 64.508% identity (70.052% ungapped) in 834 aa overlap (70-876:90-884) 40 50 60 70 80 90 mKIAA1 LSPTPTVGRSLCLTLGFLSLVLRASTQAPAPTVNTHFGKLRGARVPLPSEILGPVDQYLG :.::: .:..::.: : .:::::: :.:: mKIAA1 AGAQRGGGGPGGGAPGGPGLGLGSLGEERFPVVNTAYGRVRGVRRELNNEILGPVVQFLG 60 70 80 90 100 110 100 110 120 130 140 150 mKIAA1 VPYAAPPIGEKRFLPPEPPPSWSGIRNATHFPPVCPQNIHTAVPEVMLPVWFTANLDIVA ::::.::.: .:: ::: : :: :.:::: .::.::::.: :.: .::::::: ::. .: mKIAA1 VPYATPPLGARRFQPPEAPASWPGVRNATTLPPACPQNLHGALPAIMLPVWFTDNLEAAA 120 130 140 150 160 170 160 170 180 190 200 210 mKIAA1 TYIQEPNEDCLYLNVYVPTEDVKRISKECARKPNKKICRKGGSGAKKQGEDLADNDGDED ::.:. .:::::::.:::::: : .::. : . : mKIAA1 TYVQNQSEDCLYLNLYVPTED--------------------GPLTKKRDEATLN---PPD 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 mKIAA1 EDIRDSGAKPVMVYIHGGSYMEGTGNMIDGSVLASYGNVIVITLNYRVGVLGFLSTGDQA :::::: ::::...::::::::::::.::::::.:::::: :::::.:::::::::::: mKIAA1 TDIRDSGKKPVMLFLHGGSYMEGTGNMFDGSVLAAYGNVIVATLNYRLGVLGFLSTGDQA 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 mKIAA1 AKGNYGLLDQIQALRWVSENIAFFGGDPRRITVFGSGIGASCVSLLTLSHHSEGLFQRAI ::::::::::::::::.::::: :::::.:::.:::: :::::.:: ::::::::::.:: mKIAA1 AKGNYGLLDQIQALRWLSENIAHFGGDPERITIFGSGAGASCVNLLILSHHSEGLFQKAI 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 mKIAA1 IQSGSALSSWAVNYQPVKYTSLLADKVGCNVLDTVDMVDCLRQKSAKELVEQDIQPARYH :::.:.:::.:::::.::: ::: ::::. :... :.:::.::..:::.::.:::::: mKIAA1 AQSGTAISSWSVNYQPLKYTRLLAAKVGCDREDSTEAVECLRRKSSRELVDQDVQPARYH 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 mKIAA1 VAFGPVIDGDVIPDDPEILMEQGEFLNYDIMLGVNQGEGLKFVEGVVDPEDGVSGTDFDY .:::::.::::.::::::::.::::::::...:::::::::::: .. :::::.. ::. mKIAA1 IAFGPVVDGDVVPDDPEILMQQGEFLNYDMLIGVNQGEGLKFVEDSAESEDGVSASAFDF 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 mKIAA1 SVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETIKFMYTDWADRDNPETRRKTLVALFTDHQWVEPSVVTA .::::::::::::::::.::::::::::::::::: : :::::.::::::::: :.:.:: mKIAA1 TVSNFVDNLYGYPEGKDVLRETIKFMYTDWADRDNGEMRRKTLLALFTDHQWVAPAVATA 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 mKIAA1 DLHARYGSPTYFYAFYHHCQSLMKPAWSDAAHGDEVPYVFGVPMVGPTDLFPCNFSKNDV ::: : ::.:::.::::::. .: :.:::::::.:::::::::: ::::::::::::: mKIAA1 KLHADYQSPVYFYTFYHHCQAEGRPEWADAAHGDELPYVFGVPMVGATDLFPCNFSKNDV 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 mKIAA1 MLSAVVMTYWTNFAKTGDPNKPVPQDTKFIHTKANRFEEVAWSKYNPRDQLYLHIGLKPR ::::::::::::::::::::.:::::::::::: ::::::.:::.: ... ::::::::: mKIAA1 MLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPVPQDTKFIHTKPNRFEEVVWSKFNSKEKQYLHIGLKPR 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 mKIAA1 VRDHYRATKVAFWKHLVPHLYNLH-DMFHYTSTTTKVPPPDTTHSSHITRRPNGKTWSTK :::.:::.::::: .:::::.::: ..: .:::..:: : : :. : .:. mKIAA1 VRDNYRANKVAFWLELVPHLHNLHTELF---TTTTRLPPYATRWPP---RTPGPGTSGTR 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 mKIAA1 RPAISPAYSNENAPGSWNGDQDAGPLLVE----NPRDYSTELSVTIAVGASLLFLNVLAF :: :: : : : : :: . . ::::::::::.::::::::::.::: mKIAA1 RPP-PPATL---PPES---DIDLGPRAYDRFPGDSRDYSTELSVTVAVGASLLFLNILAF 700 710 720 730 740 760 770 780 790 800 mKIAA1 AALYYRKDKRRQEPLRQPSPQRGTGA------PELGTA-----PEEELAALQLGPTHHEC :::::..:.:.. :. :: :.:. : : :: :::::..::: . mKIAA1 AALYYKRDRRQELRCRRLSPPGGSGSGVPGGGPLLPTAGRELPPEEELVSLQL--KRGGG 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 mKIAA1 EAGPPHDTLRLTALPDYTLTLRRSPDDIPLMTPNTITMIPNSL-----VGLQTLHPYNTF .. : ..:: . :::::.:::.:::.::..:...:..:..: .:::.. : mKIAA1 VGADPAEALRPACPPDYTLALRRAPDDVPLLAPGALTLLPSGLGPPPPPPPPSLHPFGPF 810 820 830 840 850 860 860 870 mKIAA1 ------AAGFNSTGLPHSHSTTRV :.. :.: ::: :::::: mKIAA1 PPPPPTATSHNNT-LPHPHSTTRV 870 880 >>mKIAA1070 ( 846 res) mbg05205 (846 aa) initn: 3777 init1: 2029 opt: 2091 Z-score: 1752.6 bits: 335.4 E(): 1.8e-92 Smith-Waterman score: 3845; 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