# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbg06261.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0644.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0644, 837 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7899730 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9281+/-0.000199; mu= 11.0988+/- 0.011 mean_var=111.5105+/-21.476, 0's: 25 Z-trim: 128 B-trim: 115 in 2/63 Lambda= 0.121455 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|26341944|dbj|BAC34634.1| unnamed protein produc ( 739) 3708 661.0 5.1e-187 gi|76880480|ref|NP_055632.2| hypothetical protein ( 811) 3607 643.3 1.2e-181 gi|109067028|ref|XP_001088293.1| PREDICTED: simila ( 811) 3550 633.3 1.2e-178 gi|73976539|ref|XP_539495.2| PREDICTED: similar to ( 915) 3239 578.9 3.3e-162 gi|126341798|ref|XP_001381576.1| PREDICTED: hypoth ( 812) 2912 521.6 5.3e-145 gi|194375734|dbj|BAG57211.1| unnamed protein produ ( 369) 1952 353.0 1.3e-94 gi|224045322|ref|XP_002193406.1| PREDICTED: hypoth ( 730) 1878 340.3 1.7e-90 gi|47229422|emb|CAF99410.1| unnamed protein produc ( 818) 1392 255.2 8.1e-65 gi|94482750|gb|ABF22370.1| hypothetical protein LO ( 816) 1368 251.0 1.5e-63 gi|109053944|ref|XP_001095878.1| PREDICTED: carbox ( 545) 639 123.1 3.1e-25 gi|169642247|gb|AAI60859.1| Unknown (protein for I ( 543) 616 119.1 5.1e-24 gi|210105168|gb|EEA53182.1| hypothetical protein B (1200) 613 118.9 1.3e-23 gi|149020006|gb|EDL78154.1| rCG36501 [Rattus norve ( 565) 608 117.7 1.4e-23 gi|151556892|gb|AAI49123.1| CPN2 protein [Bos taur ( 548) 603 116.8 2.5e-23 gi|210107996|gb|EEA55913.1| hypothetical protein B ( 907) 605 117.4 2.8e-23 gi|210090992|gb|EEA39254.1| hypothetical protein B ( 634) 595 115.5 7.4e-23 gi|52782751|sp|Q9DBB9.2|CPN2_MOUSE RecName: Full=C ( 547) 582 113.1 3.2e-22 gi|19388017|gb|AAH25836.1| Cpn2 protein [Mus muscu ( 562) 582 113.1 3.3e-22 gi|12836704|dbj|BAB23775.1| unnamed protein produc ( 570) 582 113.1 3.3e-22 gi|148665304|gb|EDK97720.1| carboxypeptidase N, po ( 574) 582 113.1 3.3e-22 gi|194223850|ref|XP_001493756.2| PREDICTED: simila ( 631) 580 112.8 4.5e-22 gi|210103014|gb|EEA51055.1| hypothetical protein B ( 530) 574 111.7 8.3e-22 gi|223649494|gb|ACN11505.1| Leucine-rich repeat-co ( 592) 573 111.6 1e-21 gi|90823112|gb|ABE01082.1| insulin-like growth fac ( 611) 572 111.4 1.2e-21 gi|210105169|gb|EEA53183.1| hypothetical protein B (2123) 573 112.1 2.5e-21 gi|210130150|gb|EEA77822.1| hypothetical protein B ( 461) 553 108.0 9.6e-21 gi|210114080|gb|EEA61842.1| hypothetical protein B (1504) 559 109.5 1.1e-20 gi|149052067|gb|EDM03884.1| insulin-like growth fa ( 603) 544 106.5 3.5e-20 gi|149052066|gb|EDM03883.1| insulin-like growth fa ( 603) 543 106.3 3.9e-20 gi|12836483|dbj|BAB23677.1| unnamed protein produc ( 603) 543 106.3 3.9e-20 gi|164691033|dbj|BAF98699.1| unnamed protein produ ( 605) 539 105.6 6.4e-20 gi|2498124|sp|P70389.1|ALS_MOUSE RecName: Full=Ins ( 603) 538 105.5 7.2e-20 gi|148690425|gb|EDL22372.1| insulin-like growth fa ( 664) 537 105.3 8.7e-20 gi|7769619|gb|AAF69480.1|AF220294_3 Als splice var ( 687) 537 105.3 8.9e-20 gi|210095240|gb|EEA43408.1| hypothetical protein B ( 848) 529 104.0 2.7e-19 gi|149442476|ref|XP_001520129.1| PREDICTED: simila ( 641) 526 103.4 3.2e-19 gi|194210804|ref|XP_001492514.2| PREDICTED: simila ( 776) 525 103.3 4.2e-19 gi|118098220|ref|XP_425222.2| PREDICTED: similar t ( 574) 518 101.9 7.9e-19 gi|51980481|gb|AAH81550.1| Cpn2 protein [Mus muscu ( 413) 516 101.4 7.9e-19 gi|126335486|ref|XP_001365302.1| PREDICTED: simila ( 782) 519 102.2 8.7e-19 gi|74002988|ref|XP_545164.2| PREDICTED: similar to ( 614) 515 101.4 1.2e-18 