FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
../query/mKIAA0699.ptfa, 869 aa
vs ./tmplib.26680 library
1768148 residues in 2168 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8285+/-0.00622; mu= 3.7937+/- 0.408
mean_var=324.0685+/-77.889, 0's: 0 Z-trim: 21 B-trim: 0 in 0/36
Lambda= 0.0712
FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(2168)
mKIAA4125 ( 870 res) mfj35169 ( 870) 1340 152 2.4e-37
>>mKIAA4125 ( 870 res) mfj35169 (870 aa)
initn: 3103 init1: 1138 opt: 1340 Z-score: 762.8 bits: 152.3 E(): 2.4e-37
Smith-Waterman score: 3167; 64.044% identity (67.217% ungapped) in 826 aa overlap (41-842:58-868)
20 30 40 50 60 70
mKIAA0 SRPRRAATMSAPSEEEEYARLVMEAQPEWLRAEVKRLSHELAETTREKIQAAEYGLAVLE
..:..::..::.:::.::::::::::.:::
mKIAA4 ICFSFSLLLCVYLRHPAMAAEEALKTVDQYKTEIERLTKELTETTHEKIQAAEYGLVVLE
30 40 50 60 70 80
80 90 100 110 120 130
mKIAA0 EKHQLKLQFEELEVDYEAIRSEMEQLKEAFGQAHTNHKKVAADGESREESLIQESASKEQ
:: :: :..:::..:.....:.:::.:::::. . :.::: :::.:::.:.:::::::
mKIAA4 EKLTLKQQYDELEAEYDGLKQELEQLREAFGQSFSIHRKVAEDGETREETLLQESASKEA
90 100 110 120 130 140
140 150 160 170 180 190
mKIAA0 YYVRKVLELQTELKQLRNVLTNTQSENERLTSVAQELKEINQNVEIQRGRLRDDIKEYKF
::. :.::.:.:::: : :.::.:.:::::..:.::::: :. ::.:: :..:.:.::::
mKIAA4 YYLNKILEMQNELKQSRAVVTNVQAENERLSAVVQELKENNEMVELQRIRMKDEIREYKF
150 160 170 180 190 200
200 210 220 230 240 250
mKIAA0 REARLLQDYSELEEENISLQKQVSVLRQNQVEFEGLKHEIKRLEEETEYLNSQLEDAIRL
:::::::::.:::::::.::: ::.:.:::::.:::::::::.:::: :::::::::::
mKIAA4 REARLLQDYTELEEENITLQKLVSTLKQNQVEYEGLKHEIKRFEEETVLLNSQLEDAIRL
210 220 230 240 250 260
260 270 280 290 300 310
mKIAA0 KEISERQLEEALETLKTEREQKNNLRKELSHYMSINDSFYTSHLQVSLDGLKFSDDTVTA
:::.:.::::::::::.:::::::::::::.:....:: :...:.:::::..: .
mKIAA4 KEIAEHQLEEALETLKNEREQKNNLRKELSQYINLSDS----HISISVDGLKFAEDG--S
270 280 290 300 310 320
320 330 340 350 360
mKIAA0 EPNNDAEALVNGFEHSGLVKSSLDNKTSTPRK-DGLAPPSPSLVSDLLSELHISEIQKLK
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mKIAA4 EPNNDDK--MNGHIHGPLGKLNGDYRTPTTRKGESLHP-----VSDLFSELNISEIQKLK
330 340 350 360 370
370 380 390 400 410 420
mKIAA0 QQLVQMEREKVGLLATLQDTQKQLEQARGTLSEQHEKVNRLTENLSALRRLQAGKERQTS
:::.:.::::. :::.::..: :::...:.:.::::.:.::::...:.: :: .:: ..
mKIAA4 QQLIQVEREKAILLANLQESQTQLEHTKGALTEQHERVHRLTEHVNAMRGLQNSKEIKAE
380 390 400 410 420 430
430 440 450 460 470 480
mKIAA0 LDNEKDRDSHEDGDYYEVDINGPEILACKYHVAVAEAGELREQLKALRSTHEAREAQHAE
:: :: :.: :.. ::::::: ::: :::.:::.:. .:. ..:::. .. ...:
mKIAA4 LDCEKGRNSAEEAHDYEVDINGLEILECKYRVAVTEVIDLKAEIKALKEKYNKSVENYTE
440 450 460 470 480 490
490 500 510 520 530 540
mKIAA0 EKGRYEAEGQALTEKISLLEKASHQDRELLAHLEKELKKVSDVAGETQGSLNVAQDELVT
:: .::.. : :... :::.:... : .::.::::.:.. .:.:....::.:::::::
mKIAA4 EKTKYESKIQMYDEQVTNLEKTSKESGEKMAHMEKELQKMTGIANENHNTLNTAQDELVT
500 510 520 530 540 550
550 560 570 580 590
mKIAA0 FSEELANLYHHVCMCNNETPNRVMLDYYREGQ----GK-AGRTSPEG--------RGRRS
::::::.::::::.:::::::::::::::... :. : .:.: :: :
mKIAA4 FSEELAQLYHHVCLCNNETPNRVMLDYYRQSRVTRSGSLKGPDDPRGLLSPRLSRRGVSS
560 570 580 590 600 610
600 610 620 630 640
mKIAA0 PVLL-----PKGLLATEVGRADGGTGDNSPSPSSSLP--SPL---SDPRREPMNIYNLIA
:: : . ::... . : . :: . : ::. :: :.:::::::: :
mKIAA4 PVESRTSSEPVSKENTETSKEPSPTKTPTISPVITAPPSSPVLDTSDIRKEPMNIYNLNA
620 630 640 650 660 670
650 660 670 680 690 700
mKIAA0 IIRDQIKHLQAAVDRTTELSRQRIASQELGPAVDKDKEALMEEILKLKSLLSTKREQITT
:::::::::: ::::. .::::: :..::.: .:::::::::::::::::::::::::.:
mKIAA4 IIRDQIKHLQKAVDRSLQLSRQRAAARELAPMIDKDKEALMEEILKLKSLLSTKREQIAT
680 690 700 710 720 730
710 720 730 740 750 760
mKIAA0 LRTVLKANKQTAEVALANLKSKYENEKAMVTETMMKLRNELKALKEDAATFSSLRAMFAT
::.:::::::::::::::::.::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::
mKIAA4 LRAVLKANKQTAEVALANLKNKYENEKAMVTETMTKLRNELKALKEDAATFSSLRAMFAT
740 750 760 770 780 790
770 780 790 800 810 820
mKIAA0 RCDEYITQLDEMQRQLAAAEDEKKTLNSLLRMAIQQKLALTQRLELLELDHEQTRRGRSK
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mKIAA4 RCDEYVTQLDEMQRQLAAAEDEKKTLNTLLRMAIQQKLALTQRLEDLEFDHEQSRRSKGK
800 810 820 830 840 850
830 840 850 860
mKIAA0 AASKAKPASPSVSHTCACASERAEGAGLANQVFCSEKHSIYCD
. :.: .::. .: :
mKIAA4 LG-KSKIGSPKSGH-CPQ
860 870
869 residues in 1 query sequences
1768148 residues in 2168 library sequences
Scomplib [34t11]
start: Mon Mar 27 10:26:35 2006 done: Mon Mar 27 10:26:36 2006
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Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]