FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
 version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 ../query/mKIAA0304.ptfa, 1744 aa
 vs ./tmplib.26680 library

1767273 residues in  2168 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.6357+/-0.00709; mu= -3.6329+/- 0.461
 mean_var=517.4950+/-127.530, 0's: 0 Z-trim: 20  B-trim: 0 in 0/36
 Lambda= 0.0564

FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                       opt bits E(2168)
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mKIAA0339  ( 822 res)   mph02448                   ( 822)  537   59 3.9e-09
mKIAA1076  ( 855 res)   mbh01320                   ( 855)  536   59 4.3e-09
mKIAA4065  ( 779 res)   mpj03374                   ( 779)  312   41  0.0012
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 initn: 1696 init1: 729 opt: 1254  Z-score: 571.8  bits: 117.7 E(): 1e-26
Smith-Waterman score: 2616;  51.801% identity (57.538% ungapped) in 722 aa overlap (233-886:1-718)

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                                     ::. :::: ::::..:::::  : .::.::
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                                             10        20        30

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       ::.:  :.:.:::::.::: ::::: :::  .. ..::::::::::::::. ...:.:::
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       :..::..::: ::::.:::. :.... :::. ::::::::.: :::.::..:: :.::: 
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        :..:. :::.::.: .::.:.:::::::::..::.:::.:::.::   :: :::::.::
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       .:: :::  :.     .:: ::   ::..:.::: .::.:.... ::   :         
mKIAA4 ESVAYTCVNCTERHPAEWRLALEKELQASLKQVLTALLNSRTTSHLLRYRQAAKPPDLNP
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                    : :       .:: .  : ::..: ::...: : ::  : .:.: :.
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       .   . .:  :: ..:.:..:..... .: .: ::...  ..:. .    : :.::::::
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       :::::: ::::...: :. .. :::                 :  . ..   :  .:   
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                    .:: ::::::: ::: ....::::::::::::::::::.:::::::.
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       .:::::::: :: ::.:.:::.: ::::::::::.:: ::.::::.::. :.: :::::.
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       ::.: ::. : :.:  .::.:.:::.::::::...::::.::::. :...:::. :. ::
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        :.:::::: .::::::::::.::::.:::.:: : :.:.: ::  :  ::    ..:  
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       .:.::.:::.   .   .:.   .  : : .:                            
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mKIAA0 SGARIKVPNYSPSRRPLGGVSFGPLPSPGSPSSLTHHIPTVGDSDFPAPPRRSRRPSPLA
                                                                   
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 initn: 1075 init1: 492 opt: 618  Z-score: 289.0  bits: 66.4 E(): 5.9e-11
Smith-Waterman score: 618;  35.587% identity (36.496% ungapped) in 281 aa overlap (1464-1744:1247-1520)

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mKIAA0 QVPKRVGPHLRFEISSDDGFSVEAESLEVAWRTLIEKVQEARGHARLRHLSFSGMSGARL
                                     :  ..: :  .: .... .:  . ..:  :
mKIAA1 EKDGRPVFVIRIVEQGHEDLVLSDSSPKDVWDKILEPVACVRKKSEMLQLFPAYLKGEDL
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mKIAA0 LGIHHDAVIFLAEQLPGAQRCQHYKFRYHQQGEGQEEPPLNPHGAARAEVYLRKCTFDMF
       .:.  .::  .::.:::.. :..: ::: ..   .    .:: : ::.:         : 
mKIAA1 FGLTVSAVARIAESLPGVEACENYTFRYGRNPLMELPLAVNPTGCARSEP-------KMS
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         .   : .   ... . .   .   ..  . ..    . ..:..:   :  : . :: :
mKIAA1 AHVKRPHTLNSTSTSKSFQSTVTGELNAPYSKQFVHSKSSQYRRMKTEWKSNVYLARSRI
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       .: ::.  :.:.   ::::: : .::. .....::.:.... : ::::::.  :.:::. 
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       :. ::.::::: ::: ..:.  :  ..:.: . ::: .:::: ::::: .:: ..:.::.
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          1740    
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       :::  ::...:
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    1510      1520

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 initn: 561 init1: 279 opt: 537  Z-score: 256.3  bits: 59.5 E(): 3.9e-09
Smith-Waterman score: 569;  26.364% identity (30.130% ungapped) in 880 aa overlap (915-1744:3-822)

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                                     :: :  ...:... .:.  . .: .   . 
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                                           10        20        30  

