FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA0384.ptfa, 945 aa vs ./tmplib.26680 library 1768072 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1240+/-0.0052; mu= 17.4842+/- 0.349 mean_var=124.0960+/-28.276, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/36 Lambda= 0.1151 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA4063 ( 968 res) mfj15040 ( 968) 2229 382 1.9e-106 >>mKIAA4063 ( 968 res) mfj15040 (968 aa) initn: 2400 init1: 1178 opt: 2229 Z-score: 2003.6 bits: 382.1 E(): 1.9e-106 Smith-Waterman score: 2635; 47.835% identity (53.211% ungapped) in 970 aa overlap (29-940:7-936) 10 20 30 40 50 60 mKIAA0 GDLLPPFYSLCGPPYFLSCPAAAPPLTFMDDSEVESTASILASVKEQEAQFEKLTRALEE :.: .:.:.::::::::::::.::.::::::. mKIAA4 AAGTLVMEDCNVHSAASILASVKEQEARFERLTRALEQ 10 20 30 70 80 90 100 110 120 mKIAA0 ERRHVSAQLERVRVSPQDANSLMANGTLTRRHQNGRFVGDADLERQKFSDLKLNGPQDHN :::::. ::::.. .........: . :.. :. ..: .. mKIAA4 ERRHVALQLERAQQPGMSSGGMVGSGQ------------PLPMAWQQLV-LQEQSPGSQA 40 50 60 70 80 130 140 150 160 170 mKIAA0 HLLYSTIPRMQEPGQIVETYT-EEDPEGAMSVVSVETTDDGTTRRTETTVKKVVKTMTTR : .:.: . : . :: : :::: : ::. :..::::::::: : :.:::.::: mKIAA4 SL--ATMP--EAPEVLEETVTVEEDPGTPTSHVSIVTSEDGTTRRTETKVTKTVKTVTTR 90 100 110 120 130 140 180 190 200 210 220 230 mKIAA0 TVQPVPMGPDGLPV-DASAVSNNYIQ-TLGRDFRKNGNGGPGPYVGQAGTATLPRNFHYP ::. ::.::::::. :.. ... . : : . :.:::. ::: :..: mKIAA4 TVRQVPLGPDGLPLLDGGPPLGSFADGPLDRHYLLRGGGGPA--------ATLSRTYHSS 150 160 170 180 190 240 250 260 270 280 290 mKIAA0 PDGYGRHYEDGYPGGSD--NYGSLSRVTRIEERYRPSMEGYRAPSRQD----VYGPQPQV :. :: : . : .:::::: . :: : .:. : . : . mKIAA4 GGGF----PDG-PESRDIPSYGSLSRGLGV----RPPRTGLLGPGPGDGCFTLPGRREAF 200 210 220 230 240 300 310 320 330 340 mKIAA0 RVG-------GSSVDLHRFHPEPYGLEDDQRSMGYDDLDYG--MMSDYGTARRTGTPSDP .: : :. : :. :::::::: ::.. :: . : . ::.:: : : mKIAA4 PMGSESGPPSGRSLPEH-FQAEPYGLEDDTRSLAADD-EGGPDLEPDYSTATRR-RPEYG 250 260 270 280 290 300 350 360 370 380 390 mKIAA0 RR-RLRSYEDMIG------EEVPPDQYYWAPLAQHERGSLASLDSLRKGMPPPSN----- : : :..:: :: :: ::::: :::::.::: . . : .. mKIAA4 RGLRARAFEDTADDAGELIEERPPFPAATAPLAQPERGSLGSLDRVVRRSPSVDSTRKEP 310 320 330 340 350 360 400 410 420 430 440 mKIAA0 -WRQPELPEVIAMLGFRLDAVKSNAAAYLQHLCYRNDKVKTDVRKLKGIPILVGLLDHPK ::.::::::.::: .: ::.::::::::::..:. .: ::.:.:.:.::.:::::. mKIAA4 RWRDPELPEVLAMLRHPVDPVKANAAAYLQHLCFENEGIKRRVRQLRGLPLLVALLDHPR 370 380 390 400 410 420 450 460 470 