# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbg07446.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0811.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0811, 1654 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7904581 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7290+/-0.000193; mu= 13.5413+/- 0.011 mean_var=96.4564+/-18.546, 0's: 35 Z-trim: 112 B-trim: 225 in 2/63 Lambda= 0.130590 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|58864966|emb|CAI52049.1| FAT tumor suppressor h (4351) 11231 2127.9 0 gi|149052656|gb|EDM04473.1| rCG33481 [Rattus norve (3111) 10732 2033.8 0 gi|22095688|sp|O88277.1|FAT2_RAT RecName: Full=Pro (4351) 10728 2033.2 0 gi|73954163|ref|XP_536461.2| PREDICTED: similar to (4354) 9341 1771.9 0 gi|194219689|ref|XP_001917610.1| PREDICTED: simila (4445) 9309 1765.9 0 gi|119582077|gb|EAW61673.1| FAT tumor suppressor h (4349) 9283 1760.9 0 gi|114602953|ref|XP_001168406.1| PREDICTED: FAT tu 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(4553) 2834 546.0 2.7e-151 gi|126327225|ref|XP_001369584.1| PREDICTED: simila (4553) 2834 546.0 2.7e-151 gi|73987697|ref|XP_848507.1| PREDICTED: similar to (4589) 2834 546.0 2.7e-151 gi|125835070|ref|XP_693952.2| PREDICTED: similar t (4472) 2796 538.8 3.7e-149 gi|210102549|gb|EEA50597.1| hypothetical protein B (3017) 2633 507.9 4.9e-140 >>gi|58864966|emb|CAI52049.1| FAT tumor suppressor homol (4351 aa) initn: 11231 init1: 11231 opt: 11231 Z-score: 11422.8 bits: 2127.9 E(): 0 Smith-Waterman score: 11231; 100.000% identity (100.000% similar) in 1654 aa overlap (1-1654:2698-4351) 10 20 30 mKIAA0 TFSASEDLPEGSEIGSVKAVAAQDPIIYSL :::::::::::::::::::::::::::::: gi|588 GPPHWDSLVPVRLQVVPNEIPLPKFSEPLYTFSASEDLPEGSEIGSVKAVAAQDPIIYSL 2670 2680 2690 2700 2710 2720 40 50 60 70 80 90 mKIAA0 VQGTTPESNSDDVFSLDQDTGVLKVKKAMDHESTKWYQIDLMAHCPHEDTDLVSLVSVNI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|588 VQGTTPESNSDDVFSLDQDTGVLKVKKAMDHESTKWYQIDLMAHCPHEDTDLVSLVSVNI 2730 2740 2750 2760 2770 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