# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbg04493.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1991.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1991, 536 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7920489 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3675+/-0.000186; mu= 10.8908+/- 0.010 mean_var=80.0812+/-15.316, 0's: 37 Z-trim: 38 B-trim: 0 in 0/66 Lambda= 0.143321 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|109462498|ref|XP_001066540.1| PREDICTED: hypoth ( 865) 3198 671.1 3.4e-190 gi|109459110|ref|XP_001061888.1| PREDICTED: hypoth ( 530) 3072 644.9 1.6e-182 gi|148684469|gb|EDL16416.1| mCG51366 [Mus musculus ( 449) 2922 613.9 3.1e-173 gi|114639360|ref|XP_522106.2| PREDICTED: similar t ( 742) 2713 570.8 4.7e-160 gi|110287945|sp|Q8NCN4.2|RN169_HUMAN RecName: Full ( 708) 2707 569.6 1.1e-159 gi|119595354|gb|EAW74948.1| hCG1644049, isoform CR ( 708) 2707 569.6 1.1e-159 gi|149068819|gb|EDM18371.1| rCG39478, isoform CRA_ ( 449) 2683 564.4 2.3e-158 gi|194213446|ref|XP_001495770.2| PREDICTED: simila ( 680) 2676 563.1 8.7e-158 gi|109107930|ref|XP_001082831.1| PREDICTED: simila ( 752) 2673 562.5 1.5e-157 gi|73988157|ref|XP_851632.1| PREDICTED: hypothetic ( 770) 2583 543.9 5.9e-152 gi|119907616|ref|XP_604111.3| PREDICTED: similar t ( 522) 2533 533.5 5.7e-149 gi|119595353|gb|EAW74947.1| hCG1644049, isoform CR ( 486) 2458 517.9 2.5e-144 gi|126327892|ref|XP_001367264.1| PREDICTED: simila ( 684) 1952 413.4 1e-112 gi|34364850|emb|CAE45858.1| hypothetical protein [ ( 347) 1708 362.8 9.3e-98 gi|118085360|ref|XP_417246.2| PREDICTED: similar t ( 533) 1630 346.8 9.3e-93 gi|218675627|gb|AAI69205.2| ring finger protein 16 ( 313) 1467 312.9 8.6e-83 gi|149596507|ref|XP_001512515.1| PREDICTED: simila ( 745) 991 214.8 7.1e-53 gi|125837076|ref|XP_001336012.1| PREDICTED: simila ( 494) 723 159.2 2.5e-36 gi|51872321|gb|AAU12265.1| hypothetical protein [O ( 227) 519 116.8 6.8e-24 gi|47216501|emb|CAG02152.1| unnamed protein produc ( 541) 500 113.1 2e-22 gi|149068818|gb|EDM18370.1| rCG39478, isoform CRA_ ( 131) 470 106.5 5e-21 gi|210122419|gb|EEA70125.1| hypothetical protein B ( 632) 358 83.8 1.6e-13 >>gi|109462498|ref|XP_001066540.1| PREDICTED: hypothetic (865 aa) initn: 3198 init1: 3198 opt: 3198 Z-score: 3570.9 bits: 671.1 E(): 3.4e-190 Smith-Waterman score: 3198; 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