# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbg07137.fasta.nr -Q ../query/mKIAA4061.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA4061, 1011 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7905606 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5330+/-0.000204; mu= 8.2612+/- 0.011 mean_var=138.6722+/-26.729, 0's: 37 Z-trim: 110 B-trim: 367 in 1/65 Lambda= 0.108913 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|71979930|ref|NP_001025107.1| cytospin B [Mus mu ( 978) 6243 993.3 0 gi|73955964|ref|XP_546643.2| PREDICTED: similar to (1059) 5305 846.0 0 gi|148678390|gb|EDL10337.1| spectrin domain with c ( 842) 4770 761.8 0 gi|149052880|gb|EDM04697.1| rCG33904 [Rattus norve ( 945) 4740 757.2 9e-216 gi|149641754|ref|XP_001509479.1| PREDICTED: simila (1058) 4628 739.6 1.9e-210 gi|109113636|ref|XP_001102500.1| PREDICTED: simila ( 948) 4547 726.8 1.2e-206 gi|109113638|ref|XP_001102594.1| PREDICTED: simila ( 990) 4547 726.8 1.2e-206 gi|112180681|gb|AAH21123.2| Sperm antigen with cal ( 987) 4526 723.5 1.2e-205 gi|119571304|gb|EAW50919.1| spectrin domain with c ( 987) 4524 723.2 1.5e-205 gi|149724327|ref|XP_001504927.1| PREDICTED: sperm (1068) 4523 723.1 1.8e-205 gi|194385378|dbj|BAG65066.1| unnamed protein produ ( 987) 4520 722.6 2.4e-205 gi|56789962|gb|AAW30000.1| structure protein NSP5a ( 987) 4515 721.8 4.1e-205 gi|194379162|dbj|BAG58132.1| unnamed protein produ (1068) 4472 715.1 4.6e-203 gi|73955966|ref|XP_851555.1| PREDICTED: similar to (1068) 4472 715.1 4.6e-203 gi|73955962|ref|XP_863949.1| PREDICTED: similar to (1068) 4472 715.1 4.6e-203 gi|74722683|sp|Q5M775.1|SPEC1_HUMAN RecName: Full= (1068) 4470 714.8 5.8e-203 gi|56789966|gb|AAW30002.1| structure protein NSP5b (1068) 4461 713.4 1.5e-202 gi|56206224|emb|CAI23917.1| spectrin domain with c ( 987) 4399 703.6 1.2e-199 gi|118100322|ref|XP_415840.2| PREDICTED: similar t (1059) 4394 702.8 2.3e-199 gi|117949789|sp|Q5SXY1.2|SPEC1_MOUSE RecName: Full (1067) 4320 691.2 7.2e-196 gi|56206223|emb|CAI23916.1| spectrin domain with c ( 790) 4299 687.8 5.7e-195 gi|68533816|gb|AAH99105.1| Sperm antigen with calp ( 781) 4206 673.2 1.4e-190 gi|194381350|dbj|BAG58629.1| unnamed protein produ ( 844) 3900 625.1 4.5e-176 gi|109113640|ref|XP_001102680.1| PREDICTED: simila ( 709) 3737 599.4 2e-168 gi|119571305|gb|EAW50920.1| spectrin domain with c ( 709) 3708 594.9 4.8e-167 gi|56789960|gb|AAW29999.1| structure protein NSP5a ( 709) 3701 593.8 1e-166 gi|29477171|gb|AAH50058.1| SPECC1 protein [Homo sa ( 703) 3684 591.1 6.5e-166 gi|56789964|gb|AAW30001.1| structure protein NSP5b ( 790) 3658 587.1 1.2e-164 gi|119571300|gb|EAW50915.1| spectrin domain with c ( 784) 3654 586.4 1.8e-164 gi|75750466|ref|NP_690868.3| spectrin domain with ( 790) 3654 586.4 1.8e-164 gi|119571306|gb|EAW50921.1| spectrin domain with c ( 830) 3654 586.5 1.9e-164 gi|74201827|dbj|BAC34484.2| unnamed protein produc ( 576) 3631 582.7 1.8e-163 gi|10798804|dbj|BAB16440.1| sperm antigen [Homo sa ( 759) 3620 581.1 7.3e-163 gi|74150693|dbj|BAE25484.1| unnamed protein produc ( 631) 3344 537.6 7.2e-150 gi|119911989|ref|XP_582998.3| PREDICTED: similar t (1072) 3216 517.7 1.2e-143 gi|126314181|ref|XP_001365327.1| PREDICTED: simila (1068) 3074 495.4 6.2e-137 gi|224076475|ref|XP_002198463.1| PREDICTED: simila (1061) 2975 479.9 3e-132 gi|114668679|ref|XP_001144126.1| PREDICTED: spectr ( 733) 2750 444.4 1e-121 gi|74217166|dbj|BAC32744.2| unnamed protein produc ( 511) 2649 428.3 4.7e-117 gi|21706968|gb|AAH33618.1| SPECC1 protein [Homo sa ( 481) 2610 422.2 3.1e-115 gi|194391336|dbj|BAG60786.1| unnamed protein produ ( 665) 2110 343.8 1.8e-91 gi|194376220|dbj|BAG62869.1| unnamed protein produ ( 408) 1654 271.9 4.6e-70 gi|67971594|dbj|BAE02139.1| unnamed protein produc ( 408) 1651 271.4 6.4e-70 gi|221043634|dbj|BAH13494.1| unnamed protein produ (1078) 1630 268.5 1.3e-68 gi|194043322|ref|XP_001926206.1| PREDICTED: SPECC1 ( 953) 1454 240.8 2.4e-60 gi|37748609|gb|AAH60019.1| LOC398795 protein [Xeno ( 531) 1386 229.9 2.6e-57 gi|122890502|emb|CAM14448.1| novel protein similar (1035) 1385 230.0 4.7e-57 gi|47217542|emb|CAG02469.1| unnamed protein produc (1196) 1226 205.1 1.7e-49 gi|114668672|ref|XP_001144052.1| PREDICTED: spectr ( 513) 956 162.3 5.6e-37 gi|126344586|ref|XP_001379321.1| PREDICTED: simila (1143) 934 159.2 1.1e-35 >>gi|71979930|ref|NP_001025107.1| cytospin B [Mus muscul (978 aa) initn: 6243 init1: 6243 opt: 6243 Z-score: 5306.3 bits: 993.3 E(): 0 Smith-Waterman score: 6243; 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