FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA0473.ptfa, 938 aa vs ./tmplib.26680 library 1768079 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.0519+/-0.00585; mu= -1.3563+/- 0.385 mean_var=324.3854+/-76.613, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 0 in 0/36 Lambda= 0.0712 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA4080 ( 1323 res) mfj01350 (1323) 1639 183 2.3e-46 >>mKIAA4080 ( 1323 res) mfj01350 (1323 aa) initn: 2367 init1: 1516 opt: 1639 Z-score: 924.6 bits: 182.9 E(): 2.3e-46 Smith-Waterman score: 2593; 43.487% identity (49.443% ungapped) in 1021 aa overlap (3-938:341-1323) 10 20 30 mKIAA0 MTNPKSGVAESAGLACSRAAAGENRMKDSENK :::. ..: . . .: .: . . mKIAA4 RAMLKVNPEERLSIAEVVRQLQEIAAARNVNPKAPITELLEQNGGYGNSGPSRAQPPCGG 320 330 340 350 360 370 40 50 60 70 80 mKIAA0 GASSP------DMEPSYGGGLFDMVKGGAGRLFSNLKDNLKDTLKDTSSRVIQSVSSYTK ..: ... ::: ..:...::. :::.:::: :::.:::::..:.: mKIAA4 TVNSSGVLALAEYDQPYGG-FLDILRGGTERLFTNLKD--------TSSKVIQSVANYAK 380 390 400 410 420 90 100 110 120 130 140 mKIAA0 GDLDFTYVTSRIIVMSFPVDSVDIGFRNQVDDIRSFLDSRHLDHYTVYNLSPKSYRTAKF ::::..:.:::: :::::...:. ...:...:.: :::..: ::.::::::. ::..:: mKIAA4 GDLDISYITSRIAVMSFPAEGVESAIKNNIEDVRMFLDAKHPGHYAVYNLSPRIYRASKF 430 440 450 460 470 480 150 160 170 180 190 200 mKIAA0 HSRVSECSWPIRQAPSLHNLFAVCRNMYNWLLQNPKNVCVVHCLDGRAASSILVGAMFIF :.::.::.: .:.:: ::.:...::.:. :: .. .:::::::.::::::.. : :.. : mKIAA4 HNRVTECGWAVRRAPHLHSLYTLCRSMHAWLREDHRNVCVVHCMDGRAASAVAVCAFLCF 490 500 510 520 530 540 210 220 230 240 250 260 mKIAA0 CNLYSTPGPAVRLLYAKRPGIGLSPSHRRYLGYMCDLLADKPYRPHFKPLTIKAITVSPV : :.:: :: .. :: :. :::.::. :.::..:..: :: ::. .:.....:: mKIAA4 CRLFSTAEAAVYMFSMKRCPPGIWPSHKRYIEYVCDMVAEEPITPHSKPMLVKSVVMTPV 550 560 570 580 590 600 270 280 290 300 310 320 mKIAA0 PFFNKQRNGCRPYCDVLIGETKIYSTCTDFERMKEYRVQDGKIFIPLNITVQGDVIVSMY :.:.::::::::.:.: .:: .. .: ...::::....::: :::..::::::.. .: mKIAA4 PLFSKQRNGCRPFCEVYVGEERVTTTSQEYDRMKEFKIEDGKAVIPLGVTVQGDVLIIIY 610 620 630 640 650 660 330 340 350 360 370 380 mKIAA0 HLRSTIGSRLQAKVTNTQIFQLQFHSGFIPLDTTVLKFTKPELDACDVPEKYPQLFQVTL : :.:.:.:::::... ..::.:::.::.: ..:..::.: .:::::. ::::.::::.: mKIAA4 HARATLGGRLQAKMASMKMFQIQFHTGFVPRNATTVKFAKYDLDACDIQEKYPDLFQVNL 670 680 690 700 710 720 390 400 410 420 430 440 mKIAA0 DIEVQPQDKVIDLTPPWEHYCTKDVNPSILFSSQQEHQDTLALGGQAPADLPPDHTRNL- ..::.:.:. .::::. . .::.::::...:.:: :. :. : : . mKIAA4 EVEVEPRDRPSREAPPWENTSLRGLNPKILFSNREEQQDILSKFGKPELPRQPGSTAQYD 730 740 750 760 770 