FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA4048.ptfa, 1363 aa vs ./tmplib.26680 library 1767654 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.2326+/-0.00847; mu= -11.7841+/- 0.561 mean_var=368.4040+/-88.009, 0's: 0 Z-trim: 13 B-trim: 0 in 0/36 Lambda= 0.0668 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA0300 ( 1352 res) mbg03146 (1352) 411 55 1.5e-07 >>mKIAA0300 ( 1352 res) mbg03146 (1352 aa) initn: 604 init1: 288 opt: 411 Z-score: 228.1 bits: 54.6 E(): 1.5e-07 Smith-Waterman score: 750; 27.134% identity (32.801% ungapped) in 984 aa overlap (479-1349:422-1348) 450 460 470 480 490 500 mKIAA4 SPVHCLTLNEVYTILSHCDPGPVPIIVSRHPDPQVSEQQLKEAVAQAVEGVKFGKDRHQW :.::.....:..::.. . : mKIAA0 KRLNSKSKASPEAPVASPAKGGRTDHRKSLPSPQAAHKMLSKAVSHRL---------HIA 400 410 420 430 440 510 520 530 540 550 560 mKIAA4 SLEGVKRLESSWHGRPTLEKEREKHSAPPHRRAQKIMVRSSSDSSYMSGSPGGSPCSAGA . : : .. : : : :: :. . :.::.: . . :: .. mKIAA0 DQEEPKNTAGDTSKPPQCVPE----SKPPLA-ASGSLRTSASDTSIRTIT---SPLTS-- 450 460 470 480 490 570 580 590 600 610 mKIAA4 EPQPSEREGSTHSPSLSPGEEQEP-CPGVPSRPQQESP--PLPESLERESHPP------- :.: ..:... .. :.. ::.. ::: . .: .:.. : mKIAA0 -PKPLPEQGANNRFHMAVYLESDTSCPAT-SRPPRYGPEGKVPHANSGSVSPSASRTNIA 500 510 520 530 540 550 620 630 640 650 660 670 mKIAA4 ---LRLKKSF---EILVRKPTSSKPKPPPRK-YFKNDSEPQKKLEEKEKVTDPSGHTLP- .: .:.: .. . ...:. .: : :.: .. .. :. . :.. .: mKIAA0 LAGVRQSKQFTHSRVDLVLTEAAQPQGISEKGTEKMASDPLERTNQL-KIIEISSERMPK 560 570 580 590 600 680 690 700 710 mKIAA4 -TCSQET----RE---LLPLLLQEDTAGRAPCTAACCPG-PAASTQTSSSTEGESR---- .:... :. : :: .. : .: : : . .:. : : : mKIAA0 NACGDKPPGSDRKGGFLTQSNCQEKSSVRLRQSAESSPKQPHFPPSQASQGEQEMRWSYS 610 620 630 640 650 660 720 730 740 750 760 770 mKIAA4 ----RSASPETPASPGKHPLLK--RQARMDYSFDITAEDPWVRISDCIKNLFSPIMSENH :.:: .: :.: : . ....: : . . : .. :.: . mKIAA0 MARLASSSPSAPQLPSKMPDYSQGKSSQMPASVGVPKNGVPVGLAGEEPPYFTPRPATRT 670 680 690 700 710 720 780 790 800 810 820 mKIAA4 SHTPLQPNTSLGEEDGTQGCPEGGLS--KMDAANGAPRVYKSADGSTVKKGPPVAPKPAW : : .. .:.: . : . . .. : .:. ::: : : ..: . :: mKIAA0 YSMPAQFSSHFGREGLSPPSPSHSPQDPQVTAMSGSLS-EKSAKGVTNEQGV-YSVKPL- 730 740 750 760 770 780 830 840 850 860 870 mKIAA4 FRQSLKGLRNRAP----DPRRPPEVASAIQPT--PVSR-----DPPGPQPQASS-SIRQR :. ::: : : :: ::.. : :.: . :. ..: :..:: mKIAA0 ----LETLRNPPPVDVGDVSAVPE-ASGLIPDKLKVTRRHYYCEQSWPHESTSFFSVKQR 790 800 810 820 830 840 880 890 900 910 920 930 mKIAA4 