FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA1450.ptfa, 825 aa vs ./tmplib.26680 library 1768192 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.7234+/-0.00486; mu= 19.5171+/- 0.326 mean_var=118.9131+/-27.635, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 0 in 0/36 Lambda= 0.1176 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA1961 ( 1187 res) mbg13668 (1187) 1232 221 7.3e-58 >>mKIAA1961 ( 1187 res) mbg13668 (1187 aa) initn: 2234 init1: 835 opt: 1232 Z-score: 1131.2 bits: 220.8 E(): 7.3e-58 Smith-Waterman score: 2287; 47.368% identity (51.238% ungapped) in 874 aa overlap (2-825:330-1187) 10 20 30 mKIAA1 TDETFSLAEETCSSNPAMVRRKKIAISIIFS .:.:.:..:.:. ::..::.:::::..::: mKIAA1 TRSCASSYQRRWRRSQTTSLENGVFPRWSVEESFNLSDESCGPNPGIVRKKKIAIGVIFS 300 310 320 330 340 350 40 50 60 70 80 90 mKIAA1 LCEREAAQRDFQDFFFSHFPLFESHMNRLKGAIEKAMISCRKISESSLRVQFYVSRLMEA : . : . :..::::::::::::::.::.:::.:: :. ...: : : .:...: mKIAA1 LSKDEDENNKFNEFFFSHFPLFESHMNKLKSAIEQAMKMSRRSADASQRSLAY-NRILDA 360 370 380 390 400 410 100 110 120 130 140 150 mKIAA1 LGEFRGTIWNLYSVPRIAEPVWLTMMSNTLEKNQLCQRFLKEFILLIEQVNKNQFFAALL : ::: :: :::..:::.:::::::::.: ::::::.::.::: .:.:...::::. ::. mKIAA1 LTEFRTTICNLYTMPRIGEPVWLTMMSGTPEKNQLCHRFMKEFTFLMENASKNQFLPALI 420 430 440 450 460 470 160 170 180 190 200 210 mKIAA1 TAVLTYHLAWVPTVMPVDHPPIKAFSEKRTSQSVNMLAKTHPYNPLWAQLGDLYGAIGSP ::::: :::::::::: .:::: : ::..::::.::::::::::::::::::::::::: mKIAA1 TAVLTNHLAWVPTVMPNGQPPIKIFLEKHSSQSVGMLAKTHPYNPLWAQLGDLYGAIGSP 480 490 500 510 520 530 220 230 240 250 260 270 mKIAA1 VRLTRTVVIGKQKDLVQRILYVLTYFLRCSELQENQLSWSGNPSEDDQVIN-GSKIITAL :::.::::.::..:::::.:: ::::.:::::::..: .: ::. .. :. : :.: mKIAA1 VRLARTVVVGKRQDLVQRLLYFLTYFIRCSELQETHLLENG---EDEAIVMPGTVITTTL 540 550 560 570 580 590 280 290 300 310 320 mKIAA1 EKGEVEESEYVVVTVSSEPALVPPILPQGTAERRSPEPTV--VAEISEGVNTSELGHKPE ::::.::::::..:. . . .: . . : :.:. . .. : :: ... .:: mKIAA1 EKGEIEESEYVLITMHRNKS---SLLFKESEETRTPNCNCKYCSHPVLGQNTENVS-QPE 600 610 620 630 640 650 330 340 350 360 370 380 mKIAA1 KNRCKRPEQNSEASSMGFQEAEPDSSWIPQGIFCEDKQNDQEATQD-------CSSSPP- .. . .. . : :. : . ... .. .. .. : :..: : mKIAA1 REDTQDNSKELLGISDECQKISPPDCQEENAVDVQQYRDKLRTCLDTKLETVVCTGSAPA 