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mKIAA0 GSPSSLTHHIPTVGDSDFPAPPRRSRRPSPLATRPPPSRRTSSPLRTSPQLRVPLSTSVT
         ::.     :.  : : :   ... .:.  .:.::  .:     .:. . :  .. .  
mKIAA0 PRPST-----PAEEDEDDPEREKEAGEPGRPGTKPP--KRDEERGKTQGKHRKSFTLD--
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mKIAA0 ALTPTSGELAPPDLAPSPLPPSEDLGPDFEDMEVVSGLSAADLDFAASLLGTEPFQEEIV
           . :: :  .   :     .:   : :: :   ...:.  .  ::  : .  ..   
mKIAA0 ----SEGEEASQE--SSSEKDEDDDDEDEEDEEQEEAVDATKKEAEASD-GEDEDSDSSS
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mKIAA0 AAGAVGSSQGGPGDSSEEEASPTTHYVHFPVTVVSGPALAPSSL----------AGAPR-
         .  ..:.:  :..:. :.. ..       .  :. .   ::           :. :: 
mKIAA0 QCSLYADSDGENGSTSDSESGSSSSSSSSSSSSSSSSSSESSSEEEEQSAVIPSASPPRE
        140       150       160       170       180       190      

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         : : . :.   ::. ...  .: ..  : :. :          ::   .:: ..:.  
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       ..      .:: ..:  :: :  ::.: ::     ::.    ..: : :. . .     .
mKIAA0 AE----PPAGPPDAA--PRLDERPSSPIPLL---PPPKKRRKTVSFSAAEEAPVPEPSTA
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       :: ... : ::. .    .. . :    : .. .::  .  : ::   ..     .    
mKIAA0 AP-LQAKSSGPVSRKVPRVVERTIRNLPLDHASLVK--SWPEEVARGGRNRAGGRVRSTE
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          .        :.::  ...  .:   :  :       . .:     :::  . : ...
mKIAA0 EEEATESGTEVDLAVLADLALTPARRGLATLPTGDDSEATETSDEAERPSPLLSHILLEH
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mKIAA0 VSTFSGRSPPVPPPNKTPRLDEDGESLEDAHHVPGISGSGFSRVRMKTPTVRGVLDLNNP
         ... . ::. :   .::       :: :  . .. .:  ..: ...: :  : . ..:
mKIAA0 NYALAIKPPPTTP---APR------PLEPAPALAALFSSPADEV-LEAPEVV-VAEAEEP
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mKIAA0 GEQPEEESP---GESQWHHYSAGEASSSEEEPPSPEDKENQVPKR-VGPHLR-----FEI
        .: ... :   :: . .     :. :::    :  :.:. . .: .  : :     .  
mKIAA0 KQQLQQQHPEQEGEEEEEDEEE-ESESSESSSSSSSDEEGAIRRRSLRSHTRRRRPPLPP
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mKIAA0 SSDDGFSVEAESLEVAWRTLIEKVQ------EARGHARLRHLSF-SGMSGARLLGIHHDA
             : : .: :    :..  .       :  .. :: .  . .  :::  :.  : .
mKIAA0 PPPPPPSFEPRS-EFEQMTILYDIWNSGLDLEDMSYLRLTYERLLQQTSGADWLNDTHWV
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mKIAA0 VIFLAE-QLPGAQRCQHYKFRYHQQGEGQEEPPLNPHGAARAEVYLRKCTFDMFNF----
          ... . :  .:  .   : :: : .. :    : .  . . ::  :  .  ..    
mKIAA0 QHTITNLSTPKRKRRPQDGPREHQTGSARSEG-YYPISKKEKDKYLDVCPVSARQLEGGD
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mKIAA0 LASQHRVLPEGATCDEEEDEVQLRSTRRATSLELPMAMRFRHLKKTSKEAVGVYRSAIHG
         . .::: :     .. .. .: :.  ....     ... .::   :. .   :: :: 
mKIAA0 TQGTNRVLSE-----RRSEQRRLLSAIGTSAIMDSDLLKLNQLK-FRKKKLRFGRSRIHE
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mKIAA0 RGLFCKRNIDAGEMVIEYSGIVIRSVLTDKREKFYDGKGIGC-YMFRMDDFDVVDATMHG
        :::  . : : :::::: :  ::....: ::: :  .:::  :.::.:   ..:::  :
mKIAA0 WGLFAMEPIAADEMVIEYVGQNIRQMVADMREKRYVQEGIGSSYLFRVDHDTIIDATKCG
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mKIAA0 NAARFINHSCEPNCFSRVIHVEGQKHIVIFALRRILRGEELTYDYKFPIEDASNKLPCNC
       : :::::: : :::...:: .:.::.:::.. . :   ::.:::::::.::  ::.:: :
mKIAA0 NLARFINHCCTPNCYAKVITIESQKKIVIYSKQPIGVDEEITYDYKFPLED--NKIPCLC
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         1740    
mKIAA0 GAKRCRRFLN
       :.. ::  ::
mKIAA0 GTESCRGSLN
            820  

