FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
 version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 ../query/mKIAA0214.ptfa, 776 aa
 vs ./tmplib.26680 library

1768241 residues in  2168 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2701+/-0.00495; mu= 14.7865+/- 0.332
 mean_var=116.4155+/-26.037, 0's: 0 Z-trim: 1  B-trim: 0 in 0/36
 Lambda= 0.1189

FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                       opt bits E(2168)
mKIAA4032  ( 749 res)   mpg00417                   ( 749) 3312  579 4.7e-166


>>mKIAA4032  ( 749 res)   mpg00417                        (749 aa)
 initn: 3259 init1: 2524 opt: 3312  Z-score: 3073.6  bits: 579.4 E(): 4.7e-166
Smith-Waterman score: 3312;  66.306% identity (66.757% ungapped) in 739 aa overlap (40-775:9-745)

      10        20        30        40        50        60         
mKIAA0 CEGLLPARNEMSLLFSRCNSIVTVKKDKRHMAEVNASPLKHFVTAKKKINGIFEQLGAYI
                                     :::. .::::::: ::: :..:: ::  ..
mKIAA4                       GKALSRCIMAET-VSPLKHFVLAKKAITAIFGQLLEFV
                                     10         20        30       

      70        80        90       100       110       120         
mKIAA0 QESASFLEDTHRNTELDPVTTEEQVLDVKGYLSKVRGISEVLARRHMKVAFFGRTSNGKS
        :.. :.: :.:: ::: ...:.......:: .:.  :.:::.:::::::::::::.:::
mKIAA4 TEGSHFVEATYRNPELDRIASEDDLVEIQGYRNKLAVIGEVLSRRHMKVAFFGRTSSGKS
        40        50        60        70        80        90       

     130       140       150       160       170       180         
mKIAA0 TVINAMLWDKVLPSGIGHTTNCFLRVGGTDGHEAFLLTEGSEEKKSVKTVNQLAHALHQD
       .::::::::::::::::::::::: : :::: .:.:.::::.::::::::::::::::.:
mKIAA4 SVINAMLWDKVLPSGIGHTTNCFLSVEGTDGDKAYLMTEGSDEKKSVKTVNQLAHALHMD
       100       110       120       130       140       150       

     190       200       210       220       230       240         
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       ..:.:: .: :.::..:: ::.:::::.:::: ::::::: :::::::::::::::::::
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     250       260       270       280       290       300         
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       ::::.:::.:::::.::::.:::::::::::::::::::::.:::::::::  :::.:: 
mKIAA4 STLMNTEKHFFHKVNERLSKPNIFILNNRWDASASEPEYMEDVRRQHMERCLHFLVEELK
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     310       320       330       340       350       360         
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       ::. ..: .:::::::::::..: .:::::::::::::::::.:. ::::::. ::::::
mKIAA4 VVSPSEARNRIFFVSAKEVLNSRKHKAQGMPEGGGALAEGFQARLQEFQNFEQTFEECIS
       280       290       300       310       320       330       

     370       380       390       400       410       420         
mKIAA0 QSAVKTKFEQHTVRAKQIAEAVRLIMDSLHIAAQEQRVYCLEMREERQDRLRFIDKQLEL
       ::::::::::::.::::: ..:. :.::...:: :.::: .: ::.. ::: :: .:..:
mKIAA4 QSAVKTKFEQHTIRAKQILDTVKNILDSVNVAAAEKRVYSMEEREDQIDRLDFIRNQMNL
       340       350       360       370       380       390       

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mKIAA0 LAQDYKLRIKQITEEVERQVSTAMAEEIRRLSVLVDEYQMDFHPSPVVLKVYKNELHRHI
       :. : : .::..::::  .:: ::..:: ::::::::.  .:::.: ::::::.::..::
mKIAA4 LTLDVKKKIKEVTEEVANKVSCAMTDEICRLSVLVDEFCSEFHPTPSVLKVYKSELNKHI
       400       410       420       430       440       450       

     490       500       510       520       530       540         
mKIAA0 EEGLGRNLSDRCSTAIASSLQTMQQDMIDGLKPLLPVSMRNQIDMLVPRQCFSLSYDLNC
       :.:.::::.:::.. . .:.   ::..:..::::::....:..  :.: . :.:::::::
mKIAA4 EDGMGRNLADRCTNEVNASILQSQQEIIENLKPLLPAGIQNKLHTLIPCKKFDLSYDLNC
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mKIAA0 DKLCADFQEDIEFHFSLGWTMLVNRFLGPKNSRRALLGYSD---QVQRPLPLTPANPSMP
        :::.:::::: :.:::::. ::.::::  :..:.::: :.   :: : :  ::. :: :
mKIAA4 HKLCSDFQEDIVFRFSLGWSSLVHRFLGSTNAQRVLLGLSEPIFQVPRSLASTPTAPSNP
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         :... .:::::....::::::::::::::.:::::.::.:::.::......:: ::.:
mKIAA4 AAPDNA-AQEELMITLITGLASLTSRTSMGIIVVGGVIWKTVGWKLISVTLSMYGALYLY
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       :::::::.:::::::.:::.::.::::.:.:.:..:::::::::.. :::.::::::.:.
mKIAA4 ERLTWTTRAKERAFKQQFVNYATEKLQMIVSFTSANCSHQVQQEMATTFARLCQQVDVTQ
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        .::.::: ..:... :...:. .:::::::  :.:::. :..:.:.::    
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        700       710       720       730       740         




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Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]