660 670 680 690 700 710 390 400 410 420 mKIAA1 -------SCEVPRVRRRMDQQTLHSKLH-GETLKKRAEQSAAWPCPDRHSQEDPPVE--- .: :: . .... : : : : ... . : ::.. : mKIAA1 DKCVLSETCLEPREESWQNKELLDSDNHTGTAMRPTGIVVEKKP-PDKNVPSAFSCEVTQ 720 730 740 750 760 770 430 440 450 460 470 mKIAA1 -KVTFHIGSSISPESDFESRTKRM-------------EERLKACGHFHGASASASSSMDT :::: ::.:.::.:: : :.. . :.: : : . .. . ..: :. mKIAA1 TKVTFLIGDSMSPDSDTELRSQAVVDQINRHHSEPLKEDRGVADKH-QESKITKDQSEDS 780 790 800 810 820 480 490 500 510 520 530 mKIAA1 GLTQEQQGSGCSFKADFEKDITPQDHSSGGEGVSEDRGLRANMTHAVGQLSQVDGPLAHS . .: .: . ..: :.. : : ..: .... : ...:. . mKIAA1 DTQNIVSGESCELPCWSHSD--PESMSLFDEYFNDD-SIETRTIDDVPVKTSTDSK--EY 830 840 850 860 870 880 540 550 560 570 580 mKIAA1 LCAAESGRRLLEQTRDVQLKGYKGPSS--EPVPNRC--RQQGGLLIAADVPYGD--ASGK : : .:: .: . . : . . : : .:. .. ::.:: .: : mKIAA1 CCMLEYPKRLYTKTNKQKSELCKCIETVHQDSCNACFPQQDQRNSLSILVPHGDKESSDK 890 900 910 920 930 940 590 600 610 620 630 640 mKIAA1 GN-YRSEGDIPRNESLDSALGDSDDEACVLALL-ELGHSC--DRTEESLEVELPLPRSQ- : .: ::::::: :::::::..: . . : : :. . . : :.:.: :. mKIAA1 KNAVGTEWDIPRNESSDSALGDSESEDTGPDIRRQAGGYCGGDQEDWTEEDEIPFPGSKL 950 960 970 980 990 1000 650 660 670 680 690 700 mKIAA1 ---STSKANVRNFGRSLLAGYCATYMPDLVLHGTSSDEKLKQCLAADLVHTVHHPVLDEP :. . :. :::::::.:::..:.::.::.: ..::.:.:::..:: :.:.::::::: mKIAA1 IEVSAVQPNIANFGRSLLGGYCSSYVPDFVLQGIGNDERLRQCLVSDLSHAVQHPVLDEP 1010 1020 1030 1040 1050 1060 710 720 730 740 750 760 mKIAA1 IAEAVCIIADTDKWTVQVATSQRKVTDTMKLGQDVLVSSQVSSLLQSILQLYKLHLPADF :::::::::: ::::::::.:::.:::. :::..::::: ::.::.: ::::: .: .: mKIAA1 IAEAVCIIADMDKWTVQVASSQRRVTDN-KLGKEVLVSSLVSNLLHSTLQLYKHNLSPNF 1070 1080 1090 1100 1110 1120 770 780 790 800 810 820 mKIAA1 CIMHLEDRLQEMYLKSKMLSEYLRGHTRVHVKELSVVLGIESNDLPLLTAIASTHSPYVA :.:::::::::.:.:::::::::::. :::::::.:::::::.:::::.:.::::::::: mKIAA1 CVMHLEDRLQELYFKSKMLSEYLRGQMRVHVKELGVVLGIESSDLPLLAAVASTHSPYVA 1130 1140 1150 1160 1170 1180 mKIAA1 QILL :::: mKIAA1 QILL 825 residues in 1 query sequences 1768192 residues in 2168 library sequences Scomplib [34t11] start: Mon Mar 27 10:45:11 2006 done: Mon Mar 27 10:45:12 2006 Scan time: 0.960 Display time: 0.090 Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]