FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
../query/mKIAA0347.ptfa, 1267 aa
vs ./tmplib.26680 library
1767750 residues in 2168 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.8223+/-0.00722; mu= -5.4474+/- 0.475
mean_var=327.3351+/-81.315, 0's: 0 Z-trim: 9 B-trim: 0 in 0/36
Lambda= 0.0709
FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(2168)
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mKIAA1779 ( 525 res) mbg18125 ( 525) 397 55 3.9e-08
>>mKIAA0482 ( 1331 res) mfj10183 (1331 aa)
initn: 2783 init1: 1678 opt: 1799 Z-score: 1008.3 bits: 198.8 E(): 5.1e-51
Smith-Waterman score: 3101; 45.105% identity (51.951% ungapped) in 1328 aa overlap (2-1255:52-1278)
10 20 30
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:. :: : : ::: .: ..: :
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30 40 50 60 70
40 50 60 70 80
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:. : .:.: .: :::::: :.: .:.: :. . :::. .: .:::..
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80 90 100 110 120 130
90 100 110 120 130
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::: . :. :. . .:. :::::::::::::.: ..:::. .:.:::..:: .
mKIAA0 TNSQSPSPPSSSIAYSLLSASSEQDNPSTSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPE
140 150 160 170 180 190
140 150 160 170 180 190
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...::...:::::.::: ::::.::.:::: :..::..:. .::.:..: :::::
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200 210 220 230 240 250
200 210 220 230 240 250
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..: : :.::::...:.:.:::.:.. ...::.:.: :.: :.:::.::.::.. :::
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260 270 280 290 300 310
260 270 280 290 300
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.:: : :. ::: .:::: :: :::. : .. ::::::.:::..:.. .
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320 330 340 350 360
310 320 330 340 350 360
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.:: .: ::::.:.:.:::::::::::.:::::: :::.:::: :::::.::::::::::
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370 380 390 400 410 420
370 380 390 400 410 420
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. .:::. ::: :::::::::::::: .:::::.::::: .:::::.:.::::..:..::
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430 440 450 460 470 480
430 440 450 460 470 480
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:::..:..::::::..:::::: .. : : .: :: .:::.:::::::.::: :
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490 500 510 520 530 540
490 500 510 520 530 540
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. .: ..: : : : ::::::: . :. . . : .: :. ...: :
mKIAA0 SPTGLCGVGPLMSPGPLHSPGSSSDSNGGDAEGPGPPAPV--TFQQICKDVHLVKHQGQQ
550 560 570 580 590 600
550 560 570 580
mKIAA0 KEASVAEMQSSPP------------AQVKAVTTIERDSSGASLP-KASF---PEELAYKN
: ...:: :.: . . . : .: .::. ::: :.
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610 620 630 640 650
590 600 610 620 630
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::::::.::::..::::::. .: :::: . :. .: . :
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660 670 680 690 700 710
640 650 660 670 680 690
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: .. :::.: : : . :.. :: :.: .:::::::.:::::.::::::::::::
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720 730 740 750 760 770
700 710 720 730 740
mKIAA0 QPE-----LETVEDMASGPESLDGAAGGLSQEKGP--LQKLGLTKEVLAAHTQREEQGFL
:: .: . .: :: . . .. . : . .:::: ::. :::.:::.::
mKIAA0 -PESDIIMMEDLPGLAPGPAPSPAPSPTVAPDPTPDAYRPVGLTKAVLSLHTQKEEQAFL
780 790 800 810 820 830
750 760 770 780 790 800
mKIAA0 QRFREVSRLSALQAHCQNYLQERSRAQASDRGLRNTSGLESSWKKTGKNRKLKSKRVKTR
.:::...:: .: . : . : . : . . :. .. .:: ..:
mKIAA0 NRFRDLGRLRGL---------DTSSVAPS------APGCHHGPIPPGRRHHCRSKAKRSR
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..: : ::: :. .. : : .. .:::. : ::::::. :
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890 900 910 920 930
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mKIAA0 IVSTPGTVVAPPAATHTGFTMPVVPMGTQPEFAVQPLPFAAPLA-PVMAFMLPSYPFPPA
: ::: : .:.: : .::. :..:..::.: ::
mKIAA0 -----GPQPLPPAPT-----------------SVSPATFPSPLVTPMVALVLPNYLFP--
940 950 960
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:: :: :. .. . . ::::.. :: : : :..:: :
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970 980 990 1000
990 1000 1010 1020 1030 1040
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. :::.:: :::::::::::::.:. :::. : :..:. : . :. .:.:
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1010 1020 1030 1040 1050 1060
1050 1060 1070 1080 1090
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: ....:.::.: :::::.::: :: :.:::: : : .:. ... ::.: : .::
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1070 1080 1090 1100 1110 1120
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: . ::..:::::::::::::: . : :: ..: :: ::::::::::::.:. .
mKIAA0 ASITRSSQSSHTSKYFGSIDSSEAEAGAARA-RTEPGDQVIKCVLQDPIWLLMANADQRV
1130 1140 1150 1160 1170 1180
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mKIAA0 MMTYQLPSRDLQAVLKEDQEKLKLLQRSQPRFTEGQRRELREVHPWVHTGGLPTAIDVTG
:::::.:::: .:::.:.:.:. .:..::::.: ::::: :: ::. : :: :.:::.
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1190 1200 1210 1220 1230 1240
1220 1230 1240 1250 1260
mKIAA0 CVYCES--EEKGNICLPYEEDSPSPGLCDTSEAKEEEGEQLTGPRIEAQT
:: : : .. :. : . . :: :. : :
mKIAA0 CVDCGSSVQDPGHSDDPLFSELDGLGLEPMEEGGGEGGGCGVGGGGGDGGEEAQTQIGAK
1250 1260 1270 1280 1290 1300
mKIAA0 GSSSQDSAMEEEEQGGGSSSPALPAEENSTS
1310 1320 1330
>>mKIAA1779 ( 525 res) mbg18125 (525 aa)
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Smith-Waterman score: 460; 32.511% identity (37.662% ungapped) in 446 aa overlap (587-1010:106-512)
560 570 580 590 600 610
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..:: ::::..:.::::::: : : : :
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80 90 100 110 120 130
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mKIAA0 KRKCEFPANIPS--RKATVSPGLHSGEA-------ARPSKVTSHTEVSAHLSSLTLPGKA
:::: .: : ..: : . :.. : ...:. . .. :: :
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140 150 160 170 180 190
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mKIAA0 ESVVSLTSQCSYSSTIVHVGDKKPQPELETVEDMASGPESLDGAAGGLSQEKGPLQKLGL
::.: :::: ::: :. : . :.: .: : .: :. :. : ....::
mKIAA1 LSVASGISQCSCSSTSGHA----PPLQSESVA-VACKPWALRTKASHLAA--GGFKHVGL
200 210 220 230 240
730 740 750 760 770 780
mKIAA0 TKEVLAAHTQREEQGFLQRFREVSRLSALQAHCQNYLQERSRAQASDRGLRNTSGLESSW
: ::.::::.:::....:::: .. . : :::..:: .:. .. : . :
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250 260 270 280 290 300
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. .:..:. : :: : .... :. . : . :: . :.:: . . . :
mKIAA1 RCAGSERQ-KHKRKKLPAPVDTSSPGAHLC--PHVTGLLPDEQHWGPSASPSPLGAGLAF
310 320 330 340 350
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:.: ::. : :: : ..: :. :. .. .: : :... :. :: .:
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360 370 380 390 400 410
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.: . .:...: . :. : : : : .:.: .::..: ..: :
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420 430 440 450 460
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520
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Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]