gi|114660353|ref|XP_001172738.1| PREDICTED: insuli ( 551) 514 101.2 1.2e-18 gi|210099022|gb|EEA47123.1| hypothetical protein B ( 506) 510 100.5 1.9e-18 gi|47225715|emb|CAG08058.1| unnamed protein produc ( 486) 509 100.3 2.1e-18 gi|149411417|ref|XP_001511854.1| PREDICTED: simila ( 545) 509 100.3 2.3e-18 gi|118095116|ref|XP_001232053.1| PREDICTED: simila ( 562) 508 100.2 2.6e-18 gi|73959574|ref|XP_547189.2| PREDICTED: similar to ( 676) 506 99.9 3.8e-18 gi|92111118|gb|ABE73450.1| acid-labile subunit [Su ( 606) 505 99.7 4e-18 gi|224069631|ref|XP_002191841.1| PREDICTED: simila ( 610) 503 99.3 5.1e-18 gi|210122693|gb|EEA70398.1| hypothetical protein B ( 678) 501 99.0 7e-18 >>gi|26341944|dbj|BAC34634.1| unnamed protein product [M (739 aa) initn: 3708 init1: 3708 opt: 3708 Z-score: 3513.8 bits: 661.0 E(): 5.1e-187 Smith-Waterman score: 3708; 100.000% identity (100.000% similar) in 552 aa overlap (130-681:1-552) 100 110 120 130 140 150 mKIAA0 CTNRGLRAVPKTSSLPSPQDVLTYSLGGNFITNITAFDFHRLGQLRRLDLQYNQIRSLHP :::::::::::::::::::::::::::::: gi|263 ITNITAFDFHRLGQLRRLDLQYNQIRSLHP 10 20 30 160 170 180 190 200 210 mKIAA0 KTFEKLSRLEELYLGNNLLQALVPGTLAPLRKLRILYANGNEIGRLSRGSFEGLESLVKL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|263 KTFEKLSRLEELYLGNNLLQALVPGTLAPLRKLRILYANGNEIGRLSRGSFEGLESLVKL 40 50 60 70 80 90 220 230 240 250 260 270 mKIAA0 RLDGNVLGALPDAVFAPLGNLLYLHLESNRIRFLGKNAFSQLGKLRFLNLSANELQPSLR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|263 RLDGNVLGALPDAVFAPLGNLLYLHLESNRIRFLGKNAFSQLGKLRFLNLSANELQPSLR 100 110 120 130 140 150 280 290 300 310 320 330 mKIAA0 HAATFVPLRSLSTLILSANSLQHLGPRVFQHLPRLGLLSLSGNQLTHLAPEAFWGLEALR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|263 HAATFVPLRSLSTLILSANSLQHLGPRVFQHLPRLGLLSLSGNQLTHLAPEAFWGLEALR 160 170 180 190 200 210 340 350 360 370 380 390 mKIAA0 ELRLEGNRLNQLPLTLLEPLHSLEALDLSGNELSALHPATFGHQGRLRELSLRDNALSAL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|263 ELRLEGNRLNQLPLTLLEPLHSLEALDLSGNELSALHPATFGHQGRLRELSLRDNALSAL 220 230 240 250 260 270 400 410 420 430 440 450 mKIAA0 SGDIFAASPALYRLDLDGNGWTCDCRLRGLKRWMGNWHSQGRLLTVFVQCRHPPALRGKY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|263 SGDIFAASPALYRLDLDGNGWTCDCRLRGLKRWMGNWHSQGRLLTVFVQCRHPPALRGKY 280 290 300 310 320 330 460 470 480 490 500 510 mKIAA0 LDYLDDQLLQNGSCVDPSPSPTAGSRQWPLPTSSEEGMTPPAGLSQELPLQPQPQPQQRG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|263 LDYLDDQLLQNGSCVDPSPSPTAGSRQWPLPTSSEEGMTPPAGLSQELPLQPQPQPQQRG 340 350 360 370 380 390 520 530 540 550 560 570 mKIAA0 RLLPGVAWGGAAKELVGNRSALRLSRRGPGPHQGPSAAAPGSAPQSLDLHEKPGRGRHTR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|263 RLLPGVAWGGAAKELVGNRSALRLSRRGPGPHQGPSAAAPGSAPQSLDLHEKPGRGRHTR 400 410 420 430 440 450 580 590 600 610 620 630 mKIAA0 ANLSQTEPTPTSEPASGTPSARDSWQRAAKQRLASEQQESAVQSVSGVGLPPLVSDPCDF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|263 ANLSQTEPTPTSEPASGTPSARDSWQRAAKQRLASEQQESAVQSVSGVGLPPLVSDPCDF 460 470 480 490 500 510 640 650 660 670 680 690 mKIAA0 NKFILCNLTVEAVSANSASVRWAVREHRSPRPQGGARFRLLFRPLWPAAQVPALRLPAGA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|263 NKFILCNLTVEAVSANSASVRWAVREHRSPRPQGGARFRLLFDRFGQQPKFQRFVYLPER 520 530 540 550 560 570 700 710 720 730 740 750 mKIAA0 QRLGHAARAARRHPLPSMRGGCARGSRLPRGPPRPLRRVSNPARGRRSRWRRLPAPDLGL gi|263 SDSATLHELRGDTPYLVCVEGVLGGRVCPVAPRDHCAGLVTLPEAGGRGGVDYQLLTLVL 580 590 600 610 620 630 >>gi|76880480|ref|NP_055632.2| hypothetical protein LOC9 (811 aa) initn: 2895 init1: 2895 opt: 3607 Z-score: 3417.7 bits: 643.3 E(): 1.2e-181 Smith-Waterman score: 3607; 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