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 initn: 504 init1: 297 opt: 536  Z-score: 255.7  bits: 59.4 E(): 4.3e-09
Smith-Waterman score: 693;  28.464% identity (34.960% ungapped) in 931 aa overlap (845-1744:67-855)

          820       830       840       850       860       870    
mKIAA0 CSRLYWSTVDARRRCWYRCRILEYRPWGPREEPVYLEAAEENQTIVHSPTPSSEPPNHDD
                                     ::    :.:    :.:     :  : . .:
mKIAA1 SEASEKDNGDSEEEDEEEMTVPGVEEEEEEEEEEEKETAMAAATVVAMAEESMPPVGGQD
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mKIAA0 LPDTDSLIPGDPVHHSPI-QNLDPPLRTDSSNGPPPTPRSFSGARIKVPNYSPSRRPLGG
       . .  . .:  :  ..:. ..:    ..:  ..   .:. ... ... :    . : : :
mKIAA1 FEQDRAEVPLGP--RGPMRESLGTEEEVDI-EAEDEVPE-MQAPELEEPPLPMGARKLEG
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mKIAA0 VSFGPL-PSPGSPSS--LTHHIPT--VGDSDFPAPPRRSRRPSPLATRPPPSRRTSSPLR
           :  :.:.. ..  :. ..:.  . ....:.::... . : :  .: :    : ::.
mKIAA1 SPEPPEEPGPNTQGDMLLSPELPARETEEAQLPSPPEHGPE-SDLDMEPEPPPMLSLPLQ
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mKIAA0 TS---PQLRVPLSTSVTALTPTSGELAPPDLAPSPL-PPSEDLGPDFEDMEVVSGLSAAD
            :.:  : :       :   :   :   : :: :: ::  :       . :: .  
mKIAA1 PPLPPPRLLRPPSP------PPEPETPEPPKPPVPLEPPPEDHPPR------TPGLCG--
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mKIAA0 LDFAASLLGTEPFQEEIVAAGAVGSSQGGPGDSSEEEASPTTHYVHFPVTVVSGPALAPS
            ::  ..  . : : :   :    . :.:.   .::     . : .  : :. .:.
mKIAA1 -----SLAKSQ--STETVPATPGGEPPLSGGSSGLSLSSP-----QVPGSPFSYPSPSPG
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mKIAA0 -SLAGAPRIEQLDGVDDGTD-SEAEAVQQPRGQGTPPSGPGVGRGGVLGAAGDRARP---
        : .: ::         : : : . .  .: :    :  : .  :     .:  : :   
mKIAA1 LSSGGLPRTP-------GRDFSFTPTFPEPSGPLLLPVCP-LPTGRRDERTGPLASPVLL
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mKIAA0 PEDLPSEIVDFVLKNLGGPGEGA-AGPREDSLPSAPPLANGS-QP-PQSLSTSPADPTRT
          ::  .   .   :. :     : ::    :. :::  ..  : :  .. .:. : :.
mKIAA1 ETGLPLPLPLPLPLPLALPVPVLRAQPRPP--PQLPPLLPATLAPCPTPIKRKPGRPRRS
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mKIAA0 FAWLPGAPGVRVLSL-GP-APEPPKPATSKIILVNKLGQVFVKMAGEGEPVAPPVKQPPL
           :  :..  ::: :: .  :: ::         ::. .. . :          ::: 
mKIAA1 ----P--PSM--LSLDGPLVRPPPGPA---------LGRDLLLLPG----------QPPA
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mKIAA0 PPIIPPTAPTSWTLPPGPLLSVLPVVGVGVVRPAPPPPPPPLTLVFSSGPPSPPRQAIRV
       :  : :.:         :   .:   ..:.  :::::: ::        :: :: .. ..
mKIAA1 P--IFPSAHD-------PRAVTLDFRNTGI--PAPPPPLPPQP---PPPPPPPPVESTKL
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mKIAA0 --KRVSTFSGRSPPVPPPNKTPRLDEDGESLEDAHHVPGISGSGFSRVRMKTPTVRGVLD
         :.... .  :  .::    :: ::  :   :  .: :           . :  .   :
mKIAA1 PFKELDN-QWPSEAIPPG---PRRDEVTEEYVDLAKVRGP---------WRRPPKKRHED
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mKIAA0 LNNPGEQPEEESPGESQWHHYSAGEASSSEEEPPSPEDKENQVPKRVGPHLRFEISSDDG
       :  :. .::  :: .  ..  :  :  .   .  .    :...      . :. ...:.:
mKIAA1 LVAPSASPEP-SPPQPLFRPRSEFEEMTILYDIWNGGIDEEDIRFLCVTYERL-LQQDNG
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mKIAA0 FSVEAESLEVAWRTLIEKVQEARGHARLRHLSFSGMSGARLLGIHHDAVIFLAEQLPGAQ
       ..   ..:   :               . : : : .:.:.    ..:..    :.. :  
mKIAA1 MDWLNDTL---W---------------VYHPSTS-LSSAKKKK-REDGI---REHVTGCA
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mKIAA0 RCQHY-------KFRYHQQGEGQ-EEPPLNPHGAARAEVYLRKCTFDMFNFLASQHRVLP
       : . .       :.:: ...... .:::.. .:               ... :. :    
mKIAA1 RSEGFYTIDKKDKLRYLNSSRASTDEPPMDTQG---------------MSIPAQPHASTR
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mKIAA0 EGATCDEEEDEVQLRSTRRATSLELPMAMRFRHLKKTSKEAVGVYRSAIHGRGLFCKRNI
        :.    :. .. : :   . . .:   ..: .::   :. .   .: ::  :::  . :
mKIAA1 AGSERRSEQRRL-LSSFTGSCDSDL---LKFNQLK-FRKKKLKFCKSHIHDWGLFAMEPI
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mKIAA0 DAGEMVIEYSGIVIRSVLTDKREKFYDGKGIGC-YMFRMDDFDVVDATMHGNAARFINHS
        : :::::: :  ::.:..: ::: :. .:::  ::::.:   ..:::  :: :::::::
mKIAA1 AADEMVIEYVGQNIRQVIADMREKRYEDEGIGSSYMFRVDHDTIIDATKCGNFARFINHS
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mKIAA0 CEPNCFSRVIHVEGQKHIVIFALRRILRGEELTYDYKFPIEDASNKLPCNCGAKRCRRFL
       :.:::...:: ::.::.:::.. ..:  .::.::::::::::.  :.:: ::.. ::  :
mKIAA1 CNPNCYAKVITVESQKKIVIYSKQHINVNEEITYDYKFPIEDV--KIPCLCGSENCRGTL
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mKIAA0 N
       :
mKIAA1 N
        

