# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbg06040.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0708.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0708, 2228 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7913424 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7050+/-0.000197; mu= 15.2774+/- 0.011 mean_var=103.2771+/-19.603, 0's: 34 Z-trim: 65 B-trim: 6 in 1/64 Lambda= 0.126204 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 43, opt: 31, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|124486737|ref|NP_001074804.1| cullin 9 [Mus mus (2520) 10221 1873.3 0 gi|114607517|ref|XP_518908.2| PREDICTED: p53-assoc (2517) 8574 1573.4 0 gi|57015409|sp|Q8IWT3.2|PARC_HUMAN RecName: Full=p (2517) 8553 1569.6 0 gi|56204987|emb|CAI20204.1| novel protein [Homo sa (2518) 8551 1569.2 0 gi|27263233|gb|AAN61516.1| p53-associated parkin-l (2517) 8548 1568.7 0 gi|73972895|ref|XP_538930.2| PREDICTED: similar to (2522) 8548 1568.7 0 gi|51476711|emb|CAH18328.1| hypothetical protein [ 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simila (2182) 3800 704.2 4.1e-199 gi|189527423|ref|XP_001339355.2| PREDICTED: simila (2115) 3621 671.6 2.6e-189 gi|119624569|gb|EAX04164.1| p53-associated parkin- ( 948) 3547 657.8 1.7e-185 gi|126310040|ref|XP_001364391.1| PREDICTED: simila (1389) 3399 631.0 2.8e-177 gi|73972979|ref|XP_538928.2| PREDICTED: similar to (1683) 3301 613.2 7.6e-172 gi|47222359|emb|CAG05108.1| unnamed protein produc (2549) 3295 612.3 2.2e-171 gi|194223516|ref|XP_001497411.2| PREDICTED: simila (1692) 3284 610.1 6.5e-171 gi|119915253|ref|XP_580700.3| PREDICTED: cullin 7 (1696) 3256 605.0 2.2e-169 gi|158259073|dbj|BAF85495.1| unnamed protein produ (1698) 3245 603.0 9e-169 gi|21707140|gb|AAH33647.1| Cullin 7 [Homo sapiens] (1698) 3245 603.0 9e-169 gi|194380270|dbj|BAG63902.1| unnamed protein produ (1782) 3245 603.0 9.3e-169 gi|109071255|ref|XP_001088003.1| PREDICTED: cullin (1810) 3245 603.0 9.4e-169 gi|160370003|sp|Q14999.2|CUL7_HUMAN RecName: Full= (1698) 3244 602.8 1e-168 gi|114607507|ref|XP_001136655.1| 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