ISSFENFGSSQLPDRGVQRLSLQPSSGETTKFPGKQDGGRFSGLLGQGATVTAKHRQTEV :.::::...: :: . . . .: . ..: : .. : :: . .: . :. . mKIAA0 IKSFENLANS---DRPAAKSATSPFLSVSSKPPVNR---RSSGSITSGRPSDGTARSLR- 850 860 870 880 890 940 950 960 970 980 mKIAA4 ESMSTTFPNSSEVRD--PGLPESPPP------GQRP---STKALSPDPLLRL------LT .:.:. :.::. . : . .:: : : ..:. :::: : .. mKIAA0 RSLSSCSENQSEASSLLPQMTKSPSSVTLTVSRQNPPETNNKGHSPDPKKSLVPVGIPIS 900 910 920 930 940 950 990 1000 1010 1020 mKIAA4 TQSEDTQGPGLKMPSQRARSFPLTRTQSCETKL-----LDEKAS-KLYSIS-------SQ : : . : ..:. :..:.. : . ::. : . :: : .: mKIAA0 TGSPASPIKRNKSSVRHAQPSPVSRSKLQELRALSMPDLDKLCSGEDYSASPGAVLFRTQ 960 970 980 990 1000 1010 1030 1040 1050 1060 mKIAA4 LSSAVMKSL---LCLPSS--------------VSC---GQITCIPKERVSPKSPCNNSSA : . .: :.: .:: : :: :: : .. mKIAA0 LEITPRRSQGSPATSPASSPARGHADVNGSAFLSCPVNGGNRVYPKGNSSPTVPTGSREW 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1070 1080 1090 1100 1110 1120 mKIAA4 AEGFGEAMASDTGFSLNLSELREYSEGLTEPGETEDRNHCSSQAGQSVISLL-SAEELEK .:.. .:: : ..:.::..: :. : .: :.:.::. : . mKIAA0 GESL-RAMPSGKSWSVNLDQL------LASVGY--------QQRLQAVLSLVGSKSPILP 1080 1090 1100 1110 1130 1140 1150 1160 1170 1180 mKIAA4 LIEEVRVLDEATLKQLDSIHVTILHKEEGAGLGFSLAGGADLENKVITVHRVFPNGLASQ ::.:... .: ..: .:.:.::.:::::.:::::.: . . ::::: .:.::: mKIAA0 LIQEAKAQSENK----EDICFIVLNKKEGSGLGFSVAGGADVEPESVLVHRVFSQGVASQ 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1190 1200 1210 1220 1230 1240 mKIAA4 EGTIQKGNEVLSINGKSLKGATHNDALAILRQARDPRQAVIVTRRTTVEATHDLNSSTDS :::...:. .::.:: :: : .:... .:.::. ...... .. . . .. . : mKIAA0 EGTVSQGDFLLSVNGTSLAGLSHSEVTKVLHQAELHKHVLMIIKKGNDQPRPSFRQEPPS 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1250 1260 1270 1280 1290 mKIAA4 AASAS--AASDISVE-------SKEATVCTVTLEKTSAGLGFSLEGGKGSLHGDKPLTIN : . . . .: . . ..:. .: :::::::.::.:::.:. :: ::.:. mKIAA0 ANGKAPFPRRTLPLEPGAGRNGAAHDALCVEVL-KTSAGLGLSLDGGKSSIAGDGPLVIK 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 mKIAA4 RIFKG--TEQGEMVQPGDEILQLAGTAVQGLTRFEAWNVIKALPDGPVTIVIRRTSLQCK :...: .::. .. ::::: . : . ::..:.:::..:..:.::: .:::. mKIAA0 RVYQGGAAEQAGTIEAGDEILAINGKPLVGLVHFDAWNIMKSVPEGPVQLVIRKHRDS 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 mKIAA4 QTTASADS 1363 residues in 1 query sequences 1767654 residues in 2168 library sequences Scomplib [34t11] start: Mon Mar 27 11:00:15 2006 done: Mon Mar 27 11:00:16 2006 Scan time: 1.310 Display time: 0.130 Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]