FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA1547.ptfa, 897 aa vs ./tmplib.26680 library 1768120 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.4769+/-0.00838; mu= -7.5961+/- 0.558 mean_var=398.4532+/-95.235, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 0 in 0/36 Lambda= 0.0643 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA1261 ( 729 res) mfj34130 ( 729) 3967 382 1.3e-106 mKIAA4188 ( 402 res) mbh00640 ( 402) 2223 220 3.9e-58 >>mKIAA1261 ( 729 res) mfj34130 (729 aa) initn: 2386 init1: 2386 opt: 3967 Z-score: 2006.6 bits: 382.2 E(): 1.3e-106 Smith-Waterman score: 3967; 83.027% identity (84.097% ungapped) in 707 aa overlap (197-897:26-729) 170 180 190 200 210 220 mKIAA1 QFLQAQYHSLKVEYDKLANEKTEMQRHYVMYYEMSYGLNIEMHKQTEIAKRLNTILAQIM :::::::::::::::.::.::::.: ::.. mKIAA1 ARIRFKSLEAAGSITVALPVLLRLWYYEMSYGLNIEMHKQAEIVKRLNAICAQVI 10 20 30 40 50 230 240 250 260 270 280 mKIAA1 PFLSQEHQQQVAQAVERAKQVTMTELNAIIGQQQLQAQHLSHATHGPPVQLPPHPSGLQP :::::::::::.:::::::::::.::::::::: ::::::::. :: :: : :::::::: mKIAA1 PFLSQEHQQQVVQAVERAKQVTMAELNAIIGQQ-LQAQHLSHG-HGLPVPLTPHPSGLQP 60 70 80 90 100 110 290 300 310 320 330 340 mKIAA1 PGIPPVTGSSSGLLALG-ALGSQAHLAVKDEKNHHELDH-RERESSTNNSVSPSESLRAS :.:::. :::.:::::. :::.:.:: .::::.::. :: :.:.: ..::::: :.:.: mKIAA1 PAIPPI-GSSAGLLALSSALGGQSHLPIKDEKKHHDNDHQRDRDSIKSSSVSPSASFRGS 120 130 140 150 160 170 350 360 370 380 390 400 mKIAA1 EKHRGSADYSMEAKKRKAEEKDSLSRYDSDGDKSDD-LVVDVSNEDPATPRVSPAHSPPE ::::.:.::: :.::.:.:::. .::::::.:::: ::::::::::..:: :::::: : mKIAA1 EKHRNSTDYSSESKKQKTEEKEIAARYDSDGEKSDDNLVVDVSNEDPSSPRGSPAHSPRE 180 190 200 210 220 230 410 420 430 440 450 460 mKIAA1 NGLDKARGLKKDAPTSPASVASSSSTPSSKTKDLGHNDKSSTPGLKSNTPTPRNDAPTPG :::::.: :::::: :::::::::::::::.:.:. :.::.:: ::::::::.:::::: mKIAA1 NGLDKTRLLKKDAPISPASVASSSSTPSSKSKELSLNEKSTTPVSKSNTPTPRTDAPTPG 240 250 260 270 280 290 470 480 490 500 510 520 mKIAA1 TSTTPGLRSMPGKPPGMDPIASALRTPITLTSSYPAPFAMMSHHEMNGSLTSP-SAYAGL ...::::: .::::::.::.::.::::... ::.::... : ::: :::: .::::: mKIAA1 SNSTPGLRPVPGKPPGVDPLASSLRTPMAVPCPYPTPFGIVPHAGMNGELTSPGAAYAGL 300 310 320 330 340 350 530 540 550 560 570 580 mKIAA1 HNIPSQMSAAAAAAAAA--YGRSPMVGFDPHPPMRATGLPSSLASIPGGKPAYSFHVSAD ::: :::::::::::: :::::.:::::: ::. ..: .:..::::::::::::::: mKIAA1 HNISPQMSAAAAAAAAAAAYGRSPVVGFDPHHHMRVPAIPPNLTGIPGGKPAYSFHVSAD 360 370 380 390 400 410 590 600 610 620 630 640 mKIAA1 GQMQPVPFPHDALAGPGIPRHARQINTLSHGEVVCAVTISNPTRHVYTGGKGCVKIWDIS ::::::::: ::: ::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::.:::: mKIAA1 GQMQPVPFPPDALIGPGIPRHARQINTLNHGEVVCAVTISNPTRHVYTGGKGCVKVWDIS 420 430 440 450 460 470 650 660 670 680 690 700 mKIAA1 QPGSKSPISQLDCLNRDNYIRSCKLLPDGRTLIVGGEASTLTIWDLASPTPRIKAELTSS .::.:::.:::::::::::::::.:::::::::::::::::.:::::.:::::::::::: mKIAA1 HPGNKSPVSQLDCLNRDNYIRSCRLLPDGRTLIVGGEASTLSIWDLAAPTPRIKAELTSS 480 490 500 510 520 530 710 720 730 740 750 760 mKIAA1 APACYALAISPDAKVCFSCCSDGNIAVWDLHNQTLVRQFQGHTDGASCIDISHDGTKLWT ::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::: mKIAA1 APACYALAISPDSKVCFSCCSDGNIAVWDLHNQTLVRQFQGHTDGASCIDISNDGTKLWT 540 550 560 570 580 590 770 780 790 800 810 820 mKIAA1 GGLDNTVRSWDLREGRQLQQHDFTSQIFSLGYCPTGEWLAVGMESSNVEVLHHTKPDKYQ ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::: ::::::: mKIAA1 GGLDNTVRSWDLREGRQLQQHDFTSQIFSLGYCPTGEWLAVGMENSNVEVLHVTKPDKYQ 600 610 620 630 640 650 830 840 850 860 870 880 mKIAA1 LHLHESCVLSLKFAYCGKWFVSTGKDNLLNAWRTPYGASIFQSKESSSVLSCDISADDKY ::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::: mKIAA1 LHLHESCVLSLKFAHCGKWFVSTGKDNLLNAWRTPYGASIFQSKESSSVLSCDISVDDKY 660 670 680 690 700 710 890 mKIAA1 IVTGSGDKKATVYEVIY ::::::::::::::::: mKIAA1 IVTGSGDKKATVYEVIY 720 >>mKIAA4188 ( 402 res) mbh00640 (402 aa) initn: 2268 init1: 2051 opt: 2223 Z-score: 1136.0 bits: 220.2 E(): 3.9e-58 Smith-Waterman score: 2223; 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