780 450 460 470 mKIAA0 GQGG---------------------FFASLCWQDQKS-----EKSRCEEDHAALV--NQE ...: :. .: ::..: ... .:....:. .. mKIAA4 AEAGSPEAEITESDSPQSSSTDTNHFLHTLDWQEEKEPETGLDNTSPKESQSVLIADGDG 790 800 810 820 830 840 480 490 500 510 520 mKIAA0 SEQSDDELLTLSSPH---GNAEGDKPHGAKKPGKKQQE----------PAAPPPPEE-VD :: ::.: .. : . : .: : :. : : :::. : : ::: :: mKIAA4 SEVSDEEEASFPSEERKPGAGE-DTPRLAA--GTKQQDLIFDVGMLAAPQEPVQPEEGVD 850 860 870 880 890 530 540 550 560 570 580 mKIAA0 LLGL--EGS-DVSTNFSSLAAPPSNSELLSDLFGGVGATGPAQAGQAGVEDVFHPSGPVS :::: ::. .. ... ..: ::..::: :. :..:.:.: : : . mKIAA4 LLGLHSEGDLRPAAPLQACGVPSSNTDLLSCLLE------PSDAAQVG------PPGDLL 900 910 920 930 940 590 600 610 620 mKIAA0 AQSTPRRTATSASASPTLRVGEGA---TFDPF-------GAPAKPPGQ-DLLGSFLNTSS . .: :. .: .: : ::: .. ..: .. ::.: :::..: mKIAA4 GGEAPLLLASPVSPLGLQNNLQGKVPDTVDPFDQFLLSSNSDTQPCSKPDLFGEFLNSDS 950 960 970 980 990 1000 630 640 650 660 670 mKIAA0 -ASSDPFLQPTRSPSPT-----VHASSTPA-------VNIQPDIAGGWDWHTKPGGFGMG ::: : . .: :. .: .. :: . .::. :::: . . : . mKIAA4 VASSTAFPSTHSAPPPSCSTAFLHLGDLPAEPSKVIASSSHPDLLGGWDTWADTATPGPA 1010 1020 1030 1040 1050 1060 680 690 700 710 720 mKIAA0 SKSAATSPTGSSHGTPT------HQSKPQTLDPFADLGTLGSSSFASKPTTPTGL-GGGF : . . :: : :. :.: :.:::::::. : :::. . :.:: .::: mKIAA4 SIPVPEGTLFSSAGHPAPPGPNPSQTKSQNLDPFADLSDL-SSSLQG---LPAGLPAGGF 1070 1080 1090 1100 1110 1120 730 740 750 760 770 780 mKIAA0 PPLSSPQKASPQPMGGGWQQPAGYNWQQTQSKPQSSMPHSSPQNRPNYNVSFSAMPAGQS .: . : .: .. : .: :.:: :..: : : . ::.. : . mKIAA4 VGAPAPTQKSNSPWQANRPTAPGTSWTP-QAKPA---PRASEQLRSH----FSVIGA-RE 1130 1140 1150 1160 1170 790 800 810 820 830 840 mKIAA0 ERGKGSTNLEGKQKAA--DFEDLLSSQGFNAHKDKKGPRTIAEMRKEEMAKEMDPEKLKI ::: .. : :.. :::::: .:::. ..:::::.:.:::::.:.:.. :: :::. mKIAA4 ERGVRVPSFAQKPKVSENDFEDLLPNQGFS-KSDKKGPKTMAEMRKQELARDTDPLKLKL 1180 1190 1200 1210 1220 1230 850 860 870 880 890 900 mKIAA0 LEWIEGKERNIRALLSTMHTVLWAGETKWKPVGMADLVTPEQVKKVYRRAVLVVHPDKAT :.:::::::::::::::.::::: ::..: ::.:::::::::::: :::::::::::::: mKIAA4 LDWIEGKERNIRALLSTLHTVLWDGESRWTPVSMADLVTPEQVKKQYRRAVLVVHPDKAT 1240 1250 1260 1270 1280 1290 910 920 930 mKIAA0 GQPYEQYAKMIFMELNDAWSEFENQGQKPLY ::::::::::::::::::::::::::..::. mKIAA4 GQPYEQYAKMIFMELNDAWSEFENQGSRPLF 1300 1310 1320 938 residues in 1 query sequences 1768079 residues in 2168 library sequences Scomplib [34t11] start: Mon Mar 27 10:21:39 2006 done: Mon Mar 27 10:21:40 2006 Scan time: 1.010 Display time: 0.100 Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]