# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbg05088.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1043.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1043, 1627 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7906148 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6030+/-0.0002; mu= 9.3911+/- 0.011 mean_var=128.1771+/-24.536, 0's: 31 Z-trim: 74 B-trim: 247 in 1/66 Lambda= 0.113284 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|148688047|gb|EDL19994.1| tetratricopeptide repe (2146) 7026 1161.0 0 gi|149254322|ref|XP_001476594.1| PREDICTED: simila (2481) 7026 1161.1 0 gi|71153789|sp|Q80XJ3.2|TTC28_MOUSE RecName: Full= (1691) 7022 1160.3 0 gi|149063697|gb|EDM14020.1| rCG21379 [Rattus norve (2098) 6951 1148.8 0 gi|114685618|ref|XP_001172489.1| PREDICTED: tetrat (2481) 6619 1094.6 0 gi|149720457|ref|XP_001495569.1| PREDICTED: simila (2490) 6618 1094.4 0 gi|218512146|sp|Q96AY4.4|TTC28_HUMAN RecName: Full (2481) 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