>>mKIAA4065  ( 779 res)   mpj03374                        (779 aa)
 initn: 242 init1: 212 opt: 312  Z-score: 157.6  bits: 41.1 E(): 0.0012
Smith-Waterman score: 312;  40.769% identity (41.732% ungapped) in 130 aa overlap (1598-1726:639-766)

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mKIAA0 TCDEEEDEVQLRSTRRATSLELPMAMRFRHLKKTSKEAVGVYRSAIHGRGLFCKRNIDAG
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mKIAA4 AVRECDPDLCLTCGAADHWDSKNVSCKNCSIQRGSKKHLLLAPSDVAGWGIFIKDPVQKN
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mKIAA0 EMVIEYSGIVIRSVLTDKREKFYDGKGIGCYMFRMD-DFDVVDATMHGNAARFINHSCEP
       :.. :: : .: .  .:.: : :: : .  ..: .. :: ::::: .::  :: ::: .:
mKIAA4 EFISEYCGEIISQDEADRRGKVYD-KYMCSFLFNLNNDF-VVDATRKGNKIRFANHSVNP
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mKIAA0 NCFSRVIHVEGQKHIVIFALRRILRGEELTYDYKFPIEDASNKLPCNCGAKRCRRFLN
       ::...:. :.:...: ::: : :  :::: .::..   ::                  
mKIAA4 NCYAKVMMVNGDHRIGIFAKRAIQTGEELFFDYRYSQADALKYVGIEREMEIP     
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>>mKIAA0388  ( 758 res)   mbh00510                        (758 aa)
 initn: 273 init1: 213 opt: 307  Z-score: 155.6  bits: 40.7 E(): 0.0016
Smith-Waterman score: 307;  43.590% identity (44.737% ungapped) in 117 aa overlap (1611-1726:631-745)

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mKIAA0 TRRATSLELPMAMRFRHLKKTSKEAVGVYRSAIHGRGLFCKRNIDAGEMVIEYSGIVIRS
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mKIAA0 GASEHWDCKVVSCKNCSIQRGLKKHLLLAPSDVAGWGTFIKESVQKNEFISEYCGELISQ
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mKIAA0 VLTDKREKFYDGKGIGCYMFRMD-DFDVVDATMHGNAARFINHSCEPNCFSRVIHVEGQK
         .:.: : :: : .. ..: .. :: ::::: .::  :: ::: .:::...:. :.:..
mKIAA0 DEADRRGKVYD-KYMSSFLFNLNNDF-VVDATRKGNKIRFANHSVNPNCYAKVVMVNGDH
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mKIAA0 HIVIFALRRILRGEELTYDYKFPIEDASNKLPCNCGAKRCRRFLN
       .: ::: : :  :::: .::..   ::                  
mKIAA0 RIGIFAKRAIQAGEELFFDYRYSQADALKYVGIERETDVF     
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