480 490 500 mKIAA0 KEVHLGACGALKNISFGRDQDNKIAIKNCDGVPALVRLLRKARDMDLTEVITGTLWNLSS ::. :::::.:.:.::: ::: ::..: :::::::::: ::: .. :..::::::::: mKIAA4 AEVRRRACGALRNLSYGRDTDNKAAIRDCGGVPALVRLLRAARDNEVRELVTGTLWNLSS 430 440 450 460 470 480 510 520 530 540 550 560 mKIAA0 HDSIKMEIVDHALHALTDEVIIPHSGWEREPNEDCKPRHIEWESVLTNTAGCLRNVSSER .. .:: :.::.:..:: :::.:::::::::::: ::: :: .:. ::.::::::::. mKIAA4 YEPLKMVIIDHGLQTLTHEVIVPHSGWEREPNEDSKPRDAEWTTVFKNTSGCLRNVSSDG 490 500 510 520 530 540 570 580 590 600 610 620 mKIAA0 SEARRKLRECDGLVDALIFIVQAEIGQKDSDSKLVENCVCLLRNLSYQVHREIPQAERYQ .::::.::::.::::::. .:. .:.::.:.: ::::::..:::::.::.:.: :.::: mKIAA4 AEARRRLRECEGLVDALLHALQSAVGRKDTDNKSVENCVCIMRNLSYHVHKEVPGADRYQ 550 560 570 580 590 600 630 640 650 660 670 680 mKIAA0 EALPTVANSTGPHA-----ASCFGAKKGKDEWFSRGKKPTE-DPANDTVDFPKRTSPARG :: : . .:: . :::::.::.:.::: .::: .: : ::.:.:::: :.: mKIAA4 EAEPGIPGSTTSQRRRKDDASCFGGKKAKEEWFHQGKKDAEMDRNFDTLDLPKRTEAAKG 610 620 630 640 650 660 690 700 710 720 730 740 mKIAA0 YELLFQPEVVRIYISLLKESKTPAILEASAGAIQNLCAGRWTYGRYIRSALRQEKALSAI .:::.::::::.:.::: ::.. :::.:::.::: :: ::.. :::...:.:..: .. mKIAA4 FELLYQPEVVRLYLSLLTESRNFNTLEAAAGALQNLSAGNWTWATYIRATVRKERGLPVL 670 680 690 700 710 720 750 760 770 780 790 800 mKIAA0 AELLTSEHERVVKAASGALRNLAVDARNKELIGKHAIPNLVKNLPGGQ--QNSSWNFSED .::: :: ..::.:.. :::::..: :::.:::..:. .::.:. ..: . : .. :: mKIAA4 VELLQSETDKVVRAVAIALRNLSLDQRNKDLIGSYAMTELVRNVRNAQAPAHPSAHLEED 730 740 750 760 770 780 810 820 830 840 850 860 mKIAA0 TVVSILNTINEVIAENLEAAKKLRETQGIEKLVLINKSGNRSEKEVRAAALVLQTIWGYK :::..::::.:.....:. :..: ...:. :: . : ..: .:..::. ::::.:.:: mKIAA4 TVVAVLNTIHEIVSDSLDNARSLLQARGVPALVALVAS-SQSVREAKAASHVLQTVWSYK 790 800 810 820 830 840 870 880 890 900 mKIAA0 ELRKPLEKEGWKKSDFQV--NLNNASRSQSSHSYDDSTLPLIDRN---QKSD-------- ::: :...:: :: :: . .. . . :: ..:::::::.:.. .::. mKIAA4 ELRGALQRDGWTKSRFQSASTAKGPKGTPSSGGFDDSTLPLVDKSLDGEKSNTRDVIPMD 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 mKIAA0 ----NNYSTLNERGDHNRTL--DRSGDLGDMEPLKGAPLMQKI ..:.:...: . ::: : .:: .. : :. : mKIAA4 TLGPDGYATVDRR--ERRTLGSDSTGDTSEKELLRPDPGRKAPPPGPSRPSVRLVDAVGD 910 920 930 940 950 mKIAA4 TKPQPVDSWV 960 945 residues in 1 query sequences 1768072 residues in 2168 library sequences Scomplib [34t11] start: Mon Mar 27 10:19:28 2006 done: Mon Mar 27 10:19:29 2006 Scan time: 1.000 Display time: 0.090 Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]